委托代征协议的行政协议性质
《委托代征协议书》有具体的格式，称其为格式合同也不为过。但是在《委托代征协议书》中第六条违约责任中明确，甲方违反本协议，乙方有权按照本协议或者有关法律规定要求甲方履行义务，有权依法提起民事诉讼。笔者不敢认同此观点，并且能否提起民事诉讼也不应该是协议约定的范围，而应由人民法院判定。简要分析如下：
一是从法律或司法解释上看。《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2019年11月12日最高人民法院审判委员会第1 781次会议通过，自2020年1月1日起施行）第一条规定，行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于《行政诉讼法》第十二条第一款第十一项规定的行政协议。这个司法解释把行政协议的定义确定了下来。委托代征协议，正是为了行政管理的需要，同时履行的也是行政法上的权利义务内容，笔者认为，如果委托代征人提起民事诉讼的话，可能法院不会立案受理，相反如果作为行政诉讼起诉的话，可能会立案受理。
二是从行政协议的特征看。行政协议之所以称之为行政，是行政主体为了实现行政管理目标而签订的，一方必须是行政机关，解决的行政机关需要管理的问题。它是现代行政法上较为新颖且重要的一种行政管理手段，引进了公民或其他单位参与国家行政的新途径。行政协议的目的是实施行政管理。行政主体签订行政协议的目的是实现行政管理职能，维护公共利益，而不是为了自身的经济利益。如为了购买办公设备、投资兴建办公场所等，行政主体与企业签订的合同协议等，很明显是民事合同，不带有行政义务的色彩。
行政主体对于行政协议的履行享有行政优益权。具体体现为在签订合同选择权、履行过程指挥权、单方解除合同权、违约行为制裁权、单方变更权和解除权。当然，在委托代征协议中已经明确了相应的解除条件，如果出现了由于公共利益的需要或法律政策的重大调整，必须变更或解除时，才能行使单方变更、解除权。由此造成相对人合法权益损害的，要予以补偿。
行政协议双方当事人因为履行行政合同发生争议，受行政法调整，根据行政法的相关原则，通过行政救济方式解决。
行政协议作为行政法上的手段，为行政机关在公共管理领域推行行政政策、实现行政目的服务。在协议中双方当事人形成的主要是行政法上的权利义务关系，这种权利义务关系与民法上的权利义务关系截然不同。对于行政主体而言，权利和义务具有同一性，表现为权利的同时也表现为义务，权利既不能放弃也不能免除，必须行使；而民法上的权利和义务具有相对性，权利可以放弃也可以免除。
三是从相关的司法案例中看，委托代征协议属于行政协议。在张某某与天津市地方税务局、国家税务总局行政赔偿一案 (40) 中，天津市和平区人民法院认为：
2005年6月23日，天津市地方税务局与天津市房地产管理局联合下发《关于委托房管部门代征个人销售的住宅和非住宅房屋税款的通知》（津地税征〔2005〕17号）明确规定“将个人销售的住宅和非住宅应缴纳的营业税及附加税费委托区县房地产管理局和市房地产登记发证交易中心代征”，“各区县地方税务局应与所在地房管部门签订《委托代征税款协议书》，建立委托代征关系，并由各区县地方税务局向其委托代征税款的房管部门颁发《委托代征证书》”。
2006年9月17日，天津市地方税务局与天津市国土资源和房屋管理局联合下发的《转发〈国家税务总局关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知〉的通知》（津地税所〔2006〕10号）第四条规定，对个人住房转让所得应缴纳的个人所得税，委托房管部门在办理个人房屋转移登记手续时代征，具体实施由各区县地方税务局委托各区县房管部门代征并签订委托代征税款协议书。故根据上述行政法规及规范性文件的相关规定，天津市和平区地方税务局是房地产交易中营业税及附加、个人所得税的征收机关，天津市和平区房地产管理局系委托代征人。
《国家赔偿法》第七条第四款规定，受行政机关委托的组织或者个人在行使受委托的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，委托的行政机关为赔偿义务机关。故本案原告如果认为在营业税及附加、个人所得税的征收过程中，行政机关侵犯其合法权益，应该以天津市和平区地方税务局作为赔偿义务机关。天津市地方税务局并非本案赔偿义务机关，其作出的《国家赔偿不予受理通知书》符合相关法律法规及规范性文件的规定，并无不当。
笔者认为，从这个案例中我们可以看出委托代征协议是行政协议，承担行政法上的责任，出现违法代征行为时，应由行政机关进行国家赔偿。
思考一个问题：如果与税务机关签订委托代征协议的代征机构由于保管不善导致领取的发票丢失，应该如何处理？有的认为应按照发票管理办法及实施细则的规定去处理。笔者仔细比对了发票管理办法的有关规定，如果把委托代征机构的丢失发票作为未按照规定保管发票的情形，那么则应由税务机关责令其限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。问题是发票管理办法中的适用对象是在中华人民共和国境内印制、领购、开具、取得、保管、缴销发票的单位和个人，仅从字面看委托代征机构符合领购、开具、保管和缴销发票这些行为的单位和个人，应该遵守发票管理办法的规定，违反了规定理应受处罚。但是，这个委托代征机构与税务机关签订了委托协议，接受的是税务机关的权力，行使的也是税务机关的权力，说到底是税务机关管理权的委托，在此框架下处理委托代征机构违约的行为，才是最恰当的。因为税务机关与委托代征机构签订了协议，明确了义务和职责，违反约定理应承担违约责任。所以，笔者认为，应该从协议中找到处理委托代征机构未按照规定保管发票这个违约责任的条款，按条款的规定办理。如果没有条款约定，则可以按照发票管理办法的规定处理。