僧侣的跋扈及神舆神木的动座
这个时期，南都北岭僧乱频起。南都的兴福寺，作为藤原氏的氏寺，备受摄关家的尊崇。北岭即比叡山延历寺，作为镇护国家的祈愿灵寺，备受朝廷尊崇。从这一点来看，两寺地位优劣，本应一目了然。然而，兴福寺自平城京时代起，就开始为朝廷祈愿，后来与代代摄关之家联系紧密，所以无论是在朝廷中的分量，还是拥有的庄园等领地，都凌驾于北岭之上。
北岭的僧徒为了打击对方的气势，曾在后冷泉院时期，借口慈觉、智证两大流派之争，竟然将朝廷的御使赶了回去，借此向世人显示自家的威势。
一直以来，兴福寺与延历寺处处明争暗斗。延久三年（1071年），后三条院任命祇园社别当时，比叡山僧人一千余人，有的手捧经卷，有的身披甲胄，聚集在祇园社感神院，向朝廷示威。朝廷只能派遣武士，前往维持治安。《嗷诉记》[17]记载：“于社转经之后，无故归山，叫唤之声满天。”可见当时的混乱，这是首次出现僧人乱入京城的现象。
白河院永保元年（1081年）六月九日，比叡山僧人数百人，包围圆城寺，在寺院僧舍内放火。《嗷诉记》记载：“拂地为灰烬。”这件事情，表面上是比叡山僧人报复圆城寺妨碍了四月日吉祭时的供神和役夫，但其实是因为有谣传说白河院给圆城寺赐了戒坛御使等宣旨，所以比叡山的僧人才暴乱蜂起。两寺之间的不和，也因此彻底爆发。
永保元年（1081年）九月十四日，圆城寺的僧人向比叡山挑衅，失败而归。永保元年（1081年）九月十五日，比叡山的僧人再次袭击圆城寺，将上次破坏后残余的庙堂佛像全部烧毁。关于这次两寺相争的缘由，《愚管抄》记载：
白河院即位以后，十分希望中宫藤原贤子能够产下皇子。于是，请圆城寺僧人赖豪阿阇梨为其祷祝，并承诺，如果皇后能如愿产下皇子，便会满足赖豪阿阇梨的一切愿望。于是，赖豪阿阇梨倾心竭力为皇后祝祷。后来果然如白河院所愿，藤原贤子皇后顺利产下皇子。赖豪阿阇梨十分高兴，便向白河院请求：“希望能在圆城寺建立戒坛，实现多年来的夙愿。”然而，白河院却回答：“这怎么行呢？朕没想到你会提这样的要求啊！朕以为你的愿望是让朕赐你僧正之位一类。如果如你所说，在圆城寺建立戒坛，那势必会引起比叡山僧人的不满，引发佛门内部的斗争，毁坏佛法啊！”于是，拒绝了赖豪阿阇梨的请求。
《愚管抄》后面还写到，赖豪阿阇梨因此心怀怨恨，在佛堂内闭门不出。白河院派大江匡房前去抚慰，但赖豪阿阇梨依然固执己见，最后愤恨而死。因赖豪阿阇梨的祈愿而降生的皇子不久也薨逝了。后来白河院向比叡山西京座主良真说了这件事，并请求良真代为祷祝。这才有了堀河、鸟羽两位天皇的诞生。所以前面提到的比叡山、圆城寺的争斗，应该是比叡山方面误以为白河院准许了在圆城寺建立戒坛而引起的吧。
早在淳和天皇时期，天台座主义真圆寂前，将座主之位传给了圆仁（慈觉）的弟子圆修。义真的弟子不服，于是，两派相争不下。后来义真的弟子大多进入了圆城寺。
后朱雀院时期，长历三年（1039年），圆城寺的明尊成为天台座主，比叡山僧众不服，于是，两派之争达到了顶点。朝廷查明了两派斗争的原因后进行了裁断。然而，在当时那个迷信的时代，佛教势力极其强大，他们将朝廷的判决视若无物，争斗越发激烈。
永保元年（1081年）十月十四日，白河院行幸八幡宫，由于担心恶僧的破坏，派源义家率领众多武士在御前护驾。从那之后，比叡山的恶僧越发猖獗。嘉保二年（1095年），由于美浓守源义纲斩杀了日吉神社的神官，比叡山僧徒竟然抬着神舆进入皇宫申诉。守卫中务少丞源赖治负责防守，放箭射杀了申诉的僧人。其他僧人马上放下神舆，返回山门，集合全寺所有僧人，一起修五坛大法，诅咒国家。朝廷大为恐慌，马上下旨命祇园神社的神官将神舆抬回比叡山。
南都的恶僧眼见比叡山僧人如此作为，又怎会安分守己呢？宽治七年（1093年），兴福寺的僧人带领春日大社的神官，抬着神木、 、镜、铃等，围困劝学院，申诉近江守高阶为家擅自捕杀春日大社神官的事件。于是，藤原氏的大臣、纳言等，纷纷聚集到关白藤原师通的宅府，将事件始末上奏白河上皇，最后高阶为家被处流放土佐国，其余连坐之人均被解除官职。
长治二年（1105年），比叡山僧人向朝廷申诉，太宰府权帅藤原季仲与八幡宫别当光清射伤灶神的神舆并射杀日吉神社的神官。随后，祇园神社的神官也向朝廷申诉检非违使中原范政的部下制止御灵会修行时射伤了神官。于是，祇园神社、日吉神社的神官和比叡山的僧人一起，抬着日吉神社的神舆，围堵大内阳明门，要求朝廷对藤原季仲、中原范政、八幡宫别当光清等定罪。
就在朝廷准备对八幡宫别当光清等人定罪的时候，八幡宫的神官也来到待贤门，申诉光清无罪。八幡宫的神官听说朝廷决定免除光清神宫寺司之职时，便打算将八幡宫的神舆抬到京城来。朝廷听说之后，便决定对其妥协，承诺不处置光清。
最后，以藤原季仲流放常陆、其子刑部少辅藤原怀季及少纳言藤原实明等免职而收场。
南都兴福寺由于路途遥远，往往在半途中就收到圣旨打道回府。而北岭比叡山则是稍有不顺就打下山门，威胁朝廷。所以，白河上皇有一句著名的感叹就是：“天下之事，唯有三不如意：比叡山的法师、鸭川的水，以及骰子的点数。”