一、后三年之役
后冷泉院康平年间，陆奥豪族安倍赖时作乱，出羽豪族清原武则出兵协助陆奥守源赖义平叛。清原武则因平乱之功，被封为镇守府将军，他同时还吞并了安倍氏的领地，一时之间，声势居于奥羽两国之冠。
清原武则之子清原武衡、清原家衡[16]及其养子藤原清衡等，皆以勇武而闻名。源赖义之子源义家出任陆奥守时，藤原清衡前往迎接，极尽殷勤。但清原武衡与清原家衡则占据出羽、仙北、金泽等寨，没有前来拜谒。因为此前，同国藤原实清劫掠清原武衡在河内国的庄园，引起了纷争。当时清原武衡远在出羽国，而居住在京都的藤原实清则巴结陆奥守源义家，企图将庄园据为己有。因此，清原武衡等对源义家心怀不满，所以才无礼相待。另外，清原武衡还与同族吉彦秀武发生了矛盾，准备诉诸武力。
源义家听说了这些事以后，首先下令命双方停战，然后召清原武衡、清原家衡至国府问话。但清原家衡误以为源义家是要诱捕他，所以没有从命，反倒继续修建工事积极备战。
宽治四年（1090年），源义家假托游猎之名，想要进入出羽境内，却被樵夫告知，清原家衡已经率众守在了要害之处，准备袭击源义家。源义家听说之后，马上返回了国府。清原武衡从陆奥国回来后，听说了这件事，大大奖赏了清原家衡，说他能让鼎鼎有名的“八幡太郎”源义家闻风而逃，实在是家族的荣光。还说，当年源义家之父源赖义征讨安倍赖时，屡战屡败，幸得清原家相助，才能平定叛乱，立下战功。现在看来，源义家也不过如此，将弱兵寡，不足为惧。于是，清原武衡和清原家衡一起，不仅不遵从国司的命令，还在金泽修起了兵寨。
奥羽地区的豪强们听说了这件事情，有的纷纷归顺于清原武衡麾下，还有的则占据领地与国司对抗等，一时之间，国内大乱。
源义家听说后大怒，亲自领兵征讨，却败绩而归。于是，源义家上奏朝廷，说当时天寒地冻，士兵多有逃散，加上自己没有官符，才导致了这次失败，向朝廷请求许可和支援。然而，朝廷认为这不过是助长私斗之风，没有准许。
当时，源义家的弟弟源义光，在宫中担任检非违使右兵卫尉。源义光听说这件事之后，大吃一惊，赶紧上奏朝廷，说要前往陆奥，加入兄长的军队。但朝廷依然以“助长私斗”为由拒绝了他的奏请。
于是，源义光将朝廷的弓箭卸下，留在官厅后，悄悄离开了当值处，骑马前往陆奥。据说当时还有一个名叫丰原时秋的人，追随源义光一同前往关东，然后在相模国足柄山接受了笛笙秘曲的传授。这个故事在很多书中都有记载，被传为佳话。《今镜》记载：
右大臣源雅定，（中略）擅长笛笙，曾师从当时的笛笙名手丰原时元。当时有一只名为“交麻吕”的名笛，是选取中国竹子和日本竹子中最好的材料制成的，拥有最美的笛音。（中略）这支名笛据说是丰原时元的兄长丰原时忠所制。（中略）
源义光
丰原时忠曾向一位名叫源义光的爱好笛笙的源氏武者传授吹笛的技艺。这支名笛“交麻吕”也在源义光手上。源义光要前往关东时，丰原时忠对他说：“因为这些年来的情谊，就让我送你一程吧！”就和他一起出了京城。
后来源义光揣测，丰原时忠大约是惦记着名笛才一路相送，便对丰原时忠说：“我乃一介武夫，早已将生死置之度外。然而，我这样的爱笛之人，绝不能让这样的名笛失传。”便将“交麻吕”还给了丰原时忠。丰原时忠这才告别源义光，返回京城。
根据这个片段，可以看出丰原时元的兄长丰原时忠是为了要回名笛“交麻吕”才跟随源义光一同离京。至于秘曲传承，《今镜》记载：
丰原时元年轻时，有一位名叫武能的老者，能吹奏十分美妙的乐曲。武能晚上从宫中回家时，丰原时元总是十分小心地搀扶着送他回家。武能十分高兴，便向丰原时元传授了非常美妙的笛笙秘曲。
《时秋物语》中说：
