册立新皇储与废太子的“怨灵”
如前一小节所述，早良亲王被废，同年，即延历四年（785年）十一月二十五日，桓武天皇第一皇子安殿亲王被册立为皇太子，时年十二岁。延历七年（788年）正月十五日，皇太子（安殿亲王）加元服，由大纳言民部卿藤原继绳为他加冠，中纳言式部卿近卫大将纪船守为他理发。然而，不久之后，皇太子（安殿亲王）罹患脑病，数年未愈。《日本纪略》记载：
延历十年（791年）十月甲寅，二十七日，先是皇太子（安殿亲王）枕席不安，久不平复。是日，向伊势太神宫，缘宿祷也。
延历十一年（792年）六月戊子，五日，奉币于畿内名神，以皇太子（安殿亲王）病也。
延历十一年（792年）六月癸巳，十日，皇太子（安殿亲王）久病。卜之，崇道天皇（早良亲王）为祟。遣诸陵头调使王等于淡路国，奉谢其灵。
延历十一年（792年）六月庚子，十七日，敕去延历九年（790年），令淡路国，宛某亲王（崇道天皇）守冢一烟，兼随近郡司，专当其事。而不存警卫，致令有祟。自今以后，冢下置隍，勿使滥秽。
由此可见藤原氏一族对早良亲王冤魂的畏惧，以及当时的墓地制度。
不仅皇太子安殿亲王患病，延历十三年（794年）五月二十七日，太子妃藤原带子患急病，骤然逝世，当时人们也认为是早良亲王的冤魂作祟，因而对其越发崇敬。
《日本纪略》记载：
延历十六年（797年）五月甲辰，十九日，于禁中并东宫，转读《金刚般若经》，以有怪异也。
延历十六年（797年）五月乙巳，二十日，遣僧二人于淡路国，转读悔过，谢崇道天皇灵也。
早良亲王“冤魂作祟”的说法，最开始是“卜之”得到的，应该是出自阴阳道。到此处记载为“怪异”，可见此时已有僧人参与。《元亨释书》记载：
延历十六年（797年），（中略）初早良太子，与黄门侍郎[59]藤原种继有隙。（中略）太子党人，射（藤原）种继于烛下毙。事觉，延历十六年（797年）十月，太子（早良亲王）废，将更弑。太子（早良亲王）使使诸寺，预修白业，诸寺恐而拒之，独善珠（东大寺）纳焉。谒使者曰：“太子夙殃不尽，今受严遣，此度回债焉，又幸也，乞勿结怨矣。”委屈示谕，词旨激切。
使者复命，太子（早良亲王）喜曰：“我闻师言，披忍辱衣，以故，不怕逆鳞之怒耳。”
太子（早良亲王）途死，其灵恼逼皇太子（安殿亲王），医巫不效。敕（善）珠持念，（善）珠语太子（安殿亲王）曰：昔闻贫道言，“曰已披忍辱衣，今何有之乎？”乃广说法要，言未毕，太子（安殿亲王）病愈。
可见这位善珠就是最初参与传播早良亲王“冤魂作祟”的僧人。
延历十六年（797年）四月二十一日，善珠圆寂，年七十五。《日本纪略》等记载，因为皇太子（安殿亲王）的缘故，善珠的画像被供奉在秋筱寺中。不过，善珠奉皇命念经，应该是之前的事情。此外，前皇太子（早良亲王）笃信佛法，也可以从上文中得到印证。从此之后，早良亲王的冤魂更受敬畏了。
《日本纪略》记载：
延历十九年（800年）七月己未，二十三日，诏曰云云，宜故皇太子早良亲王，追称崇道天皇，故废皇后井上内亲王，追复称皇后，其墓并称山陵，令近卫少将大伴是成，率阴阳师众僧，镇谢在淡路国崇道天皇陵。
桓武天皇下旨为井上内亲王及早良亲王母子恢复了尊号。
《日本后纪》《日本纪略》等记载，延历二十四年（805年），为了替桓武天皇祈祷病愈，正月十四日：
奉为崇道天皇，建寺于淡路国。
后又在延历二十四年（805年）四月五日，
令诸国，奉为崇道天皇，建小仓，纳正税三十束，并预国忌及奉币之列，谢怨灵也。
这完全是将早良亲王与历代先皇同等对待。
延历二十四年（805年）四月十一日，朝廷还设置了崇道天皇改葬司。
延历二十四年（805年）七月，遣唐大使藤原葛野麻吕等返回日本，向桓武天皇献上大唐的国书及赠礼。延历二十四年（805年）七月二十七日，桓武天皇将大唐的国书及赠礼供奉给山科（天智天皇）、后田原（光仁天皇）、崇道天皇（早良亲王）三座皇陵。
《日本后纪》等书还记载：
延历二十四年（805年）十月二十五日，奉为崇道天皇，写一切经，其书生随功叙位。云云。
可见朝廷对早良亲王的亡魂愈加崇敬。
延历二十五年，即大同元年（806年）三月，桓武天皇病重时下旨：
敕，缘延历四年（785年）事，配流之者，先已放还，今有所思，不论存亡，宜叙本位，奉为崇道天皇，令诸国国分寺僧，春秋二仲月别七日，读《金刚般若经》。
藤原葛野麻吕
就这样，朝廷对早良亲王的亡灵越来越尊崇，这也是藤原种继的反对者对他的非议之声逐渐占据上风的结果。虽然在现代人看来，“怨灵”之说纯属无稽之谈，因为惧怕而希望通过“祈祷”来“镇慰”怨灵则更是可笑，但在当时却不是这样。当时的人们笃信天灾人祸都是“怨灵作祟”，也相信通过祈祷能够获得神佛的庇佑，朝廷上下，莫不如此。一旦流出“怨灵作祟”的传言，马上就风靡一时，其中必然有人借此博取世人关注，为死者鸣冤。同时不乏僧祝之辈，为了显示自己道法灵验，为“怨灵”之说推波助澜，不仅自己深信不疑，也不容他人置疑。
所以，在这样的世风之中，朝廷上下对早良亲王“怨灵”的敬惧也就不难理解了。后来，在延历四年（785年）藤原种继暗杀事件中受到牵连的人，都先后获得赦免，也是同样的原因。