三、参奏陆费墀
为编纂《四库全书》，乾隆帝曾一再谕令各地督抚搜罗遗书，严旨之下，各省纷纷设立征集总局，大量古本源源送至京师，存储于武英殿校勘处。征书之初，弘历就承诺将来会物归原主，并要求经手者认真登记造册，以确保及时归还；而对于督抚采购的图书，还有大小臣工捐献的秘本，则由朝廷收藏。至于存于何处，大臣提出的有文渊阁、翰林院等。四十二年八月，乾隆帝再一次谈到此事，强调各省藏书家所呈书籍，于办毕后即行发还；在京大臣等呈进的所有书籍，也一律还付本人；各督抚选购呈进的书籍，则汇交至武英殿，另行陈设收贮。这是一项极为烦琐的事情，做到和做好的前提，是严格细心的管理，需要认真地分类登记和定期清查盘点。
王杰接掌武英殿校勘处之初，专向前任总裁董诰请教急需办理和注意的事项。董诰告知：近几年因为抓紧编纂《四库荟要》，没能及时清查各地呈送的图书底本，现在《四库荟要》已竣工，应赶紧进行清点。其实皇上在三月间已有旨意：
向来各馆应进书籍俱系按卯稽查，惟四库馆所办之书向无查核。全书卷帙浩繁，不可不设法稽考。该馆总裁福隆安、英廉、金简俱无阅书之事，即着专司考核督催，以期迅速蒇事。〔56〕
皇上有谕，福隆安等敢不听从？乃因此类清理极为麻烦，又因《四库全书》正在抄录核校过程中，底本散在各个环节，福隆安等三人又各有要职，手头都有一摊子或几摊子事，大概觉得无从下手，也就不了了之。
王杰做事从来认真，决心要加以清理，从纂修分校中选派翰林王尔烈、项家达、戴均元、谷际岐四人，按经史子集分工，一面清点，一面暂管发书收书。时馆中传闻底本遗失甚多，说经办人为了掩盖，让誊录设法购买捐补。王杰询问负责此事的总纂陆费墀，这老兄显然不太配合，支支吾吾，也不拿出管理的档册。他只好再去向另外两位总纂纪昀、陆赐熊询问，拿到“送书印档及历年各种册籍”，查明各省分一百三十批缴进图书三千一百余种，而现在钤盖翰林院印的成部书只有一千四百余种。王杰令人再三核实，将正在缮写、审核、校对流程中的底本逐一登记，剔除那些例不用印的丛书和库本，仍短少四五百种。
这种情况与经管者的不认真相关，也有个别经手人员趁机窃取、偷换。乾隆帝在开馆时就下旨：各地所进书籍先由翰林院盖印，派总纂和纂修加以审核，造册登记，然后移送武英殿抄录，办完后仍发还藏书之家，不得有丝毫损失。王杰梳理了登记、收贮、发抄、审校的全流程，发现诸多不合情理处，而要害还在于底本的遗失。事已至此，王杰不得不参奏总提调陆费墀，曰：
该提调陆费墀系开馆以来经手之人，乃办理毫无章程，贻误至此，若不严加根究、勒限追缴，功课必至迟误。续添提调编修刘种之虽接办在后，而扶同朦混，咎亦难辞，相应一并参奏。〔57〕
乾隆帝时在南巡返程中，接到此奏已是三月十六日，阅后即传谕将陆费墀解职查办。谕曰：《四库全书》卷帙浩繁，人员冗杂，瞻顾私情自所难免，然以国家办此大事，又必须彻底澄清；而陆费墀为提调数年，事出一手，假借大学士于敏中的声势，朕并非不知，是以久未擢升；这次王杰参奏其遗失各书底本四五百种，所办甚是，交与英廉、胡季堂、金简等秉公审讯。
此事涉及甚广，不独负责此事的陆费墀和刘种之，四库馆相关总裁、武英殿总裁都会跟着吃挂落。王杰不会想不到，但职责所在，也出于对趁机侵占古本行径的义愤，毅然上疏弹劾。他的着眼点仍在于如何解决问题，同日所上还有两折：一是“重派校阅”，将现存无印书籍审核一遍，淘汰重复，交翰林院钤印移送；二是增加提调收掌人员，分清责任，避免管理上的漏洞。朱批皆予采纳。
就在阅批王杰此奏的前两天，三月十四日，乾隆帝行至石门镇驻跸，有旨将彭元瑞调任江苏学政，命王杰接任浙江学政。为什么要做这样的调整，不得而知，只知道皇上是在视察浙江后做出的决定，且在次日再次传谕：
王杰已简放浙江学政，本年系庚子正科乡试，所有科举录遗事务未便稽迟。王杰接奉谕旨，着即驰驿前赴浙江任事。〔58〕
驰驿，即使用驿站车马人役。由此也证明通常的学政赴任，是不得乘用驿站车马和入住驿馆的。特命驰驿，理由是很快就要举行乡试，事务紧急繁重，也体现了皇上对王杰的一份关爱。
两个月后，大学士英廉等人呈上一份审办报告，对王杰原参之事一一做了说明，关键词则是虽有缺失和损坏，但远不到四百余种，只有三十八种。乾隆帝令陆费墀官复原职，但要对丢失的书购觅赔补。至于帮办提调刘种之和原总裁董诰，均不再处分。
王杰离开了四库馆副总裁、武英殿总裁的职位，而当年的四个季度，却一次不落地出现在差错名单上，少者记过一次，多则二三次，想系原来审过文稿的延迟作用吧。汇录一起，王杰共被察议过七次，每次罚俸半年。就在次年四月的户部处罚文件中，还特地写道：“应将吏部侍郎·今授浙江学政王（杰）等罚俸之案注册，应扣俸银，行文吏部等衙门，于造送领俸册内声明坐扣。”〔59〕拢共做了不到一年半的四库馆副总裁，被罚了三年半的俸，且不说付出的心血辛劳，家中度日也不免受到影响，好在是离开了。看来乾隆帝还是心疼他的，再次让他到浙江督学，以较优厚的养廉银，弥补俸禄被扣之缺。
对于陆费墀一事，王杰并未提出异议。