规划与合法性间的两难困境
在高等教育政策领域不存在一个一致的框架和目标分层系统这一事实，是在时间长河中形成的瑞士体制的历史的、法律的和制度条件下的产物。然而在此体制中存在着可称为目标与观点的因素。这些目标与前景由上面论述的机构清楚地表达出来，最主要的是通过以自下而上方式运作的大学会议和以自上而下方式运作的科学委员会表达出来。大学会议和科学委员会是瑞士高等教育的政策的两个首要的机构。
在《瑞士高等学校的地位——1995年展望》的报告（出版于1989年）中，科学委员会识别了五个主要的目标：
——显著地改善教学条件（通过大学在力所能及范围内利用付诸行动的各种储备与机会）；
——大学对社会的需求作出更积极有效的反应（例如，增加女科学家的人数、减少接受大学教育的机会的地区差异、提高技术和工程学科的毕业生的人数、促进继续教育的发展等等）；
——积极地培养科学干部以满足90年代的需求；
——向欧洲开放（学生交流、互相承认文凭及同等学历）；
——识别研究中的关键领域。
在《瑞士的高等学校：1992—1995年》（1990年版）中，大学会议强调三个优先的目标：
——考虑90年代可预期的大学教授人口的年龄结构变化，增加合格的研究人员的数量，并提高女性在此群体中的比例；
——加大下列领域的教学与研究的力度：瑞士在欧洲和世界的地位、伦理学、通讯学和环境科学；
——提供新一代的技术设备和现代计算机设施。
大学会议和科学委员会一致同意，联邦政府在将来不得不大幅度地增加对大学系统的资助。然而，迄今为止没有一个机构力图实现此目标。
这两个机构提出的达成目标的做法目前正成为政治讨论的课题。参加这场讨论的机构包括联邦教育和科学部、大学会议、联邦技术学院委员会、全国基金会和科学委员会。
联邦政府并未规定瑞士大学系统的一致的目标。但它清楚地表达目标，以说服议会授权提供给联邦技术学院和大学以资金，这些目标使政府的预算请求合理化。但它们不应解释为直接的政府行动的目标，因为联邦政府缺乏在州层次付诸行动的工具。联邦政府只有在州一致同意的基础上才能起作用。
今日高等教育政策争论的主要议题是联盟和各个有大学的州的资金供应的瓶颈问题。迟至去年——即选举前夕——联邦政府许诺对大学和研究尽更大的义务。两个月以后，许诺成了空文，预算的缩减付诸实施。在今后几年，大学将在紧张的预算约束中运行。对有些有大学的州，如日内瓦和伯尔尼来说，州立大学的资金问题与联盟的资金问题一样严重。可以预计累积的负面效应。例如，伯尔尼的大学现在正在审查和重新确定教学和研究方案的优先顺序，一些方案领域和项目将被放弃。其他一些大学正在学会在零增长预算的环境中运行。联邦政府正在对一直允诺提供资金的规定的优先方案提供越来越少的资金。
此外，科学委员会特别提出了与欧洲高等教育争论相关的一些议题。它们包括减少课程分量、缩短修业年限、评价社会科学研究的成就及组织高等教育等议题。大学成就的评价问题在过去断断续续地讨论过（例如关于苏黎世的联邦技术学院和巴塞尔大学展开的讨论）。目前的讨论主要集中在怎样将评价的概念引入联邦制系统中来。
在瑞士教育政策制定的背景中，科学委员会——就其作为政府咨询机构而论——在决定争论的议程中起重要作用，这是合乎情理的。但是，从提出与阐明问题到寻找解决问题的对策，其间过去了许多年。例如，科学委员会早在1984年就提出继续教育的问题，并预期90年代会遇到学术人员瓶颈等问题，但迟至1990—1991年才开始采取对策加以解决。
毋庸置疑，近年来五个发展问题成了重要的政策讨论议题：欧共体的科学政策；技术科学在经济竞争中的崭新的核心作用（特别是生物技术、信息技术及新材料的发展）；相关联的工程师的短缺；大学和企业部门之间的新的有实效的合作；在科学和大学领域女性日益高涨的期望。