传位皇太子及藤原基经摄政
同年，即贞观十八年（876年）十一月，清和天皇突然退位。《日本三代实录》记载：
贞观十八年（876年）十一月二十七日庚子，（清和天皇）车驾幸染殿院。
贞观十八年（876年）十一月二十八日辛丑，（清和）天皇有意让位，故出居外宫。遣使守内外之要害之处，以戒不虞。（中略）各赍敕符木契，一时驰赴。
贞观十八年（876年）十一月二十九日壬寅，皇太子（贞明亲王）出自东宫，驾牛车，诣染殿院。是日，（清和）天皇让位于皇太子（贞明亲王），敕右大臣从二位兼行左近卫大将藤原朝臣基经（即藤原基经），保辅幼主，摄行天子之政，如忠仁公（藤原良房）故事。其诏曰：（中略）而君临渐久，年月改随，热病频发，御体疲弱，不堪听朝政。加以比年之间，灾异繁见，天下无宁。每思及此，忧伤弥甚。是以脱屣此位，治赐御病，镇息国家之灾害。念行年久，然为待皇太子（贞明亲王）成人，于今经数年。今所思，朕昔以幼稚得钟此位，赖贤臣之保佐，得至于今日。（中略）故是以授赐此位于皇太子贞明亲王。（中略）
又左大臣源朝臣（嵯峨帝皇子源融，世称河原左大臣）为性萧疏，不耐仕奉朝务，先先[56]申乞殷勤，朕且不欲夺其志。
右大臣藤原朝臣（藤原基经），取持内外之政，勤于仕奉，夙夜不懈。又皇太子（贞明亲王）之舅氏也。见其情操，寄托幼主。然则少主未亲万机之间，摄政行事，如忠仁公（藤原良房）之保佐朕身，相扶仕奉。（中略）
皇太子（贞明亲王）受天子神玺宝剑，御凤辇，归于东宫。文武百官扈从如常仪。
贞观十八年（876年）十二月八日，清和天皇获太上天皇尊号。《日本三代实录》记载：
敕令所司，奉白绫二百匹、绫三百匹、白绢五百匹、绢二千匹、帛五百匹、白丝三百 
、丝七百 
、细屯绵千屯、石见绵四百屯、调绵一万屯、庸绵五千屯、绵细布千端、调布二千端、新钱二百贯文于太上天皇宫。又奉充御封二千户。
《大镜》记载：
（清和天皇）在位十八年，于贞观十八年（876年）十一月二十九日在染殿院退位。元庆三年（879年）乙亥五月八日出家，时年三十，世称水尾帝。
《神皇正统记》记载：
清和天皇心归佛法，常怀脱屣之志，经慈觉大师受戒，得授法号素真。在位的帝王领受法号，是极罕见的事情。（中略）清和天皇让位于皇太子（贞明亲王），三年后出家，作为慈觉大师的弟子接受灌顶，然后在丹波一个叫作水尾的地方修行。不久后去世，时年三十一岁。
《日本三代实录》记载：
（大意）元庆三年（879年）五月四日，太上天皇（清和）自清和院迁至粟田院，此处为藤原基经之山庄，位于鸭川以东。
元庆三年（879年）五月八日，太上天皇（清和）落饰出家，当时权少僧都宗睿在旁侍奉。
元庆三年（879年）五月二十日，天皇（阳成）下诏，命大和国进米百斛于清和院，以充太上天皇（清和）头陀山中之费。
元庆三年（879年）十月二十三日，进献绵二千屯、钱一百贯文于粟田院，以充太上天皇（清和）临幸大和国之费。
元庆三年（879年）十月二十四日，太上天皇（清和）临幸大和国，六府将曹、志府生，每府各一人，近卫、兵卫、各门部十人充当护卫，太上天皇（清和）尽数斥退，只留参议治部卿在原行平、参议右大辨藤原山荫随行。
次年（元庆四年，即880年）三月，太上天皇（清和）将伊势、尾张两国进献给清和院的白米一百斛转送给丹波国水尾山寺。当时，太上天皇（清和）巡游大和、摄津等地的名山佛寺，留居水尾山寺。
元庆四年（880年）八月，太上天皇（清和）自水尾山寺回到京都嵯峨栖霞观，此处是左大臣源融的山庄。之后又移驾粟田圆觉寺，即粟田院。
元庆四年（880年）十二月四日，太上天皇（清和）于粟田院驾崩。得年三十一岁。太上天皇（清和）心寄佛陀，笃习佛经，遍游山城国贞观寺、大和国东大寺、香山、神野、比苏、龙门、大泷、摄津国胜尾山等诸国名山大寺，诚心礼佛。从胜尾山回到山城国海印寺后，又进入丹波国水尾山。之后便断绝酒醋盐酱，每隔两三天进一次斋饭，每日苦修，焦毁如削，寝疾大渐，命近侍僧人，诵《金刚轮陀罗尼》。太上天皇（清和）正向西方，结跏趺坐，手结定印而逝，御体不动，俨然如生，念珠犹在手中。于是，太上天皇（清和）御棺，形如轿舆。按照太上天皇（清和）遗诏，于山野中茶毗（火化）。
元庆四年（880年）十二月七日，葬于山城国上粟田山，并依据遗诏，不建皇陵，百官及诸国无须素服举哀之礼，丧事一切从简。