1992年，免疫内科专业组成立，位于鲤城院区4病区内一科。
其后随着科室发展，免疫内科专业组分为两个病区，即23病区免疫血液内科及16病区免疫及华侨干部病区。
2019年7月，原23病区免疫内科随医院主体办公区搬迁至东海院区63病区，为风湿免疫科与变态反应科；鲤城院区16病区保留，为免疫内科与全科医学。
