万州北站位于重庆市万州区，站房建筑面积为15 000 m2，建筑檐口高度18.32 m，屋脊高度20.53 m，共两层。站房结构形式为钢筋混凝土框架结构，屋面为空间网架结构，站房形式为线上式。主体结构及地下结构采用钢筋混凝土框架结构，屋盖采用螺栓球网架结构。
万州北站为全国第一个线上式中小型铁路旅客车站，站房布局均采用对称布置，中间为候车大厅，售票厅在站房南北两侧；进站厅及相关设备办公用房在东西两侧；南北两侧出站后进入地方市政广场。
