藤原忠平任关白、立太子及朱雀天皇禅让
随着朱雀天皇年岁渐长，天庆四年（941年）十一月，藤原忠平辞去摄政之职。于是，朱雀天皇下诏，朝中大小事务，百官均需关白太政大臣（藤原忠平）[52]，然后再行下达，一切均仿仁和旧例。
天庆七年（944年）四月，朱雀天皇册立皇弟三品太宰帅成明亲王为皇太子（不称皇太弟）。当时朱雀天皇膝下尚无皇子，这应该是藤原忠平的决定。
天庆九年（946年），朱雀天皇举行禅让大典。《日本纪略》记载：
天庆九年（946年）四月十九日己卯，于宜阳殿，行固三关并警固事，依明日有（朱雀）天皇御让位也。
在这条记录之前，并没有朱雀天皇身体抱恙，或者是商议退位的记载，所以这一条记载显得十分突兀。与历代天皇退位的先例对比，此次退位显得有些奇怪。朱雀天皇退位的原因，大约是即位以来，各国凶歉疫病、京都大风等异象频频发生，以及东西兵乱，虽然后来平定，但依然天灾不绝。《大镜》记载：
朱雀天皇性情温和，深受百姓爱戴。然而，“将门之乱”以后，朱雀天皇总是提心吊胆，不久就退位了。退位的过程，也颇奇怪。
据说有一天，朱雀天皇行幸至母后（藤原稳子）处。母后（藤原稳子）对天皇（朱雀）说：
“如今动乱平息，天皇一切顺遂，本宫深感安慰。”
然后接着说：
“接下来，我也想看看东宫（成明亲王）当上天皇的样子呢！”
朱雀天皇心想：
“看来母后想要太子即位，等得很心急了呢！”
朱雀天皇很快就提出了退位的想法。母后（藤原稳子）听后叹息道：
“哎，我并不是这个意思！我只是遥想了一下很久以后的场景而已！”
不久之后，朱雀天皇退位，众人皆叹。于是，朱雀天皇作了一首和歌，抒发退位当天的心情，并将这首和歌赠予了母后（藤原稳子）：
日出东山，光耀四方。时雨霖霖，浸染何方。[53]
母后（藤原稳子）也作和歌相和：
时雨侵染，白云降处。晴也此山，阴亦此岭。[54]
朱雀天皇退位以后很长一段时间，都居住在宫中的绫绮殿。据说是对退位有了后悔的想法，所以在这里祈祷复位。也不知道是真是假。
朱雀天皇从小体弱多病，藤原忠平虽然辞去了摄政之职，改任关白，但这只是形式上的调整，实际上国家政务还是由藤原忠平一人裁决。然而，藤原忠平担任摄政以来，连年灾祸频发，而且发生了“将门、纯友之乱”。特别是平将门，曾经在藤原忠平身边从仕，希望能得到藤原忠平的提携成为检非违使，但被藤原忠平拒绝，继而回到东国，起兵作乱。
当时的日本，深受中国“国之灾祸，责在朝臣”等儒家思想的影响，所以必定有一部分皇统源氏，背后对藤原忠平有所议论，甚至也有人希望他因为平将门的事情引咎辞职。然而，藤原忠平本人却完全没有这种意思，甚至还将自己的儿子藤原实赖晋升为右大臣。父子同朝，显赫一时。其他人看在眼里，心中更是不快。渐渐有人议论，说他们父子趁朱雀天皇病弱，把持朝政，作威作福。
这些议论传到藤原忠平父子耳中，父子二人开始思量：肯定有人在暗中筹谋天皇废立之事，即便事情不成功，也会造成朝廷纷乱，难以收拾。不如趁朱雀天皇还没驾崩之前，提前册立自己中意的皇子，才能阻绝这种祸乱。
于是，藤原忠平父子迅速册立朱雀天皇同母弟太宰帅成明亲王为皇太子。然而，即使如此，他们依然无法放松警惕。因为朱雀天皇年近二十，眼看就能拥有自己的皇子，到时候事态就会变得复杂，说得过分一些，就会造成阳成天皇一样的遗憾。
然而，劝朱雀天皇主动退位，本就不是一件容易的事。即便朱雀天皇同意，也难保其他大臣不会出言反对，从而导致事态不稳。幸好皇太后藤原稳子是藤原忠平的胞妹，于是，藤原忠平父子向皇太后（藤原稳子）进言：“（朱雀）天皇、皇太子（成明亲王），都是太后所生，现在（朱雀）天皇皇位不稳，不如让位给皇太子（成明亲王），这样对皇室和藤原家族，都更安全。”这也是藤原氏经常使用的权谋之策。
对于藤原忠平父子的建议，皇太后藤原稳子大约也十分赞同，所以才会在对朱雀天皇说完“如今动乱平息，天皇一切顺遂，本宫深感安慰”这番话之后，突然急转直下，说起“接下来，我也想看看东宫（成明亲王）当上天皇的样子呢”！这恐怕就是皇太后藤原稳子接受了藤原忠平父子的建议，暗示朱雀天皇退位的意思。从自己的母后口中听到这样的话，朱雀天皇心中不知做何感想。
所以，与历代天皇退位不同，这次退位之前并没有天皇患病等相关记录，而是非常仓促唐突地直接退位了。皇太后藤原稳子知道消息后，虽然叹息说“我并不是这个意思”，但退位已成事实，无法更改了。
正是因为这次退位太过突然，所以朱雀天皇身边侍奉的人都惊愕不已，才会有《大镜》中那句“众人皆叹”。朱雀上皇将自己的感受和身边人的反应写进诗中，赠给太后（藤原稳子）。太后（藤原稳子）回赠的“白云降处”，指的就是退位的朱雀上皇，所谓的“时雨”，指的就是人人叹息的声音。
《日本纪略》记载：
天庆九年（946年）四月二十日庚辰，（朱雀）天皇让位于皇太弟成明亲王，诏止太上天皇号，迁御绫绮殿（年二十四，新帝年二十一）。新帝（村上天皇）上表，再谢推让，敕不许。
天庆九年（946年）四月二十六日丙戌，诏上太上天皇尊号，又皇太后（藤原稳子）为太皇大后。
后来，天历六年（952年）三月，朱雀上皇御体有恙，天历六年（952年）三月二十六日落饰出家，法名佛陀寿。同年，即天历六年（952年）八月十五日驾崩，时年三十岁（《大镜》记载为三十七岁，有误），葬于山城国来定寺北野陵。朱雀上皇膝下没有皇子，只有一名皇女，即昌子内亲王。《大镜》记载：
朱雀上皇病重，而太皇太后宫（冷泉天皇皇后昌子内亲王）年纪尚幼，朱雀上皇不舍幼女，心中悲苦，随即咏和歌一首：
今欲往彼国，所眷唯此女。幸得君为种，吴竹世绵长。
此情此景，令人慨叹。