连年凶歉及崇德院退位
崇德院即位以后，国内天灾、病疫不绝。
大治五年（1130年），畿内疱疮流行，不少人因此死亡。次年，即大治六年（1131年），改年号为天承。然而，各地旱灾、水灾不断，很多地方颗粒无收。于是，天承二年（1132年），又改年号为长承。长承三年（1134年），各地疫病流行，京师附近也天灾频起。《百练抄》记载：
长承三年（1134年）九月十二日，大风殊甚。（中略）诸司官舍、京中人屋，一宇不全。今年，风、水、火三灾并起。（中略）今年以后，天下饥馑。
于是，次年，即长承四年（1135年），又改年号为保延。
保延元年（1135年）三月，鸟羽上皇于法胜寺赐米千石，用来赈济饥民。一千石不够，于是，鸟羽上皇又追加三千石，分赐东西京，用来救济贫民。
同年，即保延元年（1135年），由于饥荒，西国有海盗作乱，劫掠官物、私财。由于海盗势力强大，国卫不敌，于是，朝廷派备前守平忠盛前往追讨。保延元年（1135年）八月，平忠盛平定了海盗，并捉拿了为首的三十余人。
平忠盛
保延四年（1138年）二月，二条东洞院行宫失火。崇德院移驾至东三条御所，随后又移驾至白川小皇宫。保延四年（1138年）三月，京中发生大火。《百练抄》记载：
京中大烧亡，公卿以下，烧亡之家，不计其数。
保延四年（1138年）十一月二十四日，皇居土御门殿（室町）烧亡，（崇德）天皇移驾小六条府邸。累代御笏（象牙、绘蝶丸）全部烧失。
中国的儒家观点认为，天灾频发，是因为帝德有亏。于是，朝中有人开始暗中议论此事。当时，鸟羽上皇将第五皇子体仁亲王册立为皇太弟，并于永治元年（1141年）因“辛酉革命”而改元，并借此希望崇德院让位。然而，由于当时朝中有诸如藤原赖长之类博学而有能力的大臣，所以鸟羽上皇尽管十分宠爱藤原得子，但仅仅因为这个原因就要废除崇德院的帝位，势必会引起朝中大臣的异议。于是，鸟羽上皇以“连年凶歉”为由，下达了崇德院让位的宣旨。
而崇德院虽然身居帝位，但朝中大事全是鸟羽上皇亲裁，他自然认为所谓的“凶歉”与自己无关。况且上皇、天皇素来不和，鸟羽上皇强行册立皇太弟时，崇德院已经十分不快，如今还被逼让位，他心中的积郁，也是可想而知。《今镜》记载：
让位当天，朝中百官自辰时起就齐集宫中。崇德院数次派遣御使藏人中务卿少辅源师能前往鸟羽上皇处，又派遣六位藏人将公文送往鸟羽上皇处。到了日暮时分，神玺与宝剑被朝臣谨慎地护卫着送往东宫居所昭阳舍。
东宫以天皇养子的身份即位，是前所未有的事情，所以让位的圣旨中还是写成了皇太弟。在让位的过程中，崇德院一直说：“还是再推迟一些时间吧！”然而，鸟羽上皇说：“都已经开始了，为什么要推迟？”于是强行于当天，即永治元年（1141年）十二月七日完成了让位仪式。（中略）
新帝登基，即为近卫院。近卫院一方，近侍的藏人和朝中大臣等确立完毕后，按部就班举行了即位后的各种仪式。而崇德上皇则于永治元年（1141年）十二月九日移驾三条西洞院，被尊为太上天皇。
从此之后，鸟羽上皇被称为“本院”，崇德上皇被称为“新院”。崇德上皇退位时，才二十三岁。此后，鸟羽上皇与崇德上皇之间的矛盾更深了。而藤原得子因为皇子即位，也以“国母”的身份，得到“美福门院”的封号，被世人称为“女院”，成为鸟羽上皇后宫之中最有权势的一位。