工作、管理模式变革
1998年，医院成立医院感染管理办公室后，从基础的医院感染管理工作入手，制定了相关管理制度，委托第三方开展了部分科室的消毒监测工作，让医务人员认识到医院感染的基本常识及其危害的严重性，此阶段工作在三甲医院评审中起到重要作用。
2003年，医院成立医院感染管理科后，完善了医院感染管理网络，成立了医院感染管理委员会，设立院感专职人员（其中邱秀兰负责外科片区、翁月萍负责内科片区、林丽玲负责门诊及医技科室），同时各临床医技科室成立院感质控小组，形成了三级院感防控体系；引进“蓝蜻蜓”信息软件系统，医院感染监测工作开始走向系统化、规范化、标准化；积极加入福建省院感质控中心网络直报，填补了这项空白。院感工作内容主要是病例的回顾性调查和临床的消毒隔离管理及环境卫生学检测、紫外线灯管强度检测、各种消毒剂的浓度检测，并对灭菌物品及一次性医疗用品的使用和处置进行规范化管理；定期进行相关监测数据汇总分析，对全院的相关数据进行收集、统计、撰写，编印《院感简报》，反馈给临床各科室以供参考，并报送院领导及分管院长为管理医院提供科学依据；在泉州市“非典”防治工作全面启动期间，积极配合“非典办”抓好门诊第一线测体温工作、发热门诊规范化管理等，并多次迎接泉州市卫生局创卫办检查，多次组织全院性的院感相关知识、医疗废物处置有关文件的学习培训。
2004年，医院感染管理科进一步完善各种规章制度，与医务科、护理部密切配合，使院内感染管理纳入良性循环的轨道；密切配合“非典办”、医务科做好“非典”的防治工作；与护理部密切配合，按三甲医院标准规范各护理单元治疗室、抢救室、重症病房的消毒隔离，严密监测各个环节指标，为迎接三甲医院复评打下良好基础；加速微生物实验室的建设，完善实验室功能，成立院感独立微生物检测实验室。
2005年是全省医院管理年第一年，医院感染管理科除了做好医院感染的日常管理工作，还继续建立和完善有关管理制度，使院感管理工作有章可循；参加由护理部组织的每季度护理质量控制检查，对医疗、护理工作中存在的与医院感染有关的各种问题及时纠正、协助整改，多次接受上级部门的专项检查，并取得一定的成效。
2006年是全省医院管理年第二年，在院领导的重视和关心下，在省有关专家的指导下，医院感染管理科再接再厉，从组织落实开始，到严格管理制度、开展必要的临床监测等，采取多种措施，使医院的院内感染管理逐步规范化、制度化、科学化，将医院内感染率控制在较低水平。根据《医院感染管理办法》及卫生部颁发的各种规范，并结合临床实际工作需要，组织编印了《医院感染管理防控指南》作为全院医务员工的工作指引。在省、市医疗行政部门及院感部门多次督导中，医院感染管理科积极配合，得到了上级卫生行政部门各级院感专家的肯定，院感工作上了一个新的台阶。
2007年，医院感染管理科与医务科、护理部密切配合，按三甲医院标准规范各诊疗单元、重点科室、重点部位的消毒隔离及院感防控，严密监测各个环节指标，顺利通过三甲医院复评。
2007年起，医院感染管理科根据国家相关规范要求，陆续开展ICU三管监测、Ⅰ类手术切口监测、新生儿监测、多重耐药菌监测、血液透析监测等多项目标性监测，将医院感染监测工作由回顾性监测逐步向前瞻性监测转变。
2007年起，医院感染管理科积极参加由全国医院感染监控管理培训基地每年组织的“医院感染横断面调查”工作，并获得好评。
2008年，医院感染管理科根据卫生部门颁发的相关规范，编制了《医院感染防控相关知识》口袋本，分发给全院医务员工，做到人手一册，显著提高了全院医务员工对院感知识的掌握程度。
2011年，医院感染管理科与保健科、医务部、药学部、急诊科、皮肤科、泉州市疾病预防控制中心等部门合作，规范了医务人员职业暴露的上报、处置及报销流程，方便临床科室对照执行，极大提高了全院职业暴露的上报率及处理及时率。
2012年，医院感染管理科根据卫生部门颁发的多重耐药菌管理相关规范，结合医院的实际情况制定了《多重耐药菌感染或定植患者进行手术等有创操作的管理工作》等3个相关院内文件以供临床操作执行；联合微生物室、药剂科共同落实《细菌耐药监测及预警机制》，每季度进行分析反馈，有效地控制了多重耐药菌的院内传播。根据《医院感染管理办法》相关要求积极参与消毒药械及一次性无菌医疗用品的管理，强化规范。
