2006年
1月10日，福建医科大学成立睡眠呼吸紊乱研究室和骨科生物力学研究室，挂靠医院。
1月26日，泉州市规划局下达东海分院建设项目选址意见书及规划蓝线图。
2月14日，内分泌科为一糖尿病足患者成功实施自体干细胞移植术（省内首例）。
2月19日，免疫血液内科病区正式开诊，收住病人。
2月21日，委托泉州市城乡规划信息中心组织东海分院建筑方案设计竞赛。
2月28日，医院被泉州市药品监督管理局授予“2005年度泉州市药品不良反应监测工作优秀单位”光荣称号。
3月14日，泉州市综治委授予“医院2005年度综治合格单位”称号。
5月22日，向市委、市政府申请调整东海分院院址。
6月20日，吕国荣任医院党委书记。
7月1日，举办首次博士、硕士研究生毕业典礼，1998年以来医院招收硕士研究生113名。
7月5日，成功举办医院首次临床医学本科专业毕业典礼。
7月24日，泉州市发改委批准钟楼片区病房大楼立项。
7月26日，柯庆峰前往新疆昌吉州人民医院执行援疆任务，为期一年。
8月25日，帮扶福鼎市管阳卫生院的灾后重建，通过卫生厅将价值100338元的阿莫西林胶囊等12种灾区急需药品送往宁德。
8月27日，李新丰副院长带领设备科、医务科等有关人员赴福鼎市管阳卫生院了解受灾情况及帮扶需求，送去离心机、手术无影灯、恒温培养箱、干燥箱等急需医疗设备，价值12737元。
9月1日，林玲、吕国荣教授被确认为泉州市第四批优秀拔尖人才。
9月7日，口腔科首次开展种植牙业务并获得成功。
9月22日，泉州市规划局重新更改东海分院规划红线图。
9月30日，普通外科成功开展大型手术项目“肝门区胆管癌根治术”。
10月9日，市发改委批准东海分院立项。
10月11日，召开第二届职代会第二次会议暨第四届工代会第二次会议，审议通过了医院工作报告《浓墨重彩 共绘蓝图 努力开创医院各项工作新局面》、建设与发展第十一个五年规划纲要、医院绩效奖金分配试行方案、东海分院选址情况、医院院徽方案。
10月26日，国土资源局批准东海分院用地置换。
12月12日，印发《重点学科管理试行方案》，制订了一般科室和重点科室技术指标，遴选免疫内科、心血管内科、呼吸内科、外二科、泌尿外科、骨科等6个科室为新一轮重点科室，肾内科、耳鼻喉科、内分泌科等3个科室为后备重点科室。