1978年，福建医科大学附属第二医院同位素室成立，科室地址最初位于旧门诊1楼。
1984年，同位素室搬迁至旧门诊4楼。
1997年，同位素室搬迁至门诊1楼。
2002年，同位素室搬迁至医技楼4楼，并更名为核医学科。
2008年，同位素室搬迁至2号楼1楼至今。东海新院区设计、建设时纳入了核医学科。
2019年，东海核医学的场所防护工程设计启动，并更名为核医学PET/CT分子影像中心。
2020年11月，施工前期相关准备工作完成。
2014年核医学教研室成立。
