呼吸与危重症医学科
1988年，内科进行三级学科分科，成立呼吸内科专业组。
2003年，呼吸内科建立。
2016年，呼吸科更名呼吸与危重症医学科。呼吸与危重症医学科（PCCM）是医院的重点学科，是国家临床重点专科、“福建省呼吸医学中心”、“睡眠医学福建省高校重点实验室”“福建省肺干细胞重点实验室”，学科综合实力处于省内领先、介入呼吸病学亚专科水平处于国内先进。该科是福建省海峡医药卫生交流协会呼吸病分会的挂靠单位，是国家呼吸临床研究中心核心成员单位、国家首批PCCM专科医师规范化培训基地（专培）、中国医师协会首批呼吸内镜医师培训基地、国家首批PCCM规范化建设三级医院优秀单位、国家首批PCCM专科规范化进修基地（专修）及4个PCCM专科单项（介入呼吸病学、肺功能检查、呼吸治疗、呼吸康复）规范化进修基地（单修）、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心；也是国家人力资源和社会保障部博士后工作站，福建医科大学博士、硕士学位授权点。通过国家GCP专业认证、与台湾长庚科技大学联合建立“呼吸治疗技术”培训基地，福建省呼吸医学中心PCCM专科医联体成立，服务能力覆盖全省及周边省域，介入呼吸病学学术与临床服务能力辐射全国。
呼吸与危重症医学科有一支精诚合作、高素质的团队。学科带头人曾奕明教授，博士生导师，博士后流动站导师，享受国务院政府特殊津贴专家，国家卫健委有突出贡献中青年专家，福建省领军创新人才，我国知名介入呼吸病学专家，现任福建医科大学附属第二医院党委书记、福建省呼吸医学中心主任、福建省睡眠医学高校重点实验室主任。学术任职包括世界支气管病与介入肺脏病协会理事、国家卫计委人才中心呼吸内镜专业技术委员会专家、海西介入呼吸病学会主委、中华医学会呼吸病学分会委员暨基层呼吸学组组长、中国医师协会理事、中国医药生物技术协会基因检测分会副主委、中国抗癌协会呼吸内镜专委会副主委、中国医师协会内镜医师分会常委、海医会肿瘤防治专家委员会副主委、福建省医学会副会长等，同时担任《Journal of Cellular and Molecular Therapy 》高级副主编、《Journal of translations medicine 》栏目副主编、《Chest中文版》执行编委、《中华结核和呼吸杂志》编委、《国际呼吸杂志》常务编委，曾获中国优秀呼吸医师奖，三度入选《中国名医百强榜》（介入呼吸病学十强）。
呼吸与危重症医学科本着“博大精深 仁心惠世”的院训，锐意进取，不断创新、勇攀技术高峰，在介入呼吸病学领域，整体水平处于国内先进。在国内创新开展并广泛推广使用“球囊探查加选择性支气管封堵术治疗难治性气胸”，在国际上也建立了该技术的技术体系；在国际上创新进行了呼气末CO2探测支气管胸膜瘘口的方法学研究；在国际上率先采用气道内封堵支架治疗大咯血技术；在国内率先创新报道了“淋巴组织样间质性肺炎”；在国内较早开展3D定向导航经皮介入机器人技术、导航支气管镜技术（虚拟导航、电磁导航、增强现实导航等）、支气管热成形术治疗难治性哮喘、激光技术、光动力学技术、Y型呼吸道支架、可回收呼吸道支架、BTPNA、经支气管镜肺减容治疗等技术；在福建省内较早开展一系列支气管镜下诊疗新技术，包括硬质支气管镜、TBNA、各种气道内支架放置及取出术、放射粒子植入术、氩气刀治疗、高频电刀/电圈套器治疗、热射频治疗、黏膜下注药治疗、冷冻治疗、球囊扩张术、外周气道超声及EBUS-TBNA等支气管镜超声技术等，为良恶性气道病变的患者提供了全面丰富的支气管镜下诊治手段；开展了内科胸腔镜技术；在国内或省内较早开展了一系列经皮治疗肿瘤技术，如激光治疗、冷冻治疗、微波治疗、放射粒子治疗等。该学科在介入呼吸病学技术的培训方面探索了良好的培训模式，是国家呼吸内镜医师培训基地、国家首批介入呼吸病学单修基地；每年举行国家级继续教育学习班及各种形式的培训班，积极推动我国介入呼吸病学学术与技术的传播。
呼吸与危重症医学科在支气管肺癌的规范化诊治方面建立了较为完善的体系：①依托该院的影像平台、病理诊断平台以及呼吸科自身的各种介入诊治技术，在肺癌早诊早治方面处于省内领先水平。②把经皮/经支气管镜/经内科胸腔镜/经血管介入治疗技术与传统放、化疗等综合治疗策略联合应用于中晚期肺癌的治疗，取得较满意的效果。③基于精准医学技术为不同肺癌患者提供个体化的治疗方案。
呼吸与危重症医学科建立了睡眠呼吸障碍临床与科研体系，是在国内创新开展“模拟睡眠呼吸障碍特征的慢性间断性缺氧（CIH）靶器官损害”基础研究的医院之一。成功诊治了发作性睡病等少见睡眠疾病，推动了我省睡眠呼吸障碍疾病的规范化诊治以及无创伤性机械通气的临床普及。
呼吸与危重症医学科在省内较早开展特异性抗原脱敏治疗、支气管热成形术治疗难治性哮喘，较早开展气道反应性测定、诱导痰检查、FeNO等技术，在支气管哮喘与慢性阻塞性疾病的规范化诊治与危重症抢救方面积累了丰富的经验；建立规范的“三区两通道”RICU，拥有独立的呼吸道隔离负压病房和ECMO（人工膜肺）等生命支持系统，危重症抢救成功率居于省内先进水平；诊治了一系列的少见病、罕见病，如淋巴组织样间质性肺炎、Rosai-Dorfman病、支气管Dieulafoy病、Kartagener综合征、肺郎格罕氏组织细胞增生症、DPB、气管内结节性脂膜炎、睡眠行为异常等，为广大患者解除了病痛。
呼吸与危重症医学科有较强的科研团队，近年来在临床与基础研究方面取得较好的成绩。数十项课题获得国家自然基金、省社会发展重点项目、省自然基金、国家劳动保障部与人事部留学归国人员基金等资助；获得福建省呼吸学界第一个“国家重点研发计划”立项；2009年以来在SCI源期刊发表论文80多篇；获得省部级科技二等奖6项、国际奖项1项、地厅级奖项多项、专利20余项；并获得“全国青年文明号”“福建省总工会五一先锋号”“福建省科教文卫体工会五一先锋号”“福建省青年文明号”“福建省女职工标兵岗”“福建省五四奖章集体”“福建省三八红旗集体”“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”“福建省教科文卫体系模范职工小家”等一系列荣誉称号。