2013年，医院感染管理科率先创新性采用医院感染分级管理办法，制定并实施了《福建医科大学附属第二医院医院感染分级管理办法（试行）》，将全院各临床医技科室或部门按照医院感染发生的风险程度实行分级管理，共分为院感高危部门、院感中危部门及院感低危部门3个级别，分别实行不同的院感防控标准，并进行动态管理，使各科室均有适合自己科室特点的标准，不但能使医院的感控资源得到更合理的分配，而且大大提高了临床科室的依从性、积极性，确立了医院感染预防与控制的重点区域、监测的重点项目及考核的重点部门。医院感染管理科制定并分发《医院感染管理小组工作手册》，进一步完善了医院感染管理三级网络管理体系；根据卫生部新的要求和规范，重新修订和完善各项制度及工作流程，方便医务人员执行。医院感染管理科根据卫生部新的要求和规范，制定《医院感染防控相关知识》手册，分发至全院医务工作者，做到人手一册。医院将医院感染管理科手术部位感染和术后肺部感染防控作为院感防控工作的重点，制定《医院内肺炎预防与控制的标准操作规程》和《手术部位感染预防与控制的标准操作规程》等规程。医院感染管理科与护理部、ICU、检验科等联合开展多部门合作的ICU多重耐药菌主动筛查科研项目。11月，医院感染管理科举办了第一届“手卫生宣传月”活动，在启动仪式上，院领导班子亲自上台洗手示范，并设立了“手卫生”签名墙，供大家签名；全院开展地毯式的培训并运用LED屏幕进行宣教，加强全院人员对手卫生的理解、执行等；还举办了手卫生的知识与操作竞赛，分笔试和抢答两种，通过笔试评选出了手卫生的先进个人，通过团队知识抢答赛评选出手卫生的先进科室，通过先进个人和先进科室的示范作用，带动其他医务人员手卫生意识的提高。
2014年，医院感染管理科加强院感暴发管理，重新修订并完善《医院感染暴发报告及处置管理规范》等相关文件，并于2014年12月5日组织医院相关人员在ICU开展医院感染暴发应急处置预案演练，以提高医务人员对医院感染暴发事件的认识，增强其对医院感染暴发事件的应急处置能力。
2014年，医院感染管理处重新制订《福建医科大学附属第二医院职业暴露处置流程表》，规范职业暴露相关处置流程、HIV职业暴露报告处置流程及相关处理方案。
2015年，消毒供应中心开始实行全院复用医疗器械集中供应管理，启动了复用医疗器械统一回收、统一清洗、灭菌及统一发放等工作流程；加强了对外来器械的管理，制定并实施了多项针对外来器械清洗、消毒、灭菌等工作的规范化管理流程。
2016年，医院感染管理处建立手卫生督查小组，定期进行督查，提高医院督查结果的真实性，并且定期召开手卫生督查小组经验交流会，明显提高医务人员手卫生意识，手卫生小组每月对全院各科室进行手卫生依从性和正确性的考核，对医院的手卫生工作起到重要的推动作用，全院手卫生正确率及依从性逐年提高。
2017年5月，医院感染管理处制订《医院感染管理质量考核奖惩方案》，定期对全院各科室进行质控考核并依据考核结果对科室进行奖惩；同时将考核结果列入中层干部考核，强调科主任作为科室感控第一负责人的作用，充分发挥了科室院感质控小组的作用，极大地提升了各科室的院感防控水平。
2017年7月，医院加入福建省院感质控中心，在福建省卫计委指导下建立院感信息化平台，加速了医院感染数据全网信息化管理的步伐。
2017年10月，医院感染管理处开展全院性手卫生知识竞赛活动，有效提高了全院医务人员手卫生的相关认识及执行力。
2018年4月24日，医院感染管理处联合护理部对内镜清洗消毒专业人员进行了培训总结及理论、实践操作考核；对考核合格者颁发了内镜清洗消毒培训合格证书。
2020年，医院感染管理处在医院新冠防控小组的指导下积极参与各项疫情防控工作。根据国家及地方相关文件精神制定了30余项新冠肺炎防控相关制度流程，并根据疫情变化制定不同区域医务人员防护推荐，分阶段、分岗位进行多种形式的培训；积极参与福建省及泉州市疫情防控督查指导培训等工作；2020年10月医院感染管理处开展全院性手卫生知识理论、技能竞赛活动，有效提高全院医务人员手卫生的相关认识及执行力。
2020年11月，医院感染管理处制订《新冠肺炎常态化防控流程图》（第一版），并分别于2021年1月及5月更新为第二版、第三版。
2021年1月，为加强医院感染管理，防止预警未处理存在院感漏报的风险，以及由于未及时发现、未及时采取措施可能导致的院感暴发，降低院感漏报率、院感暴发及传播的风险，有效预防和控制医院感染，提高医疗质量，保证医疗安全，根据《传染病防治法》《医院感染管理办法》《医院感染暴发报告及处置管理规范》等法律、行政法规的规定，医院感染管理处制定《医院感染病例报告管理办法（试行）》，并于2021年1月1日正式实施。