一、错讹问题
编纂《四库全书》这样一部旷世巨著，雇用如此之多的抄录人手，最怕的就是把关不严，粗制滥造，那可就成了大笑话。乾隆帝虑及于此，设置了繁复的选目和审稿环节，调集国内的知名学者参与其中，也为之配备了强大的总裁和总纂班底，一切都是为了保障图书质量。
《四库全书》的总裁官，大致可分为三类：
一是选派学识和书法俱优的皇子，先是皇六子永瑢，后来增派皇八子永璇、皇十一子永瑆；
二是命枢阁重臣参与其中，如刘统勋、舒赫德、于敏中、阿桂、英廉、和珅等，有的要审稿，有的负责协调管理和后勤保障；
三是侍郎一级的学者型官员，如张若溎、曹秀先、李友棠，以及后来加入的王杰，为审读把关的主力，以下才是纪昀等总纂官。
而最后一道关口，是弘历自己。他可真是一位精力无限、精光四射的君主，日理万机，仍能亲自审阅书稿，开始时几乎每篇都读，甚至觉得总裁审得太慢，督策尽快呈交。正是皇上本人，很快发现存在一些错讹，谕知枢阁大臣：
现在纂办四库全书，以广石渠金匮之藏，自应悉心校缮，俾免鲁鱼亥豕之讹。今呈进已经缮成之《荟要》各卷内，信手翻阅，即有错字二处，则其余书写舛误者，谅复不少。若不定以考成，难期善本。其如何妥立章程，俾各尽心校录无讹之处，着总裁大臣详议具奏。〔26〕
一班枢阁大臣赶紧研究，认为问题出在缺少考核和人员不够上，很快制订出严格的“功过处分条例”，并请求增添十六名《四库全书》缮本复校官，六名《四库荟要》缮本复校官，细加核勘。御批照议办理。
三十九年二月，四库馆呈进重录的《圣祖仁皇帝御制文集》。此类书籍为武英殿原刊，经过一遍遍校对，也不会有违碍之处，总裁等较为放心，于封面上写下“原本校刊精审，并无应签之处”。乾隆帝也以为其中断无错误，岂知随意抽出一本翻翻，竟发现原诗的“桃花”被写成“梅花”。他说自己对于抄录呈览的各种书籍，并未尝有意苛求，也没有时间通篇细读，只是信手披翻，就遇上这种错字，可知其他舛误之处必然不少，各位总裁官岂可都这样掉以轻心的吗？
乾隆帝决定对总裁官严肃处理，以为儆诫，谕曰：
此内如皇六子质郡王永瑢、舒赫德、福隆安，虽派充总裁，并不责其翻阅书籍，乃令统理馆上事务者。英廉办理部旗及内务府各衙门，事件较繁，亦难悉心校阅。金简另有专司，此事本非其职。至于敏中，虽系应行阅书之人，但伊在军机处办理军务，兼有内廷笔墨之事，暇时实少，不能复令其分心兼顾。所有皇六子永瑢、舒赫德、于敏中、福隆安、英廉、金简，俱着从宽，免其交部。其余总裁，每日到馆，岂可于呈览之书，竟不寓目！且全书卷帙浩繁，朕并非责伊等挨篇细校，但能每本抽阅数处，时为驳正，则校对及誊录等皆知有所儆畏经心，何竟见不及此耶！王际华、蔡新、张若溎、曹秀先、李友棠，俱着交部察议，其复校、分校等员，并着一并交部议处。〔27〕
录下这段谕旨，便可知总裁阵容虽称强大，实际多属荣誉头衔，真正干活和起作用的，主要还靠几位副总裁。三十九年十月，乾隆帝从避暑山庄返京，翻阅四库馆呈进的由《永乐大典》内散篇辑成之书，又发现有的抄错，有的系原文旧讹或文义不顺，不止一两处，再次对纂修人员做出处分，并对相关总裁蔡新、张若溎、李友棠交部察议。
总裁官一大串，处分的总是这几位，而且以副总裁为多。弘历思虑细密，也会想到难以服众，且不利于把好质量关，便在四十二年三月，发布了一项新规。那是副总裁刘墉在签字进呈《少阳集》之后，又发现“誊写错字”，自请交部议处。乾隆帝宣布：
自今年正月起，所有进过书籍讹错之处，交军机大臣通行查核。经朕看出错讹者，其分校复校名下错至两次，总裁名下所校错至三次者，均着查明，奏请交部议处。处分原轻，不过示以知愧，既已分阅，可不悉心乎！此后着交军机大臣照此，每三月一次，查办奏闻。其总纂官纪昀、陆锡熊，总校官陆费墀，所办书籍既多，竟应免其处分，而伊等应更详慎办理，期于无误。设或因此稍有懈弛，则非朕体恤伊等之意矣。〔28〕
这位大皇帝的举措总不免带有偏爱，因为欣赏纪昀和二陆的才学，也知三人在馆中兢兢业业，特意将三人画在圈外。
不久后，都察院和吏部呈上处分建议：校书出现错误，《四库全书》总裁罚俸半年，总校、分校、复校罚俸一年。皇上不同意，说编纂此书乃“嘉惠天下万世”之举，总裁等理应悉心办理，若是漫不经心，其过更重。弘历还说：担任总校、分校的不过是翰林、中书等员，薪俸较低，又无养廉银，若将一年之俸罚去，何以养家？而总裁为尚书、侍郎，平日所得廉俸优厚，即使罚俸一两年，也不至于过不下去，决定改为总裁罚俸半年，其他人罚俸三个月。为显示严格公正，乾隆帝也专发谕令：担任总裁的三位皇子所校之书如有错误，一体查核处分，从其应得分例内坐扣。
历来校书如扫落叶，编纂《四库全书》雇用了大批抄录者，水平不一，每日又有字数的限额，不免存在一些错讹，而审校核对量极大，也难以一一检出。到了总裁这一关，各有一摊子本管公务，且挂名的多，实际看稿的少，也是无法解决差错问题，使皇上很是头痛。