对教育与研究计划的控制
中央和地方委员会
传统上，瑞典实行的是强势的中央集权管理，同时，在某些部门，又实行地方民主。瑞典政府的一个特点是各部委的规模很小，它们的主要职能是为议会准备议案。中央管理由中央的委员会和办公室执行，他们的工作独立并以立法和条例为依据。
传统上，高等教育是中央集中管理的。这就意味着议会决定大学和学院应设置的专业，而政府根据系里的建议任命教授。瑞典政府为大学专门设立了中央“办事处”。从1964年起设立全国大学和学院委员会（NBUC）。一段时间来，这个中央高等教育执行管理中心还要负责向教育部提供第三级教育的综合预算建议（根据所有院校董事会和系的预算建议）。
在高等教育扩张时期，主要是1958—1970年，全国大学和学院委员会对不同改革的实施有重要影响。此后，为第三级教育提出预算建议成为其主要职责。在过去十年内，政府有关评估与后续研究的要求越来越强烈。目前，瑞典尚未建立教学质量评估机构。控制教学质量的惟一方法是通过选择新教授来实现的。对研究活动的评估比较普遍。研究委员会的评估相当频繁，但程序并没有制度化，而且财政预算与评估结果也没有联系。后续研究提供了毕业率、设备的使用、学生人数和学生所获学分数的信息。
全国大学和学院委员会以外，还有其他一些中央的委员会和机构与高等教育有关。
——国家教育辅助委员会（CSN）管理学生的助学金。
——国家公共建筑委员会（KBS）管理国家所有建设项目，包括大学和学院的建筑项目（这个组织从1993年起有所变更）。
——国家大学设备委员会（UUH）对大学和学院购置设备提供专家建议。
——九个研究委员会负责分配研究经费（来自议会），这些经费主要给大学和专门学校（学术性学院若有较好的研究项目，也可得到资助）。
——一个上诉委员会处理未被第三级教育专业录取的学生的投诉。
——为了准备实行改革和其他变革，政府常常任命一个委员会，其成员由国会议员、大学教师或其他专家以及学生代表组成。
——1937年以来，国家统计局记录了大学的所有学生人数；1977年以来，记录了整个第三级教育的学生人数。统计局收集了有关各专业的招生，不同学院的注册资料，以及专业和学位情况。
从1992年7月1日起，全国大学和学院委员会和国家大学设备委员会将被第三级教育中央服务办公室和上诉委员会（为解决人们对招生和人员任命方面的不满）所代替。服务委员会将管理招生系统，收集第三级教育内的活动资料，向政府提出年度活动报告，也提供学院需要并愿意支付费用的各种服务。第三级教育中的研究与教学将由不同的科学团体来评价。
如上文提到的，政府处理高等教育的分裂问题促成了1977年成立联合的组织。同时，1977年改革旨在地方的分权管理和加强大学城以外的高等教育。为达到这个目的，政治上的妥协促成了瑞典被分成六个高等教育区。各个地区设有一个委员会（“地区委员会”），它须对本地区高等教育的改进提出计划。地区委员会得到的经费用于投入本地区的所有独立科目。地区委员会的大部分代表来自其他地区。显然，这些委员会对1977年开始成立的新的学术性学院起了重要作用。但是，这些委员会也由于机构臃肿而受到批评，所以于1988年被取消。政府认为每个国立院校应有一个学院董事会，其大半成员来自于第三级教育之外（见下文）。
学院管理与控制
条例对学院中等级结构的规定是非常详细的。也就是说，什么董事会、委员会应该建立，它们应如何组成，它们的责任是什么都作了规定。扼要地说，
——学院董事会由副校长推荐，政府任命。通常副校长任主席，并由两名教师代表、两名学生代表以及六名校外人士组成。其主要任务是决定预算和组织。
——副校长是由教师、学生和职员在学院内选出的教师担任，由政府任命，任期六年。政府任命的管理主任协助其工作（1992年后的新的管理主任也许不由政府任命）。
——系和系务委员会由教授和其他合格的教师组成。政府条例规定了系的活动，但系内也可能有若干地方决定的组织。
——专业委员会由教师、学生以及与具体的教育专业或与这些专业相关的工业界代表组成。
——特定领域（如牙医学或药剂学）内也可以组成一个研究与教育专业联合委员会，作为可供选择的组织。
——系科由学院委员会指定。专业学者应该是系的行政领导，由选出的教师、学生以及职工组成的指导小组协助其工作，教授对系内的研究负责。
