第一节 发展概况
1995年，医院开始接收前来实习的福建医科大学临床医学本科生，随后成立福建医科大学附属第二医院临床医学系。
1998年，医院开始培养硕士学位（开始招收全国统招硕士研究生）。
2000年，福建医科大学附属第二医院临床医学系更名为福建医科大学第二临床医学院，是福建医科大学临床医学专业本科生实践教学基地之一。
2003年，医院开始培养博士学位（开始招收全国统招博士研究生）。
2012年2月2日，福建医科大学附属第二医院临床教学办公室成立，当年即与泉州市教师进修学院共建，极大改善医院办学条件，为之后扩大教学范围提供基础。
2015年，教学办对教学组织结构进行了部分调整，调整部分教研室专业组组长和专业组秘书，加快新设3个教研室的审批工作；增设学院多个专项管理小组，包括研究生成绩评定小组、教研室建设检查小组、技能培训和竞赛指导小组；开展研究生学位点评估工作。
2015年3月1日，学位评定分委员会成立，曾奕明任主席；4月17日，研究生奖助工作领导小组成立；12月23日，技能操作考核小组成立，曾剑锋任组长。
2016年，医院获批国家人力资源和社会保障部博士后科研工作站；1月13日，研究生教学督导组成立；3月25日，研究生招生工作领导小组成立；9月2日，评学小组成立，李毅中任组长。
2019年7月，教学办积极扩大教学区域，医院教研室及技能操作室由泉州市教师进修学校，搬迁到黎明大学；同时积极提升技能室装备，提升教师们教育教研的整体环境。
2019年12月27日，教学办主体办公区搬迁至东海院区。
2020年3月，鲤城临床技能中心筹建完毕，地点位于医院鲤城院区旧门诊四楼，占地约700余平方米；原黎明大学技能中心培训器材及设备皆搬迁至鲤城临床技能中心内，目前该中心可满足本科生、研究生、住院医师包括规培生的模拟医学教育需求。
2020年9月19日，教学办东海教学区正式启用，学生学习及住宿主体从鲤城教学办搬迁至东海教学区。
教学办创办以来，在教学经费上的投入逐年增加，2012年至2019年教学经费预算如下：2012年330万元、2013年245万元、2014年250万元、2015年263万元、2016年275万元、2017年521万元、2018年519万元、2019年900万元、2020年达到980万元。