甲斐守源义光担任右兵卫尉时，在京中听到了兄长陆奥守源义家进攻清原武衡、清原家衡的消息，于是，向朝廷请求准许前往助阵，朝廷不允。于是，源义光将兵甲卸下，辞去兵卫尉之职，离开了京城。源义光行至近江国时，（中略）有一个青年男子骑着马赶来，源义光十分诧异，来人近了，定睛一看，原来是丰原时秋前来助阵。（中略）二人一同赶路来到相模国足柄山时，（中略）源义光想到丰原时秋的前途，（中略）于是，下了马，取出两张盾牌，一张放在自己面前，一张放在丰原时秋面前，（中略）还拿出一卷文书放到丰原时秋面前，说：“这是令尊丰原时元大人亲自谱写的《大食调》和《入调》的曲谱，我是令尊的弟子，跟随令尊修习管弦的奥义。令尊去世时，你才十岁，所以没能传授给你。你带笙了么？ ”丰原时秋将随身的笙拿出来。（中略）于是，源义光将秘曲传授给了丰原时秋，还说：“这样一来，我就算战死沙场，也死而无憾了！”于是，将两首秘曲传授给了丰原时秋。
《时秋物语》把“追随源义光离京”这件事安到了丰原时元的儿子丰原时秋身上。不过，想必《今镜》中的叙述才是史实，而《时秋物语》则是根据《今镜》中的两则故事进行加工所创作的文学作品。
源义光（右）与丰原时秋（左）
总之，源义光最终还是到达了陆奥。源义家大喜，感动到涕泪俱下，他说：“我看到你，就像看到已经去世的父亲！”
连远在京都的源义光都不辞路远，率先赶来，所以源赖信的后代中，居住在坂东的其他源氏勇士也纷纷加入源义家的阵营。于是，源义家自立为大将，率领源氏大军攻向出羽国，双方大战两场，一胜一负，没有很快取得胜利。源义家为了激励将士，将伙食分为甲乙两等，以勇怯为评判标准。于是，将士们争先恐后上阵杀敌，士气为之一振。
这时，清原家衡同族的吉彦秀武投降源义家，并向源义家献言道：“如果双方长期对峙，敌方关寨的粮草势必会消耗殆尽，到那时，他们就只能束手投降了。”源义家觉得有理，便修建防守工事，固守不战。清原武衡等多次前来挑战，但源义家就是不应战。果然，不久之后，敌寨之中粮草渐尽。于是，一些残兵弱将出寨投降，但源义家将他们全都斩了。随后，是一些老幼妇孺出寨投降，源义家依旧将他们全都斩了。最后，关寨之中粮草殆尽，清原武衡等派遣使者来到源义家阵中乞降，源义家也没有答应。
有一天夜晚，天寒地冻，将士寒苦。源义家下令，让将士将营地拆毁，烧了取暖。天明时分，敌营之中也亮起了火光，火焰滔天。源义家马上下令，全军出击，斩获无数。清原家衡逃遁，清原武衡藏匿在池塘里的水草之中，都被找了出来。源义家讥笑道：“你们的父亲，追随家父，才有了立功的机会。家父为你们的父亲奏请朝廷，才让他得到封赏。但你们却忘了这旧日恩情，与我反目为仇。我还听说，前日你等夸耀，说家父向你们父亲递交名册，行臣下之礼。敢问这名册何在？”
清原武衡仆伏在地，不敢应答，只是苦苦哀求。源义光说，应当赦免投降的人，这样才能安稳人心。但源义家不肯答应，他说：“像当年的安倍宗任那样真心臣服的，可以宽恕，但清原武衡不是真心投降，他只是因为被抓住了，想要活命而已。”于是，源义家下令，将清原武衡与其党羽藤原千任等一并斩杀。后来，清原家衡假扮成仆从模样，想要逃走，被县小次郎次任射杀后，其首级被献给了源义家。至此，奥羽之乱全部平定。
源义家凯旋，并向朝廷奏请下发官符。他命藤原清衡负责留守，自己则携带清原武衡等的首级前往京师领赏。但朝廷认为这是私斗，没有准许，还下令五畿七道：“前陆奥守源义家，随军入京，沿路百姓不得向源义家进献田地。此事的起因是藤原实清、清原武衡在河内国的领地之争。源义家与其弟源义纲分别支持两方，逞凶斗狠，兴兵作乱，引起天下骚动。”
如此一来，拼死作战的将士不仅没有得到朝廷的封赏，反倒被视为乱民，他们的失望之情，可想而知。坂东勇士愤恨之余，从此以后，眼中不再有朝廷，只有源氏一族。而坂东作为源氏立足的根据地，越发坚不可摧。后来源赖朝之所以能成就霸业，也是因为源义家在这次战斗中打下的基础。
这次动乱，始于宽治三年（1089年），终于宽治五年（1091年），与之前的康平之役相对，被称为“后三年之役”。