——学生必须是当地学生会成员，学生会选出学生代表参加各种管理机构，学生会还负责学生福利。
1993年后以上大多数的安排将会改变。但是董事仍然会有大半成员来自校外。
专业和课程的决定
大学和学院的专业（包括名称、目标、种类和年限）由议会设立。1992年以前，议会不仅决定预算分配，还决定每所大学或学院的每一个专业的新生人数（在某种程度上议会提出一组专业的新生人数，大学或学院在已定框架内决定单个专业的招生数）。
这些专业分为五个职业领域：
——技术与自然科学（41个专业）；
——经济学、管理学和社会科学（16个专业）；
——医学和护理专业（14个专业）；
——教学（16个专业）；
——文化与信息（27个专业）。
议会在对专业的决定中简要地说明了每个专业的目的和正常的年限，在这个框架内，每所院校可以根据需要自由组织专业（课程、专门化等）。每个专业的有关课程、考试等决定是地方的责任。
每所国立院校从议会获得一笔拨款用于发展独立的课程，地方决定的专业也由这笔钱资助。议会为特定院校对独立课程和地方决定的专业，配置一定数量的特殊科目，折合全日制学额。议会或政府为课程专业（为一定学生群体设置的课程、校外科目等）提供指导方针，但大多数的课程完全由地方决定。地方的专业由院校在其能力范围内建立（地方专业与中央决定的任何专业都可能不同）。
专业和课程的组织决策方法在大学和学院之间可能有很大不同。在大学里，由一个或一组专业有关的系和特别委员会作决定；在一个小学院里，委员会有主要影响。
对考试和学位的控制
除了对博士学位的论文进行评估外，考试并不过度正规化。大学、学院或系总是在考虑谁有权力和责任考查不同的课程等等。但是对于如何进行考试往往没有任何规定，在大多数情况下只有一个负责教师。各种不同学位的文凭由学院授予，而学院仅仅检查授予学位的所有要求是否已经达到。对于博士生学位论文的要求，在关于公开答辩、认可、出版等的法令条例中作了明确的规定。
对研究的控制
在第三级教育中，研究与发展的拨款方法主要有三种。
第一种方法，议会为大学和从事研究的专门学校的每个系提供核心资助。然后这些经费由系在内部进行分配。这种经费用于发给研究人员以及为研究活动提供一些支持。
第二种方法，研究委员会从议会获得经费，并在竞争的基础上支持研究者和研究项目。委员会让系聘请的专家来检查及评审研究项目。各研究委员会的协调委员（包括非学术界的成员）将资金用于购置研究与发展所需的昂贵的设备。这个委员会也将资金用于跨学科研究以及向公众发布关于研究与研究结果的信息（政府最近提议取消协调委员会，但未能在议会通过）。私人机构也使用与研究委员会类似的方法为研究提供大量经费。
将研究与发展集中于大学和从事研究的专门学校的政策，导致研究与发展资金从各方汇集到大学和相关机构，这是研究经费的第三个渠道。这意味着私人公司、非营利组织和各种不同的机构为第三级教育的科研与发展提供经费。科研与发展不断地需要新的建筑和设备。直到现在，对新建筑的投资主要由议会决定并提供拨款。从1993年起，国家所有的第三级教育的建筑可能都将由一个国有公司来管理。这个公司像其他地产公司一样，将这些建筑以市场价出租并将贷款投资新建筑。
对新设备的需求是一个长期存在的问题，院校将所有来源的资金都用于此。在1987—1990年三年期间，政府同所有商业银行达成协议，每年集体向第三级教育支付两亿瑞典克郎用于购置新设备，而不必对赢利缴纳附加税。
如何决定研究项目的问题不易解决，但大多数研究取决于谁有经费以及必需的物质环境（建筑与设备）。这样，大多数大学教师、系和院校都不断努力从院校的拨款、研究委员会和其他渠道获取研究经费。缺少建筑、设备和合格成员时，即使有经费也会使研究项目中断；但是，如果研究项目紧急，政府、研究委员会或私人公司也会提供这些设施。管理条例规定，外部提供的所有经费要经系领导同意；一定金额以上的每个协议需经学院董事会同意；所有土地捐赠、地产等将来可能需国家开支的都需经政府批准。
此外，管理条例还规定由外部提供经费的所有项目（研究和开发、课程等）必须充分估价。目前，有12%的经费用于院校的经常性开支（财政资助不足是第三级教育内部的一个普遍问题）。