南都征伐之议及藤原兼实
前一节说到，高仓宫亲王的叛乱很快就平息了。然而，接下来的难题是：如何处置恶僧？《愚管抄》记载：
不久之后，平家武士攻入圆城寺内。除佛堂之外，僧舍等都被破坏和烧毁。
高仓宫亲王原本打算从圆城寺逃往奈良，奈良-吉野方面也做好了接驾的准备。然而，平清盛不愿善罢甘休，便决定发兵攻打奈良，并召开了公卿会议。藤原隆季、源通亲等公卿对平清盛唯命是从，主张即刻出兵。但担任左右大臣多年的藤原经宗、藤原兼实则表示反对。右大臣藤原兼实斩钉截铁地说：“没有明确谋反的证据，怎么能轻易攻打这么重要的大寺呢？何况奈良还有日本第一大守护神春日明神。”（中略）
左大臣藤原经宗（中略）也赞成右大臣的意见。左右大臣言之有理，所以攻打南都的行动就此取消。
《玉海》承治四年（1180年）记载：
承治四年（1180年）五月二十七日，此日于院殿上，被定两寺凶徒罪科之趣。（中略）左大臣（藤原经宗）示云：“源以光（高仓宫）巧谋叛，逃难圆城寺，彼寺凶徒同意之间，自其所赴南都。兴福寺恶徒又以与力，未遂前途之间，于路虽诛杀（源）赖政入道以下军兵等，（中略）若住南都欤。但此条不分明者，彼寺众徒谋叛之事，何样可被计哉！”（中略）
宰相中将源通亲发语申云：“圆城寺事，如风闻者，众徒退散，云云。付师缘者，寻召张本，可有沙汰者。兴福寺事，与谋之贼同意，其罪不轻，何况其人移住哉。早遣官兵，可被攻彼寺，其上末寺庄园并可停废。”
（藤原）实宗卿云：“圆城寺同之欤。（中略）兴福寺事，须被遣官兵也，但一宗废灭之条，可有思虑，仍先可被召张本，惜申之时，可被遣官军欤。”（藤原）赖定、（藤原）实守、（藤原）实家、（藤原）朝方、（源）雅赖、（中山）忠亲、（藤原）宗家、（三条）实房，以上同之。
（藤原）隆季卿申云：“圆城寺事，尤召张本可沙汰，就中日来被召置之辈同之云云。被寻次第，无其隐者，早付彼辈，寻与力张本之辈，可有沙汰欤。兴福寺事，日来再三经沙汰了，而凌轹长者使院宣，有官别当既及耻辱，谋反非一，罪科惟重，加之于今者，一切不拘制止，任法可有沙汰之由。”
别当、权别当等申之：“其上不可及异议欤。然则若可被追讨者，虽片时可被早遣也。彼寺兵强之地也，徒经日数，定其势万倍者欤。此上之事可在敕定。”
予（藤原兼实）申云：“圆城寺事，同帅大纳言（藤原实宗）申，兴福寺事，与力于逆贼，欲奉危国家，凌轹长者之使，不通往返之路，谋反之至，罪涉绞斩，可被遣追讨使之条，尤可然。但以宣旨若院宣，一旦可被寻子细欤。所以何者，若被遣官兵者，寺悉可为灰烬。一宗之磨灭，更不可疑。纵虽不进宣旨请文追归其使，经次第之沙汰，被遣官军，为后鉴，可宜欤。为之佛法亡灭之条，可有御思虑也。何况源以光（高仓宫）移住彼寺之条，未分明，云云。”
只依同意之过怠，不顾彼寺之破网，遣追讨使，可被攻败者，更非此限。若依贼徒之在否，可有追讨之有无者，闻食彼之左右，可被进退欤。是理之所至也。纵塞路次虽禁往返，彼人慥于逃笼者争不达其趣哉。谋反者凶恶徒之所令然也。（中略）
以上宜在圣断者，左大臣（藤原经宗）同予（藤原兼实）申状，但虽有被申存意趣，不过之。（中略）
数刻之后，示仰左大臣（藤原经宗）云：“圆城寺事，被召置之恶徒，且寻彼张本，可有沙汰。兴福寺事，任两丞相定申状，先遣使者，寻仰谋反之子细，寻以光（高仓宫）之在否，随状可被遣官军者。”左大臣（藤原经宗）以下退出。
可见当时朝中大臣虽然有各种意见，但兴福寺到底是藤原氏的氏寺，所以最终还是没有人对藤原兼实的意见提出抗议。