六、处置叛党
朝廷下令，命平清盛搜捕叛军余党。藤原信赖之子藤原信亲、藤原信赖兄长兵部大辅藤原家赖及民部权少辅藤原基成、弟弟尾张少将藤原信俊等，全部被处革职查办。其中，中纳言源师仲，先将内侍所（神镜）从宝盒中取出，揣在怀里，和源义朝一起从皇宫出来之后，就分道扬镳，径直前往六波罗府投诚。《百练抄》记载：
永历元年（1160年），奉纳内侍所神镜于新造唐柜，去年（平治元年，即1159年）十二月二十六日，（藤原）信赖卿逆乱之间，（源）师仲卿破唐柜，取奉御体，于桂边经一宿。其后，奉渡（平）清盛朝臣六波罗亭。
源师仲因为进献神镜有功，而得到赦免。其余藤原经宗、藤原惟方、藤原成亲等人，虽曾一度加入叛军阵营，但因为参与了营救天皇、运送神玺与宝剑等行动，将功折罪，所以被恕无罪。
清和源氏之中，源赖政等人，最初因为从属源义朝麾下，曾一同出发前往围攻六波罗府。后来知道天皇、上皇都在六波罗府中，便中途退出，没有参加合战，因此也被恕无罪。而源义朝之子源赖朝，曾追随父亲一同进攻后白河上皇御所，并在藤原信赖擅自举行的那次除目中被任命为右兵卫佐。源义朝逃离京都时，源赖朝本来也一同逃亡，途中被山匪冲散，独自一人藏匿在近江国浅井郡的村中，后来被平赖盛的部将右兵卫尉平宗清擒获，被判处死，年仅十三岁。然而，他因为容貌酷似平赖盛的同母弟——早逝的平家盛，平赖盛之母池禅尼心怀不忍，便向平清盛求情，让他免于一死。最后，源赖朝被处流放伊豆国蛭岛（村庄名，不是岛屿）。《愚管抄》记载：
源义朝之子源赖朝，（中略）平治之乱时，他年方十三，官至右兵卫佐。兵乱发生于十二月，次年正月改元永历。永历元年（1160年）二月九日，源赖朝被平赖盛部将右兵卫尉平宗清擒获。平赖盛之母，是修理大夫平宗兼之女（池禅尼），敦厚贤良，对夫君平忠盛助益颇多。保元之乱时，池禅尼是崇德上皇第一皇子（重仁亲王）的乳母，所以平赖盛本来应该加入崇德上皇的阵营，但池禅尼却说：“此事上皇一方必会落败，他们毫无胜算。”并嘱咐平赖盛：“你就好好跟着你的兄长清盛。”这样一位夫人，见到平赖盛擒回的源赖朝时，怜惜他年纪轻轻，不忍见他就此送命，于是，哭着向平清盛求情。源赖朝因此被免于死刑，被流放到了伊豆国。
由此可见池禅尼的慈悲之心。当年平忠盛能够出人头地，固然是因为他自己立下的功勋，但这背后，池禅尼与朝廷、后白河上皇之间的关系，也对他助益不少。所以面对这位夫人的求情，平清盛自然是难以拒绝。
这些年来，平氏在日本的中部、西部都有自己的势力范围，唯独在关东地区势力微薄。将源赖朝发配到源氏数代经营的关东地区，无异于放虎归山。当时就有人议论，这对平清盛来说，无疑是一个十分不明智的选择，恐怕这也是出自池禅尼的请求。尽管平氏在伊豆国东乡有庄园，还有平氏的亲信伊东祐亲、山木兼隆等驻扎在附近，可以作为平氏的眼线监视源赖朝。然而，这个决定无疑是平清盛一生之中最大的失策。
源义朝的长子源义平，自幼因粗鲁豪放而被父亲疏远，被驱逐到他的领地武藏国大藏乡，后来与叔父源义贤发生争执将叔父杀死，回到京城后，被世人称为“恶源太”。平治之乱中，源义平跟随父亲作战，兵败之后就马上回到关东，试图集结兵力不成，又潜回京师暗中窥视平清盛，结果行踪暴露被逮捕，于六条河原被处斩刑。关于源义朝之死，《愚管抄》记载：
源义朝不能骑马，徒步走到尾张国时，已经筋疲力尽，他的部下镰田次郎正清的岳父、大矢左卫门平宗恒后裔、内海庄司平忠致正好就在附近，于是，源义朝与镰田次郎正清一起前去投奔。平忠致十分热情地接待了源义朝主从二人，还烧了热水让二人沐浴。镰田次郎正清突然察觉到情况不太对劲，便对源义朝说：“糟糕，我们可能出不去了。”源义朝说：“没错，我明白。你送我上路吧。”于是，镰田次郎正清砍下主君的头颅之后，随即自尽追随主君而去。
后来，源义朝的首级被送往京城，悬挂在狱门示众。在源义朝首级下方，不知道是谁写了一首和歌：
下野守又兼狱门官，如此兼官恐非宜。[65]
人们都说这首和歌十分巧妙。当时坊间流传九条大相国藤原伊通喜欢悄悄写些这类的匿名诗，所以大家都说这首和歌肯定也是他作的。
平治之乱至此完全平息，可以说完全是平清盛的功劳。于是，永历元年（1160年）六月，朝廷论功行赏，封平清盛为正三位，平重盛为伊予守，平基盛为大和守，平赖盛为尾张守，其余众将也各得恩赏。