在一年之前，乾隆帝以为大军一到，苗疆之乱就会迅速敉平，绝对想不到竟会拖到禅让之后。嘉庆元年到了，福康安与数万将士仍在湘贵川的崇山峻岭间艰难作战。苗变首领剿除难尽，各地的苗民反清活动此起彼伏，刚解围的永绥厅又被袭扰围困，而石三保、石柳邓等会聚平陇，又形成新的抗清基地。官军的敌人不仅是悍不畏死的苗众，还有弥漫在山谷溪涧的瘴疠之气，将士丧亡相继，军队士气大受影响。乾隆帝虽没有责备，福康安已深自不安，督兵昼夜进剿，同时请求再增加两万援军。
