六道观察使及兵制改革
平城天皇意识到朝中官员的懈怠，于是，即位之初，就打算振兴朝堂。首先，他废除勘解由使，设六道观察使。当时的诏书如下：
朕以庸虚，谬承先业，（中略）伏惟先帝，（中略）谨读延历五年（786年）四月十一日诏下者，诸国庸调支度等物，每有未纳，交阙国用，良由国郡司递相怠慢，（中略）宜量其状迹，从事贬黜。所司宜作条例奏闻，公卿即依制旨，上一十六条事。自兹厥后，既经年所，空设宪章，未闻遵行。是则国郡官司不练之所致也。今为行十六条（这里的十六条，指的是第一章第四节延历五年四月所制条款），量置六道观察使，道别一人，判官一人，主典一人，所以移风淳风，易俗雅俗，激扬清浊，黜陟幽明也。其事有大小，使有轻重，自非国由废兴，政关成败，宜遣判官以下督察。云云。
从这份诏书的用词，就能看出平城天皇对这件事的重视。
其实早在桓武天皇时期，朝廷就曾向各国派遣巡查使，也曾设置勘解由使来监察国司。这次是更进一步，将观察使设为固定官职，以检查监督地方官员。观察使也认真监察，不再像以前一样流于形式，以下是一些实例。
当时，西海道每年入京的各种使者人数众多，给当地造成很大负担，山阳道观察使藤原园人查明状况后上奏朝廷，请求朝廷规定：西海道府国司等五位以上官员，从此以后，除非任满解官，否则不许随意上京。朝廷准许了他的建议。
西海道是太宰府的所在地，承接着本国与大唐和新罗的外交往来。然而，有些官员即使没有紧要公务也随意上京。再加上当地是日本与海外进行贸易的场所，所以货品汇聚，品类繁多。因此，不少人假借公务之名因私往返。
此外，朝廷早已规定，对于各国山林河海的出产，官府和平民都可以采猎。但有些有权势的人却霸占山林，让百姓无法采猎。国司对这样的事情也不加制止。于是，根据某观察使的上奏，朝廷下令：从今以后，按照延历年间的规定，严惩违规之人，不可宽宥。特别是山岳之体，关系到国家仪容，必须要等到树木繁茂才可砍伐，绝不可以砍伐幼林。
山城国葛野郡大井川，河水暴涨，淹没了堤坝。这都是因为砍伐了河川源流的树木，让下流的田地失了灌溉之利。于是，朝廷命各国国司对同类土地严加管制，不论公私，严禁砍伐。
又有东海道观察使藤原葛野麻吕上奏，根据延历十七年（798年）的规定，将正税作为“出举”借贷给平民，借出稻谷，回收稻谷，已经是惯例。但各国收获时间有早有晚，应根据农时进行回收。此外，如果农民无力偿还，不得已将种子作为利息上交，这属于地方官员的失职。
于是，朝廷下令：根据各地收获时间回收利息，且禁止回收百姓的种子。
当时，朝廷还颁发了很多这样类似的制止官员贪腐、保护平民利益的诏书，官场的风气也为之一振。
虽然平城天皇是出于锐意改革的雄心，但“水至清则无鱼”，一旦律法严苛，并且要做到切实执行，就容易有宵小酷吏趁势而起——这是古往今来的惯例，当时也是一样。
对于这样的政策，有人欢喜，有人叹息。所以后世说起平城天皇的统治，有人评价为“政令烦苛”——这真是十分可惜。
当时，朝中有些官员为了取悦平城天皇，建议新修宫殿，《日本后纪》大同元年（806年）七月条记载：
大同元年（806年）七月甲辰，十三日，诏曰：比公卿奏，日月云除，圣忌将周，国家恒例，就吉之后，迁御新宫，请预营构者。此上都先帝所建，水陆所凑，道里惟均，故不惮蹔劳，期以永逸。栋宇相望，规模合度，欲使后世子孙，无所加益。朕忝承圣基，嗣守神器，更事兴作，恐乖成规。（中略）朕为民父母，不欲烦劳，思据旧宫。
于是，百官上表，称颂平城天皇圣德。
平安京是延历二十三年（804年）左右才修建完毕的新宫，即便国家有“新君即位，新修宫殿”的惯例，但才一两年就再建新宫，实在于理不合。不过，由于当时平城天皇与皇太弟（弹正尹宫）不和，或许一部分人暗中有了迁都的想法（参看下节）；另一部分人则觉得新皇（平城天皇）刚刚即位，马上就废除勘解由使、设置观察使等，不断推出新的律法，可能有弃旧立新的意思，所以为了迎合平城天皇，才提议修建新宫；还有一部分人是希望迁都，所以先提议新修宫殿，准备之后再趁势提出迁都（参看下节）。
虽然上表的臣子各怀心思，但平城天皇本人不忍放弃父帝（桓武天皇）苦心经营多年的平安宫，所以下发了上文中谢绝新修宫殿的诏书，这个处置算是十分得宜了。
于是，新宫营建的事情就此作罢，但政治改革还在继续。大同元年（806年）十月，关于各国进献贡女（采女）一事，《聚类国史》中记载了以下诏书：
大同元年（806年）十月壬申，十三日，敕：凡贡女事，明令条，皆限四十岁以下十三岁以上者。然年齿尚弱，心志未定。自今以后，采年三十以上四十以下无配偶者，或欲适人者，必令贡代。
次年，即大同二年（807年），采女进贡全面停止。
此外，大同二年（807年），废参议官，由观察使兼行参议官的职责，让熟悉各国官员优劣及民生民情的官员参政议政，以便朝廷更好地治理国家。
此外，朝廷将近卫府改为左近卫府，将中卫府改为右近卫府（这个变更一直延续到后世）。废除衙门府，并入左右衙士府，废除衙士府官员各六十名，设左右门部各一百人，此后所有城门宫门的禁卫、出入、礼仪及门籍、门榜的监察等，都由衙士府掌管，因此又叫左右靱负府。并且，近卫府等的近卫、兵卫等，从各四百人减至各三百人，使部从各三十人减至各十人。
早年曾有规定，东宫的舍人，从荫子（功臣之子或孙）中挑选仪容端正、能写会算之人担任。然而，后来时常有违规录用不识字之人的情况。于是，平城天皇下令禁止再有此类事情发生。
以前录用荫子时，先要核查户籍才能任用。但五位以上，家世尊贵，细查户籍，颇有不便。所以，规定此后不须勘察户籍，但如有冒名顶替，或以孙冒子之嫌，则须严查，并依法论罪。这样一来，荫子的任用也变得不那么容易了。