泌尿外科之独立成科时期
2003年11月13日，成立泌尿外科病区（6区），刘为安任科主任、许珊珊任护士任护士长，编制床位32张，设置3个医疗组（李毅宁、颜醒愚、陈宝琨为组长），年出院病人数700左右。
2004年5月，刘为安、李毅宁开展腹腔镜肾切除术。
2005年2月，刘为安、李毅宁开展输尿管镜气压弹道碎石治疗输尿管结石、3月开展经皮肾镜气压弹道碎石治疗肾结石。
2006年12月，孙建国开展首例尿动力学检查。
2011年6月，刘为安因年龄原因不再担任泌尿外科主任，由李毅宁科副主任主持科室工作。2011年许珊珊调往护理部任副主任，苏晓萍任泌尿外科副护士长，泌尿外科专科床数达41张，设置4个医疗组（李毅宁、颜醒愚、陈宝琨、陈家璧任组长），年出院病人数约1100例次。
2011～2012年，科室重点在构筑手术向微创腔镜转化的基础：①先后选送14名医生到国家级腔镜培训中心（广州医科大学附属第一医院微创中心）进行培训并结业，催使泌尿外科手术技术往微创腔镜化发展，先后发展了具有微创腔镜的标志性手术。②选派张建育前往西南医院学习尿动力学、前往北京大学男科医院及上海仁济医院学习男科手术，同时也带动了男科手术显微镜化。③2011—2016年，科室先后添置了：30多支的输尿管、肾镜、电切镜、细输尿管镜、李逊肾镜、超细肾镜（UMP）、谢立平纽扣式剜电切镜；四代EMS、五代EMS、碎石航母、结石成分分析仪、高清超声引导穿刺系统、大族激光、1470双能激光；芬兰进口尿动力学仪、生物反馈治疗仪、男性性功能评价仪；高清腹腔镜系统等一系列专科先进设备。
2012年，李毅宁开展腹膜外途径腹腔镜全膀胱根治术。
2013年3月21日，章锋开展软镜碎石手术，并成规模地开展经皮肾镜手术。随后，由庄伟、郭一泓各自独立开展结石相关手术：经皮肾镜、输尿管软镜、多镜联合、UMP等，其中庄伟首次开展小儿PCNL。至2019年起，黄思淮、穆鑫、王加良、刘维辉等均可独立完成PCNL等结石微创腔镜治疗。
2013年，陈俊毅等主持福建省自然科研课题基金项目，编号为2012J05140，“γ-synuclein在前列腺癌激素非依赖转化中的作用及机制研究”。
2014年，黄志伟等开展尿路结石成分分析。
2015年1月，东海院区开设泌尿外科门诊；4月开俊毅医疗组、陈宝琨医疗组在东海院区运行；2017年—2019年7月期间，主要由黄庭芳（陈宝琨）医疗组运行。
2015年，陈东获得“泉州市优秀人才”项目，前往美国Wake Forest University附属医学中心泌尿外科担任访问学者7个月，并于美军再生医学研究所（AFIRM）从事3D打印及尿源性干细胞研究。
2016年，庄伟、李毅宁获得首个福建省本科高校教学改革项目“泌尿外科微信辅助教学平台的建立及应用”，编号为JZ160124。并于2018年顺利结题。
2016年，陈俊毅获第三届福建省高校青年教师教学竞赛一等奖（福建省总工会、福建省教育厅），同年，荣获泉州市青年拔尖人才（中共泉州市委人才工作领导小组）、泉州市青年五四奖章（共青团泉州市委、泉州市青年联合会）。
2016年6月，医院作为第一家综合性医院，加盟复旦大学附属肿瘤医院叶定伟院长主办的中国肿瘤医院泌尿肿瘤临床协作组（UCCO），李毅宁任UCCO委员，自该年起，医院每年组团参加上海国际肿瘤论坛学术交流。
2016年11月，泌尿外科获省教育厅省总工会表彰为“五一先锋号”。
2017年3月，泌尿外科获批为国家级药物临床实验基地（GCP基地），由李毅宁任基地主任，陈俊毅任PI，陈东任秘书，成员尚有苏学锋、郭一泓、庄伟、苏晓萍、林玮斌、陈牡丹、任倩等。
2017年，泌尿外科护理团队获得国家卫计委办公厅表彰的“优质护理服务表现突出病房”称号；苏晓萍获得国家卫计委办公厅表彰的“优质护理服务表现突出个人”称号。
2017年8月20日，创办《泌外医生临床case通讯》电子刊物，双月刊。李毅宁主编、陈俊毅副主编，由科室青年医师及研究生任各期责任编委。
2018年11月，泌尿外科挂牌国家级“前列腺癌一体化诊疗中心”。
2019年6月，加入“北京大学第一医院泌尿外科临床协作网络”。