四面楚歌的平清盛及后白河上皇的院政复兴
前一小节追讨官兵溃败的消息传来，引发了各地叛乱的爆发。镇西地区的反贼被平贞能一举镇压。然而，近江国方面，山本兵卫尉山本义经（源义经）起兵，与南都的恶僧联手，一同对抗平氏；北方的信浓国，则有木曾义仲（源义仲）起兵，劫掠近邻等。各地急报频频传至京城。
这位源义经又称石川义经，自诩为源义家嫡流；而源义仲则是源为义之子源义贤的儿子。他二人各自得到当地豪族的扶持，逐渐得势猖狂。另一边，伊贺国的源行家也蠢蠢欲动。
朝廷一边派遣追讨使前往各地平乱，同时还向各大神社进献奉币，请求祝祷，并让延历寺修法祈福。一时之间，局势混乱无比。《玉海》承治四年（1180年）十二月二日条记载：
承治四年（1180年）十二月二日，辰刻，追讨使下向近江国。越前守（平）通盛、左兵卫督（平）知盛等为大将军，其外一族之辈数辈相从。（中略）伊贺国者，左少将（平）资盛朝臣为大将军，前筑前守（平）贞能相具云云。
平通盛
可见这时朝廷已经提起了足够的重视，将之前溃败的怯懦之徒完全排除在了出征将领之外。《玉海》后面继续记载：
今日还都御祈，被发遣十六社奉币使，上卿三条大纳言（藤原）实房卿。后闻，依使不足，被立十三社云云。使皆殿上人也。（中略）自今夜，延历寺始御祈二擅（不空羂索毘沙门）云云。
这里的“还都御祈”只是平清盛安排的表面名目。祈愿其实是为了“降服源氏”。所以最初决定十六家神社，最后因“殿上人不足”而改为十三家。其实并不是殿上人不足，而是平氏心腹不足。
之前源平之间的第一战，平氏嫡流平维盛出师不利，落败而归，丑态毕露。而迄今为止一直与平氏紧密合作的比叡山也举起了反对平氏的大旗。《玉海》承治四年（1180年）十二月十二日条记载：
近间，延历寺众徒中，凶恶之党众三四百人许，得山本兵卫尉义经（近江国逆贼之张本，甲斐入道与件义经也），语以圆城寺为城，六波罗可入夜打，又所进向近江国之官军等之塞其后，自东西可攻落之由，令结构云云。皇后宫亮（平）经政朝臣，（平）清房（禅门息，淡路守）等，追可被遣云云。
又兴福寺众徒逐日蜂起，称“宫大众”[107]云云，（中略）关东之贼徒攻来近国之时，自南京又可伐入洛中由成支度云云。
承治四年（1180年）十二月十三日，自南都脚力到来，众徒既欲入洛。（中略）大众势以外云云。今日为追讨山恶僧等，官兵行向之间，于山科边众徒蜂起。已及合战[108]，未事切云云。及申刻，大众等引退笼城等。
此前，朝廷曾向圆城寺下达了断罪的宣旨，圆城寺拒不接受。兴福寺一方对于朝廷“是否有参与叛乱的贼徒”的盘问也表示反抗。加上一些人对明云座主不满，于是，兴福寺与圆城寺合为一体，扰乱京城。延历寺中不服座主明云的恶僧也加入乱僧阵中。这样一来，南都、北岭的恶僧联合作乱，不仅座主明云的命令已经完全失效，连之前不执兵刃、只管认真理佛的僧人，现在也开始给予增援。平氏之前倚赖的延历寺，完全成了平氏的对立势力。
而此时，高仓上皇病重，无法处理政务，平清盛也束手无策，而安德天皇年纪尚幼，朝臣无奈只能请后白河上皇重开院政。但后白河上皇并没有马上应允。朝臣再三请求之后，后白河上皇才渐渐开始管理朝政。
承治四年（1180年）十二月十八日，后白河上皇重开院政。赞岐、美浓两国被献给后白河上皇。外有强敌，内失政权。平清盛的煎熬，可想而知。在这样的局势之下，朝廷为维持京城附近的安定已经焦头烂额，自然无暇追讨远在坂东的源赖朝。于是，源赖朝乘机侵吞劫掠，扩张势力，渐渐壮大起来。