仁明天皇抱恙、诵经修法及僧正[24]遍昭
嘉祥三年（850年）二月朔，《续日本后纪》记载：“圣躬不豫，皇太子（田邑亲王）侍殿上，公卿尽候。”可见当日仁明天皇卧病，且症状不轻。
之后，《续日本后纪》嘉祥三年（850年）二月五日条记载：
御病殊剧，召皇太子（田邑亲王）及诸大臣于床下，令受遗制。遣四卫府及内竖等，或赐御衣，或赐棉布，分散四方，诵经诸寺，左右马寮御马六匹，奉鸭上下、松尾等名神。放诸鹰犬及笼鸟，唯留鹦鹉。又下知近江国，禁诸杀生，缘梵释寺修延命法也。请僧纲十善师及有验者于御帘外，令奉加持。以绢十二匹，为续命幡，悬十二大寺刹。云云。
可见当时仁明天皇已经病重。
《续日本后纪》嘉祥三年（850年）二月六日条记载：
大法师真顶与北山灵验修士观善特许进入御帘之中，作法加持。观善起誓：若御病不除，则不起座，不复饮食。
从中也可窥见僧人在当时的地位之高。
嘉祥三年（850年）二月十五日，朝廷召名僧六十名于紫宸殿，转读《大般若经》三日。并召天台座主圆仁及定心院十禅师等于仁寿殿，修“文殊八字法”。
嘉祥三年（850年）二月二十二日，朝廷召三论宗少僧都实敏、法相宗大法师明诠、天台宗大法师光定、总持门大法师圆镜等于清凉殿讲《法华经》。
嘉祥三年（850年）二月二十七日，朝廷派御使前往京都及平城四十九寺，命各寺悬挂续命幡四十旒，修延命法三日，并命真言宗僧人于丰乐院修“护摩法”。
嘉祥三年（850年）三月五日，朝廷召集名僧百名于紫宸殿，转读《大般若经》三日，并画帝释像百幅，安放于百寺，以祈祷仁明天皇病愈。
嘉祥三年（850年）三月十一日，朝廷召大法师道诠等，给仁明天皇行“永不杀生戒”，并修整破败寺院百所。
嘉祥三年（850年）三月十九日，朝廷于清凉殿修“七佛药师法”，将七佛像悬挂于御帘前，将七重轮灯立于庭中，并在紫宸殿南庭为十位僧人剃度。在此之前，已经下诏命五百僧人剃度。像这样各大宗派为祈祷天皇病愈而竞相作法的盛况，可谓历代少有。
当天，即嘉祥三年（850年）三月十九日，仁明天皇落饰出家，同日，皇子中务卿宗康亲王、阿波守源多二人也一同落饰出家。所以后世儒学者评价仁明天皇过于沉湎佛事，也不是毫无缘由的。
嘉祥三年（850年）三月二十一日，仁明天皇驾崩，享年四十一岁。
嘉祥三年（850年）三月二十五日，仁明天皇被葬于深草皇陵。按照先帝（仁明天皇）遗诏，葬礼非常简朴，绫罗锦绣之类一律禁用，用布帛替代，鼓吹、方相等仪式也一律取消。
《续日本后纪》评述仁明天皇生平如下：
帝（仁明天皇）睿哲聪明，苞综众艺，最耽经史，讲诵不倦，能练汉音，辨其清浊。柱下漆圆之说，群书治要之流，凡厥百家，莫不通览。兼爱文藻，善书法，学淳和天皇之草书，人不能别也。并工弓射，屡御射场。至鼓琴吹管，古之虞舜、汉成两帝不之过也。留意医术，尽谙方经。（中略）帝从少小，圣体尪羸，然而，负扆（在位）之年，既登十八，仙龄之算，亦逾四十，求诸中古，应无惭德，盖由修善行仁，服食补养之力者欤。
这个评价算是简短而全面了。
嘉祥三年（850年）三月二十八日，先帝（仁明天皇）近臣左近卫少将良岑宗贞出家并隐退。《文德实录》记载：
（良岑）宗贞，先皇（仁明天皇）之宠臣也。先皇（仁明天皇）崩后，哀慕无已，自归佛理，以求报恩，时人愍之。
后来，良岑宗贞成为僧正，就是著名的僧正遍昭。
第二年，即嘉祥四年（851年），仁明先皇第七皇子常康亲王及正三位藤原贞子落发出家，都是因为对先皇（仁明天皇）的哀思。特别是藤原贞子，《文德实录》记载：
僧正遍昭
（藤原）贞子者，先皇（仁明天皇）之女御（嫔妃），风姿魁丽，言必典礼，宫掖之内，仰其德行。（中略）先皇（仁明）崩后，哀慕追恋，不肯饮食，形容毁削，卧头之下，每旦有涕泣处，左右见之，不堪悲感。
同年，即嘉祥四年（851年）三月十日，右大臣藤原良房，招名僧于东都府邸，讲《法华经》。讲经完毕后，藤原良房与各位公卿一起，赋追思之诗词。《文德实录》记载：
往年，先皇（仁明天皇）有闻大臣（藤原良房）家园樱树甚美，戏许大臣（藤原良房），以明年之春，有玩其花，俄而仙驾化去，不遂游赏。（中略）先皇（仁明天皇）所期之春，今日是也。（中略）花是人非，不可堪悲。（中略）公卿大夫或赋诗述怀，或和歌叹逝。
从中可知仁明天皇圣德，颇得人心。