一、再上奏议
对于围剿白莲教军之役，尤其是大规模的屠戮和杀降，王杰一直有着不同的看法。禅让期间上皇急欲获胜，和珅掌控军机处，不是提建议的时候，他只能隐忍不说。颙琰亲政之初，命大臣将有关建议密封进呈，王杰即行上了一道奏折，已详本章第一节。
在军机处十余年的经历，使王杰对军中实情较为了解，海兰察、福康安等领军大将先后病逝，尤其是苗疆一役，军中精英折损过重，既缺少统军的元戎，又缺少冲锋陷阵的悍将，更缺少决死之精神。就在前折之后不久，王杰再上奏本，指出和珅已除，依附者失去内援，必然恐慌，急欲建功，而军事体制上所存在的问题，便成为严重障碍——
教匪之蔓延三载，以致正帑虚縻，其弊有二：
一由统领之有名无实也。夫勒保虽为统领，而统兵大员分位相埒，人人得以专折奏事，于是贼至则畏避不前，贼去则捏称得胜。即如前岁贼匪蹂躏陕省兴安一带，领兵大员有“匪已渡江五日，地方官并不禀报”之奏，此其畏避之情显而易见。又如陕省去岁三四月间贼匪扰至西安城南，离城不过数十里及百余里，杀伤数万人，剿贼官兵既不近贼，陕省抚臣一无设施，探知贼去已远，然后虚张声势，名为追贼实未见贼。近闻张汉潮蔓延商南、雒南等县，高均德屯据洋县，往来冲突，如入无人之境，不能堵御。秦省如此，川楚可知，实由统领不专、赏罚不行之所致也。
一由领兵大员专恃乡勇也。夫贼势固属猖獗，然领兵大员不即据实陈奏添兵，而惟恃乡勇，揆其用意，乡勇阵亡无需报部，乡勇人数可以虚捏。借乡勇以为前阵，既可免官兵之伤亡，又可为异日之开销，此所以耗费国帑而无可稽核也。
臣以为军务之紧要，莫急于去乡勇之名而为召募之实，盖就近召募有五利焉：
一者，被贼焚掠之民穷无无依，多半从贼，苟延性命，募而为兵即有口粮，则多一为兵之人，即少一从贼之人；
一者，隔省征调，则旷日持久，就近召募，则旬日可得；
一者，征调之兵远来，则筋力已疲，召募之人不须跋涉；
一者，隔省之兵水土不习，路径不谙，就近之人安其水土，悉其路径；
一者，乡勇势不能敌，则各自逃散，无从惩治，召募之兵退避，则有军法。
具此五利，何不令其增添数万召募之兵，一鼓而歼灭之！若谓兵多则费多，独不思一万兵食十月之粮，何如十万兵食一月之粮，其费相等，而功可早奏也。〔23〕
王杰曾任兵部尚书，时间虽不长，也下过功夫研读兵书。有此一番论议分析，谁敢说王杰不知兵？
清朝中叶军事体制的大弊之一，在于远程征调，不管是新疆、西藏、云南有事，都要从内地和东北调兵，千里万里之遥，往往错失军机，救援不及。这次白莲教起事，朝廷前后派遣宫中侍卫章京，征调京营与黑吉马队，仍是老套路。这些军队远远赶赴前线，路上费时很长，费用高昂，到后疲惫不堪，又不熟悉地形，没见过教军漫山遍野杀来的阵势，往往吃败仗。实际上，各地为阻击教军，多自发组织了一些乡勇，起到了不小的作用，而难以掌控的弊端也很明显。王杰提出的就地招募新兵，化勇为兵，加强管理和训练，具有很多利便。后来曾国藩组织乡勇抗击太平天国，在此基础上发展为湘军，走的就是这个路数。
此折被《清史稿·王杰传》引录，置于嘉庆二年之前，显然是错误的，根据文中所记内容，应是在四年春夏间。乃嘉庆帝阅读其《请恩准邪匪投首折》之后，问政于他，遂再次上议。对于这位忠清老臣的两次密奏，嘉庆帝很重视，但在征调与募兵上没做出大的改变。此事涉及国家兵制，更与领军大员的作战思想、管理模式相冲突，极为复杂，也就拖了下来。几十年后鸦片战争爆发，清军仍是远程征调，将陕甘兵、川兵等调往广东，将宁夏兵、黑吉马队调往浙江，结果是劳命伤财，败得个一塌糊涂。