一、增兵与换将
弘历是一个自视极高、擅于自我标榜的皇帝，晚年号称“十全武功”，也将这次的台湾平叛列入其中。而其主导的任何一次战争，都不外乎在京遥制、频频换将的模式，包括剿平林爽文之役。《孙子兵法·九变篇》“将在外，君命有所不受”，意谓将领远征在外，应根据具体情况及时调整作战方针，不必事先请示并完全遵从君王的指令。乾隆帝大约是中了“运筹于帷幄之中，决胜于千里之外”的毒，不管战场在天南海北，不管离京师多么遥远，皆是亲自掌控，时时督战，动不动就临阵换将……
其时台湾全岛仅设一总兵官，“统辖镇标中营，兼辖台湾北路、台湾水师二协，台湾城守及台湾南路等营”，总兵力一万余名，分散于府城、四个县城与港口要塞等处。一旦出现大的变乱，就会显出兵力不足。闽浙总督常青接到台湾道与总兵联名告急，知事态紧急，即派水陆提督各带劲兵两三千赴援。岂知海上风浪太大，加上舰船老旧，几次出海都不成功，待二十多天后分别赶到，整个台湾岛已乱成一锅粥。福建巡抚徐嗣曾闻讯，又紧急调派闽安协副将徐鼎士率领一千五百兵丁赴台，并通报广东、浙江两省各于附近水师营内挑选二三千名战兵，以备征发。
移居台湾的闽南人数量甚多，再分为漳州人、泉州人、兴化人，跟随林爽文起事的多属福建漳州籍，而其他二地以及广东潮汕移民较少参与，后来则组织乡勇，支援官军，成为抗击暴乱的重要力量。彰化失陷，鹿仔港守备陈邦光带领属下弁兵，在乡勇支持下攻复彰化县城，擒获叛军副元帅高文麟等人。南部叛军于十二月三十日攻打府城时，也有大批乡勇协同官军作战，在总兵柴大纪督率下分路剿杀，保障城池不失。这里应补充说明：清朝统治台湾后，因经常发生动乱，担心乱民抢夺城市固守，规定不得以砖石修砌城墙，只是以竹木编成篱笆墙，很容易被攻破或焚毁。此时又提出这一问题，得旨于平定叛乱后统筹兴筑。二提督抵台后分别据守府城和鹿仔港，也因城池不坚忧心忡忡，千方百计予以加固，全不顾剿匪之事。乾隆帝急怒攻心，以六百里加急督催二人“亲率将弁，实力会剿，迅速办竣”；见无成效，命李侍尧接任闽浙总督，原总督常青携带将军印信赴台督战。福建陆路提督任承恩感觉到压力，派兵分路至马鸣山一带阻击，谁知半道遭遇叛军，慌忙施放枪炮，敌人趁天黑撤走，官军反而折损一名千总。水师提督黄仕简也转奏：总兵柴大纪正月二十一日在部竹生擒伪将军廖东一名，二十二日于田洋拿获伪军师侯辰一名，击毙甚多；总兵郝壮猷二十一日派员在西园庄三路夹攻，击毙叛军三百余名，焚毁房屋数百间。皇上要的是一举敉平叛乱，对他们不能亲自带兵进剿，胡乱拼凑一些战绩的做法很不满意，斥曰：“朕于军务从来赏罚严明，其奋勇出力者必优加甄录，而畏葸退缩者亦必重治示惩。黄仕简、任承恩等宁未闻知？岂可自蹈重愆，以致百身莫赎乎？”〔10〕语气中已见杀意。
四天后，乾隆帝接到黄仕简、任承恩发来的六百里急报，以为有了重大战绩，拆阅竟系复奏谕旨，也都表示要“镇定持重”，令皇上大为光火。乾隆帝将希望寄托在常青身上，要求他到台湾后全面掌管军务，“亲督官兵，调度指挥”，“于临阵打仗时，相度事机”，如果必须增添兵力，即咨李侍尧再拨二三千名，飞速赶往台湾。谕旨还命常青抵台之后，即将黄仕简、任承恩摘去花翎，如查明二人确实有逗留观望的情况，据实参奏，同时传旨将之解任，由柴大纪暂署水师提督，郝壮猷暂署陆路提督。“暂署”即临时代理，常出现于战时，既及时弥补空缺，也为能否称职、是否正式任命留有余地。柴大纪已率兵收复诸罗，而乾隆帝对他的使用仍不无疑虑，传谕：“其陆路提督员缺，前因柴大纪保守郡城尚为出力，本欲将伊擢用。但柴大纪于林爽文等滋事之先，不能豫为防范，以致逆匪蔓延，本即有罪。且台湾原设兵额一万余名，该镇督率守城之兵不过一千余名，此外兵丁现作何用，并未据柴大纪奏及，实有应得之咎。即将来事竣时，若查明果能如前奋勇自效，亦仅可以将功抵罪，不当复邀优擢。所有福建陆路提督员缺，即着蓝元枚调补。”〔11〕孰知常青还未至台，被看好的海坛镇总兵郝壮猷又出了问题。
三月初四日，参将瑚图里禀报在山猪毛被叛军拦截，郝壮猷随即派兵前往接应，行至硫黄溪突然遭到围截，官兵四处溃散，叛军乘势攻打军营，并猛攻凤山县城东门。郝壮猷急收拢兵力，将城外官兵移入城内防御，而叛军越聚越多，于初八日攻破南门，郝壮猷与残部逃至府城。乾隆帝闻讯大怒，即命常青在台南府城传集众将弁，宣布曾有旨擢升郝壮猷为提督，现在弃城逃回，不能不按军法从事，将之在军前正法。海坛镇位于距台甚近的海坛岛上，士卒骁勇，赴台后曾收复凤山县城，至此得而复失，所部两千余人溃散，随郝壮猷逃至府城者甚少，加上后来回营者也只有七百余名，其余约三分之二不知下落。总兵郝壮猷被诛杀，逃兵更不敢返回，成为一个重大隐患。乾隆帝也多次问及此事，命常青在事定后严查为首之人，从重办理。他表示按照兵法，溃兵“俱应概予骈诛”（即一律处死），但念人数众多，主要责任在于领兵将弁，只需查明为首者数人正法，其余免死。但若是参加了叛军，甚至随同抗拒官兵，则决不轻饶。
收复诸罗后，在二月、三月、四月都遭到叛军的多次攻袭，柴大纪督率所部官兵与乡勇一起出城迎击，“接仗数次，共枪炮打死贼匪数千名，生擒正法者五十余名，割献首级、夺获器械甚多”。林爽文部下张慎徽假装成支持官军的乡勇，将与林爽文不和的先锋吴聪捆绑，带领三十八名骁勇同伙，恳求在军前效力，希图作为内应。柴大纪见其形迹可疑，密令尽行擒获，审出实情，随即尽行正法。乾隆帝闻报大为赞扬，命柴大纪署任福建陆路提督。
常青抵达台南府城，发现局势严峻，急请福建、广东、浙江火速增援，奏请皇上派遣有作战经验的宫中侍卫和章京，也希望能将任承恩留下来暂时带兵。乾隆帝选派乌什哈达等八名“曾经行阵之侍卫章京”，立即起程，昼夜星驰赶赴台湾；命福州将军恒瑞挑选一千名满洲八旗兵，亲身统领，前往台湾会剿；命福建再拨绿营兵二千名增援，抵达后由蓝元枚指挥；又命广东等省再调兵丁四千名，至厦门集结，由李侍尧统一安排渡海赴战；至于任承恩，则不许留台，重申必须解京治罪。