对防疫的探索与认识
有瘟疫必然有同瘟疫的斗争。在甲骨文中，我们已能看到早期所采取的防疫措施。例如卜辞有“疾，亡入”，意为不要接近病人，可能因为得的是疫病。在出土大批甲骨的殷墟，还发掘出了完善的下水道，说明城市已有公共卫生设施，有利于减少疫病发生。
《周礼》记载了周王室定期举行“以索室驱疫”的时傩活动以及负责“四时变国火，以救时疾”的官员。《周易》一书出现了后世常用的“豫（预）防”一词。用药物来干预疫病的做法也开始出现，《山海经》载有熏草等7种药物。
湖北云梦出土的秦简，记载了秦代对患麻风的犯人进行安置的机构。而汉代则有在瘟疫流行时收容和医治平民的机构。《汉书》记载：“元始二年（公元2年）……民疾疫者，舍空邸第，为置医药。”这是中国防疫史上第一次比较规范的记载。
秦汉时期，在传统哲学思维的指导下，中医药学趋于成熟，在实践经验的基础上形成了防病治病的理论和技术体系。中医经典《黄帝内经》中有完整的疫病防治思想，包括“五运六气”治病观、“正气存内，邪不可干”的防疫观和“不治已病治未病”的防治观等。“五运六气”理论构建了推衍疫病发生的宏观预测体系，在今天看来其精华在于探索影响人体发病的内外在因素。外因是否导致发病，又取决于内因“正气”，即人体的体质与抵抗力，所以增强正气可以预防疾病。人们应该在发病之前加强预防，或者在发病早期及早治疗，或者治疗后防止复发。其他中医经典如《伤寒杂病论》《神农本草经》则提供了防治疾病的辨证处方与药物知识。这些经典理论对后世都有深远影响。
两宋时期，发生了多次疫病流行，政府经常派医官到地方发放药物救济。宋代李唐的《村医图》生动描绘了医生救治病人的情况。
在有效的理论指导下，社会对防治疫病的认识不断发展。
首先是对传染性的认识加深。比如进一步区分了传染性不同的疾病，隋代巢元方说传染病是感“乖戾之气”得病，有其特殊病因。在此基础上，明代著名医家、《温疫论》的作者吴又可总结成“戾气”学说，指出“气即是物，物即是气”，敏锐地指出疫病病因可能是某种不可见的物质。这是非常接近于微生物病原学的假说。
宋代李唐的《村医图》生动描绘了医生救治病人的情况。
其次是对疫病的预防与治疗有了进步。在预防方面，华佗提出用屠苏酒，葛洪提出用老君神明散，后来又有人提出常服藿香正气散，唐宋时期广泛应用香药来预防疾病，明代流行焚烧苍术来净化空气。明朝中期，预防天花的人痘接种术在民间出现，经过不断发展，清朝将其引入宫廷，为皇室成员种痘，还在许多地方推广。一些外国使臣也来学习，并把这一技术带回欧洲，后来英国医学家贞纳在此基础上发明牛痘接种术，为最终全球消灭烈性传染病天花奠定了基础。在治疗方面，在伤寒学说的基础上，明清时期形成了温病学和瘟疫学体系，为临床提供了更加全面的理论指导。
再次是防控措施不断完善。晋朝已经形成了制度化的防疫措施，《晋书》记载：“朝臣家有时疾，染易三人以上者，身虽无病，百日不得入宫。”宋代注意对染疫死者的尸体尽快处理和火化。清代宫廷中设“避痘所”隔离感染天花者，规定在隔离九日后亲人才可探视。
从以上可以看到，中国古代对防疫有丰富的理论与经验，但是也存在着明显的瓶颈。
第一个瓶颈是缺乏组织性防疫。这是封建王朝统治的局限性所决定的。有的统治者残忍无道，如北魏道武帝拓跋珪南征，遇到疫疾，大臣都要求退兵，他竟然说，这是“天命”，他只要征服四海，不用担心没有人民。有的统治者虽然提倡“仁政”，但所采取的一些防疫手段也只应用于朝廷官员。在民间，每当瘟疫流行，地方政府与社会人士往往只能做一些临时性的收容、散药等工作，没有持续性。明代学者吕坤曾疾呼，每个州都应该拨出专款，用于培养医生和购置药材以应对疫灾。但在落后和纷乱的封建时代，这些呼吁根本无法实现。
另一个瓶颈是防护技术不足。虽然认识到疫病会传染，但无法根本性阻止。这种局限给古代防疫带来伦理难题，引起宋代学者的讨论。南宋经学家程迥看到有家属离弃染病的亲人，于是说疫病是天时不正引起的，不会人传人，要求人们留下来照顾病者。朱熹则认为应该公开真相，让人们在了解的前提下去自主选择救护亲人。南宋教育家欧阳守道进一步指出，“气接则病，气不接则不病也”。但是在古代条件下，如何令“气不接”一直缺乏手段。吴又可虽然认识到“夫物之可以制气者，药物也”，但也感慨“受无形杂气为病，莫知何物之能制矣”。受科学技术因素的制约，古人无法知道空气中有不同大小的病原颗粒，不能发明相应的隔离防护用具，从而有效消除病原。