启用菅原道真及废绝遣唐使
以上种种弊病，都是长年累月积累下来的，纠正起来并不容易。一件一件清理下来，固然是因为宇多天皇的英明裁决，也离不开当时的左大臣源融、中纳言在原行平等人才的辅佐。特别是对菅原道真的提拔，确实能看出宇多天皇的慧眼识人。
宽平三年（891年）三月九日，菅原道真从赞岐守升至式部少辅，同月二十九日，任藏人，兼左中辨。宽平三年（891年）四月十八日，准许穿禁色杂袍，任藏人头。然而，菅原道真上表请辞：
（前略）伏奉昨日任藏人头之敕旨，（中略）谨检近代之例，天安藤原良绳、贞观藤原家宗、藤原山阴，仁和平正范、藤原有穗、源光，当代藤原时平、藤原高经、源希等，或出资清流，或生于鼎族，其性也，堪守芝兰之种，其威也，足率凤鸾之群，未有凡夫儒士之能当其任，以遗其名。（中略）况其职之乖人望乎，况其任之违天意乎，伏愿圣主陛下，济臣不当，更选其人。云云。
菅原道真在辞表中历陈：藏人头之职，历来都是出自权贵之家，但自己出身寒微，不堪重任。然而，宇多天皇并没有应允菅原道真的辞表。
后来，菅原道真历任兼左京大夫、参议、式部大辅、左大辨、勘解由使长官等，并于宽平六年（894年），被任命为遣唐大使。左少辨纪长谷雄为副使。当时，菅原道真上表如下：
谨案在唐僧中瓘，去年（宽平五年，即893年）三月，附商客王讷等，所致之录记，大唐凋敝，载之具矣，更告不朝之问，终停入唐之人。中瓘虽区区之旅僧，为圣朝尽其诚，代马越鸟，岂非习性。臣等伏检旧记，度度使[21]等或有渡海不堪命者，或有遭贼遂亡身者，唯未见至唐有难，阻饥寒之悲。如中瓘所申报，未然之事，推而可知。臣等伏愿，以中瓘录记之状，遍下公卿博士，详被定其可否。国之大事，不独为身，且陈款诚，伏请处分。
表文中所说的“录记”，现已不存，内容不明，但从表文内容能够推出其大意。应该是报告当时唐朝正处于从唐僖宗李儇时代进入唐昭宗李晔时代，内有宦官专权，朝纲混乱，外有黄巢、李克用、董昌等举兵，自立为王，唐主屡次多方蒙尘。
当时，对于日本朝廷来说，派遣遣唐使历来都是重大事件。如果不顾大唐的状况，依然派遣遣唐使的话，可能会如菅原道真表文中所说那样，遭遇不测。所以，菅原道真根据大唐当时的国情，请求停派遣唐使。
于是，派遣遣唐使之事从此废止。
同年，即宽平六年（894年），菅家门生等在吉祥院祝贺菅原道真五十大寿。当日，有一位老者，身着便装草鞋，手中提着一卷文书和一包沙金，将文书和沙金放在案桌上就离去了，也没有告知姓名。大家觉得奇怪，打开文书一看，里面是一则祈愿书文。祈愿文内容如下：
传闻，菅家之门客，共贺知命之年，弟子虽削迹人间，无名世上，而数记淳教之风，多改愚昧之过。古人有言：无德不报，无言不酬。深感彼意，欲罢不能。故福田之地，舍此沙金，金以表申诚之不轻，沙以祈上寿之无涯。莫疑其人，可求其志。云云。
所有人都不知道这是何人所赠。后来才知道，是宇多天皇易装为世外之人前来赐金。由此可知菅原道真所受恩宠之优渥。
宽平三年（891年），宇多天皇命菅原道真编纂《日本三代实录》及《类聚国史》等。此外，宇多天皇历年游宴的诗文，多是钦点菅原道真作序。现将宽平五年（893年）菅原道真所作序文摘录如下，以供参考：
应制赋《春惜樱花》，其词曰：承和之代，清凉殿东二三步有樱树，树老代亦变，代变树遂枯。先皇驭历之初，事皆法则承和，特诏知种树者，移山木，备庭实。移得之后，十有余年，枝叶惟新，根荄如旧。我君每遇春日，遍及花时，惜红艳以叙睿情，玩熏香以回恩盻，此花之遇此时也，红艳与熏香而已。夫劲节可爱，贞心可怜，此花北有五粒松，虽小不失劲节，花南有数竿竹，虽细能守贞心，人皆见花，不见松竹。臣愿我君兼惜松竹云尔。仅序。
春物春情更问谁，红樱一树酒三巡。
绮罗切齿相同色，桃李惭颜共遇时。
欲蔓飞香凭舞袖，将缠晚带有游丝。
何因苦惜花零落，为是微臣身拾遗。
——《菅家文草》
宇多天皇命菅原道真咏花，但菅原道真不仅说花，还说松竹的劲节，哪怕是一时游宴，也不忘节义，可见其平时的品德与节操。所以君主对他的恩宠，绝不是毫无缘由。所谓“有其君必有其臣”，正是因为有了这样的君臣，才会有如此的政绩。后世总是讴歌“延喜之治”，但我们必须知道，“延喜之治”的根基，铸就于宽平年间。