一条院登基及藤原兼家摄政
花山院出家之后，藤原兼家便拥立皇太子（怀仁亲王）即位。《日本纪略》记载：
一条院，讳怀仁，圆融天皇第一之子也。母女御正四位下藤原诠子，摄政右大臣（藤原）兼家之女也。（中略）
宽和二年（986年）六月二十三日庚申，花山天皇偷出禁中，奉剑玺于新皇（一条院）。年七。外祖右大臣（藤原兼家）参入。令固禁内警备。
翌日，即宽和二年（986年）六月二十四日，行先帝（花山院）让位之礼。右大臣藤原朝臣（兼家）摄行万机，如忠仁公（藤原良房）故事。（中略）
宽和二年（986年）六月二十八日乙丑，诏上太上天皇尊号于花山法皇。敕赐摄政右大臣（藤原兼家）内舍人二人，左右近卫各四人，为随身。（中略）
宽和二年（986年）七月五日，以母仪女御藤原诠子为皇太后。（中略）
宽和二年（986年）七月十六日壬午，冷泉院第二居贞亲王，于外祖摄政（藤原兼家）南院第，加元服。年十一。今日，即宽和二年（986年）七月十六日，立（居贞）亲王为皇太子。
藤原兼家不仅马上罢免了藤原赖忠，自己担任了摄政，还将长女藤原超子所生冷泉院第二皇子居贞亲王册立为皇太子。如此一来，皇太子竟然比天皇还要年长，藤原兼家此举真是无所顾忌。
宽和二年（986年）七月二十二日，一条院在大极殿举行即位大典。藤原兼家沿袭藤原良房的先踪，成为准三宫。当时，虽然同时有冷泉、圆融、花山三位太上天皇，但三位太上天皇都不问政事。朝中大事全由藤原兼家一人把持。
一条院即位当天，宫人在大极殿布置即位大典的会场时，有人在天皇宝座上发现了带血的人头，便慌慌张张赶紧去报告藤原兼家。然而，藤原兼家却佯装打盹，仿佛没听到一般。禀报者提高声音叫他，他还是没有醒。很久之后，他才一副恍然惊醒的样子，询问身边的人大极殿是否已经布置好。这样重大的仪式，绝不能因其他干扰因素而中止，所以藤原兼家才假装睡着没有听见之前的奏报。如果有人贸然说“不祥”之类的话，藤原兼家也会说：“一派胡言！”然后将其斥退。从这件事就能看出藤原兼家的魄力。
藤原兼家行为处事，往往旁若无人，气魄胆量，都不同凡响。藤原兼家一族，也都狐假虎威，仗势欺人。《大镜》记载：
一条院
一条院即位以后，藤原赖忠因为不再是外戚，被罢免了摄政之职，仅保留太政大臣的官位，和他的女儿圆融院皇后藤原遵子一同居住在四条院府邸。当时，前权帅藤原隆家，是首席大臣藤原兼家之孙，向来横行无忌，目中无人。（中略）所有人经洞院大路向北通行时，都会避让，选择别的路通行，唯独藤原隆家，骑马经过皇太后藤原遵子和太政大臣藤原赖忠居住的四条院府邸时，从不下马行礼，而是大摇大摆地骑马而过。
藤原赖忠对此十分不满，却又无可奈何。他想知道藤原隆家到底是怎么路过的，便从正门北边回廊的窗格中往外窥视。只见藤原隆家得意扬扬，骑着高头大马，衣服也没有扣好，前后拥簇着二三十人，高声吆喝着为他开道，他本人眼睛扫过四条院府邸的大门，一只手收紧缰绳，一只手摇着折扇，慢悠悠地从门口走过。藤原赖忠见状，心中暗暗气愤：真是个无礼之徒！
然而，如果出言责备，也只是自取其辱，因此，藤原赖忠也没有多说，只讪讪说了一句：“真是无趣！”
关于藤原赖忠，《大镜》记载：
这位大臣（藤原赖忠），曾制定了许多很好的制度。比如，贺茂祭时，安排检非违使随行在车队之后，维持治安。还有，配置骑马随行侍卫左右各二人，也是从这位大人开始的。（中略）
