禁止新立庄园及设置记录所
先帝（后冷泉院）在位时，就有意抑制摄关的权势，试图亲政。后三条院在即位以后又更进了一步，亲自主持政务改革。长期以来，权门势家、寺庙神社等特权阶级与地方豪族相勾结，大量开垦私田，国司等也纷纷效仿，导致田租调庸等都无法按时缴纳。
治历四年（1068年），后三条院即位。治历五年（1069年）二月二十三日，后三条院下诏各国：
（大意）废止宽德二年（1045年）以后各国新立庄园（私垦田地）。在此之前开垦的庄园，如果券契不分明，于国务有妨碍者，也需废止。
治历五年（1069年）闰二月十二日，朝廷设记录所。记录所负责征集各国庄园的券契，检验真伪。这样的圣旨，对于朝野内外，无异于晴天霹雳。可以想象，当时上至关白，下至各地豪族，无不震惊错愕。《愚管抄》记载：
延久年间，朝廷始设记录所。因为后三条院意识到，日本各地的庄园，没有天皇或官府颁发的合法文书，就将国家的土地圈为私有，这已成为国家一大弊害。特别是藤原赖通担任关白时，全国到处都是摄关家的庄园，给国司追缴田租造成了很大的妨碍，这些事情也渐渐传到后三条院的耳中。
然而，后三条院下令所有庄园必须提交合法文书供记录所查验时，藤原赖通十分干脆地回答道：“我家的庄园好像都没有这些东西啊。我辅佐天皇五十年间，各地领主因为种种原因，把领地赠送给我，我也就答应一声收下而已。那些文书什么的，我全都没有。我名下的庄园，如果你们觉得哪里不合法，就全部没收好了！既然天皇下令整顿庄园，我作为关白，自然要率先支持。不合法的庄园，那就要全部没收。”（中略）
后三条院思索良久，重新追加了一条圣旨，下令记录所查验全国庄园的所有凭证，但藤原赖通的庄园无须查验。这样一来，这条命令就完全失去了效力。（中略）
当时，藤原教通担任藤原家的家督。延久年间，藤原氏氏寺兴福寺与当地国司发生争议，双方僵持不下，闹到了御前，请求天皇圣裁。后三条院打算准许国司的请求。这时，藤原教通说：“我藤原氏一族之长颜面无存，不知氏神做何感想。一切但凭圣裁。我只等氏神降旨。”说完，当即就离席而去。满朝文武瞠目结舌，不知所措。
最后，后三条院还是准许了兴福寺的申诉。于是，兴福寺开坛讲授《法华经》，祈求国泰民安。
《续古事谈》记载：
后三条院，居太子之位二十年，静心学问，不仅才通和汉，更能执掌天下之政。这位天皇即位后，便进行了各种政治改革。其中，对于各国官员捐功连任（其实就是花钱买官）的现象，后三条院严令禁止。但关白藤原教通却以修建兴福寺南圆堂为由，向后三条院申请准许官员捐功。这样一来，就触到了后三条院的逆鳞，后三条院怒斥道：
“摄政关白这样的重职，原本只有天皇外祖父才能担任，朕毫不犹豫地任命你担任这个职位，你却如此违逆朕的法令！朕十分生气，请马上出去！”
不仅如此，后三条院还大声叫所有藤原氏大臣全都出去。春日明神的威仪，在这一刻完全堕入了尘埃。满殿的藤原氏朝臣，纷纷起身，跟在藤原教通身后退出了大殿。
由于事情太过激化，后三条院最终还是作出妥协，将关白藤原教通及其他藤原氏臣子召回，并准许了藤原教通提出的用官员捐功来修建南圆堂。
以上两种说法孰是孰非暂且不管，但即使是在那种场合下，还会提“春日明神的威仪”云云，可见藤原家族在朝廷中的绝对优势力量。这也成为后来“神木入洛”[24]的导火索。
当年藤原赖通不肯献上“壶切”宝剑，已经能看出藤原氏权势之盛。在此次整治庄园事件中，面对验收田地券契的记录所，藤原赖通竟放言说：“那些文书什么的，我全都没有。我名下的庄园，如果你们觉得哪里不合法，就全部没收好了！”最后，后三条院也因为与藤原家代代的纠葛，准许藤原赖通免于提交券契，完全保留了原有的庄园。然而，谁能想到，这些庄园流传到后世，却成为藤原氏子孙不睦的源头，具体状况，可以参看后文藤原基通、藤原基房之争。