双重领导管理体制存在以下几个薄弱环节
（1）对各级人民政府及其领导的监督，主要依靠群众的举报揭发，然而这些人由于所处领导职位，一般群众很难了解其违法违纪的事实详情，由此便造成了一个监察黑洞。其原因在于监察机构设置于政府内部，从整个行政管理系统来看，处于执行机构的地位，且没有实际上的独立性，所以对政府首长的监督显得责大权小，位卑言轻，结果是同级监察机关对行政首长的违法违纪行为无可奈何，甚至唯首长之命是从；而上级监察机关对下级政府及其领导的监督，则鞭长莫及。
（2）对同级人民政府所属各职能部门，有心监督但力不从心。由于监察部门和其他部门平起平坐，本身不具有、而且上级也未赋予其综合管理的职权，在涉及财务开支、计划立项、物资分配、土地征管、房产管理等方面的不廉洁问题时，各主管部门可以以任何“理由”对廉政建设某些制度行使“职权”，行政监察部门因此常处于“规定一发，贯彻难抓；批示一转，落实难管”的两难境地。
（3）县级以上地方各级行政监察机关在监察业务上以上级监察机关领导为主，本身是很含糊的界定。相对于上级监察机关的领导来说，同级人民政府的领导更现实、更直接，比如监察机关的人员编制、经费拨付、劳动工资等问题，均由本级人民政府统一支配和安排，《行政监察法实施条例》第五条规定:“监察机关履行职责所必需的经费，列入本级财政预算”。因此一些地方领导干部为了局部利益，从本位主义和个人私利出发，对本单位发生的违法违纪案件睁一只眼，闭一只眼，或对该立案的不立案，该清查的不清查，该处理的不处理；或者千方百计阻挠监察工作，使得违法违纪行为难以得到及时严肃的查处；对上级监察机关的指示、意见阳奉阴违，托词抗命；甚至对监察机关和工作人员施以种种压力；甚至进行反调查，尤其是在一些大案要案的查处中，这个问题显得尤为突出。
总之，我国的行政监察工作，国家在人、财、物力上给予了相当大的投入，但收效仍有待提高，根本原因即在于这种横向监察体制下，监察机关与监察对象为同级政府部门和组织，缺乏必要的权力制约；监察活动的横向负责制，使监察活动必然要受到横向关系的干扰，使监察处置权弱化；种种“人情关”和“关系网”使监察机构作用发挥受到制约；监察人员的横向组织结构使得监察人员与监察对象存在种种直接或间接的非组织关系。