二、换帅与追赃
嘉庆三年十月，湖北发生“胡齐仑军费冒滥案”，不少将领都在秘密账单上，颙琰隐忍未发，亲政后始大加究办。读了王杰的两道奏折，嘉庆帝对军中贪腐更增痛恨，遂对前线各营统领陆续做出调整，撤换与逮治相继。
正月二十七日，陕甘总督宜绵因追剿不力，“贼至则不敢向前，贼去则移营前往”，被皇上传谕解职。宜绵出身满洲正白旗，曾以军机章京从征金川，历陕西布政使、广东巡抚、喀什噶尔办事大臣、乌鲁木齐都统等职，乾隆六十年授陕甘总督。教变初起，宜绵不顾位高年迈，亲率部伍夜焚敌寨，规复东乡。颙琰念其功绩，本来赏与一个散秩大臣，可在召见时被其辩解激怒，又降为三等侍卫，命赴乌里雅苏台。
与宜绵同日被免的是陕西巡抚秦承恩，乃王杰同年进士，五十四年升任陕抚。教乱兴起后，承恩提兵随宜绵攻防，其间母亲去世，不许回家治丧。而他显然不是一个勇毅干练之员，在教军逼近西安时惊慌失措，王杰也不因同年为之遮掩。此时秦承恩先以“师久无功”被撤，复因东路失利革职逮治，论大辟，后遣戍伊犁。
忧急焦灼之际，嘉庆帝会听信被俘教首的只言片语，用以指责领军大员。如总统军务的四川总督惠龄，蒙古正白旗人，历西宁办事大臣、伊犁领队大臣、塔尔巴哈台参赞大臣，征讨廓尔喀时参赞军务，与教军作战也较为英勇。而在四川教首罗其清解京后，颙琰亲加审讯，问询各路官军情形，供称“惠龄一军较弱”，即于二月十七日解除惠龄兵权。
三月十二日，湖广总督景安被免。此人实属庸懦，教军送了个“迎送伯”雅号，也传到皇上那儿。加上他乃和珅同族晚辈，快速晋升沾了本家爷爷的光，此时想不被收拾也难，不久即以“恇怯畏贼，捏报邀功”的罪名，革去伯爵，发往伊犁。
眼看到了秋天，期望的大胜仍未能到来，颙琰不由得百感交集，赋诗遣怀：
皇考弃儿去，夏徂秋又来。仰天真可痛，临御愧无才。
蚁集荒山众，鸿栖中泽哀。良民染锋镝，沃壤尽蒿莱。
虽幸燕齐稔，难堪川陕灾。王师渐疲敝，羽檄漫交催。
予罪将谁诿？昊衷愿速回。敬祈销劫数，即日净邪埃。（教匪蔓延四年，川陕楚豫百姓被劫者无算，敬祈昊眷圣慈并加默佑，速为荡平，不胜额企之至。）〔24〕
其中有对父皇的深挚怀念，有对缺少才华的反省，更多的则是对数省动荡难平、生民涂炭的痛惜，情感真切。该诗主题，也令人联想起王杰的奏折。颙琰已意识到前线将士的疲敝，以及谕旨交催的无力，表示要自担罪责，祈祷上苍和慈父在天之灵保佑。而一旦到了具体实施时，仍是一味责斥军中将帅，不断予以革职审问。
七月十六日，命将经略大臣兼四川总督勒保解职拿问，罪名是“玩误固执”，钦派吏部尚书魁伦前往查办审讯，代理川督。勒保在军中威信很高，被逮后部下将士愤愤不平，居心险恶的魁伦不仅不据实上奏，还列出一大串罪名，将勒保拟为死罪。倒是嘉庆帝念其前功，改为斩监候。
接下来轮到主持陕西军务的都统明亮，为孝贤皇后之侄，颙琰的表兄。明亮久经战阵，居官亦廉洁，但沾染了一些军营油滑习气，也不善于协调关系，很快与新任陕抚永保发生冲突，互相攻讦，撕扯得一地鸡毛。副都御史广兴路过陕西，密奏明亮故意拖延，不将张汉潮部剿灭，也不支援孤军作战的永保。嘉庆帝很生气，特派军机大臣那彦成赴陕会审。结果是苦战得胜的明亮刚回大营，便被夺职逮治，定为斩监候。看到胡齐仑案的秘密账单后，颙琰以接受馈送罪，将永保流遣乌里雅苏台，荆州将军兴肇发往乌鲁木齐效力赎罪，古北口提督庆成则发配伊犁……