下丘脑与垂体之间结构和功能的联系非常密切,共同组成下丘脑-垂体功能单位,参与维持机体内环境稳态。这些区域的神经元的功能主要涉及激素分泌、自主神经系统的中枢控制以及情感与动机的发生、发展。此外,下丘脑和边缘系统也与网状结构及新皮质相互联系,从而维持意识的唤醒状态。