不过，这位大臣有的地方也有点过于细致。比如，这位大人的府中，每晚用剩的灯油，第二天早上都会派人收集起来，装在瓶中，第二天晚上再用。甚至女眷房中的灯油，也是如此。（中略）
藤原赖忠大人担任摄政之职时，从来不会穿着“直衣”（常服）进宫面圣。他有事要向天皇上奏时，都是穿着“布袴”（正装）。而且到了清凉殿上，也只是站在隔帘以外，通过藏人向天皇上奏或者接受天皇的命令。只有在天皇偶尔走到清凉殿西南的房间面见群臣时，他才会走到御前。他虽然身为摄政，但依然对天皇保持着恭谨的距离。
通过以上描述，我们能够看到藤原赖忠勤俭节约、谨遵法度、谦恭自重的一面。
宽和三年（987年）四月，改元永延。
永延元年（987年）七月，藤原兼家东三条新府建成。藤原兼家迁居新府，大兴管弦，宴饮三日。这座东三条府所有陈设都是模仿清凉殿建造而成，时人惊其僭越。后来，皇太后（藤原诠子）、天皇（一条院）都曾临幸这座宅邸。藤原兼家在宅中举办诗宴、乐宴等，无不盛大至极。
永延二年（988年）三月，藤原兼家六十大寿。一条院在长宁殿赐宴群臣，以为庆贺。此后，朝廷还向六十座神社派遣奉币使，为藤原兼家祝寿祈福。
在此之前，藤原兼家还在二条京极营建新宅。永延二年（988年）九月，藤原兼家入住新宅，设宴庆贺。《日本纪略》记载：
永延二年（988年）九月十六日庚子，摄政（藤原兼家）新造二条京极第，有兴宴事。左右大臣（源雅信、藤原为光）以下，多以集会。池头钓台，杯酌数回。春宫大进源赖光，牵贡驹三十匹，大臣以下颁之有差。会者诵诗句，唱歌曲。河阳游女等群集，给绢四十匹，米六十石云云。今日之游，希代之事也。
可见当时盛况之空前。
永延三年（989年）八月，又改年号为永祚。然而，同月，畿内刮大风。《日本纪略》记载：
永祚元年（989年）八月十三日，辛酉，酉戌刻，大风。宫城门舍多以颠倒。承明门东西廊、建礼门、弓场殿、左近阵、前轩廊、日华门御舆宿、朝集堂、应天门东西廊十四间，会昌门、同东西廊三十七间，仪鸾门、同东西廊三十间，丰乐殿东西廊十四间，美福、朱雀、皇嘉、伟鉴门、达智门、真言院，并诸司杂舍、左右京人家，颠倒破坏，不可胜计。又鸭河堤，所所流损，贺茂上下社御殿，并杂舍、石清水御殿，东西廊颠倒。又祇园天神堂，同以颠倒。一条北边堂舍、东西山寺等，皆以颠倒。又洪水高潮，畿内海滨河边民烟、人畜、田亩，为之皆没。死亡损害，天下大灾，古今无比。
永祚元年（989年）八月十四日，壬戌，右大臣（藤原为光）、内大臣（藤原道隆）以下诸卿参仗座，定昨日颠倒门廊等修造诸国。至于料物，用正税稻。若不有正税，用不动谷，且申闻用之。且宛行不动正税，共以用尽。随其申请，特以裁下者。
灾情惨状，由此可见一斑。
此后，朝廷又举行了例行的祝祷。当时，天台座主寻禅辞任，座主位空缺。永祚元年（989年）九月二十九日，朝廷命大僧都余庆补缺，由宣命使少纳言源能远进入比叡山中。然而，由于余庆不是圆仁（慈觉大师）一派的弟子，所以比叡山僧人之中，慈觉大师一派的恶僧数百人，集结成党，在半途把宣命使拦下，夺取宣旨，还把御使赶了回去。
于是，朝中百官商议，如何对恶僧定罪。然而，朝廷顾及比叡山护国灵寺的地位，并没有作出惩处，只是派遣右大辨藤原在国前往询问山僧为何要夺取宣旨，驱赶御使。后来又因为涉事恶僧都是慈觉大师的弟子，所以朝廷宽恕了他们的罪行，只是进行了训诫。
正是朝廷每次都对僧人格外开恩，才导致后来僧人越发肆无忌惮，甚至欺辱朝廷，这真是令人叹惜。后来余庆辞去座主之职，改由前僧都阳生担任。余庆则被任命为权僧正。