衷中参西 首创新科
中医很早就有咽喉口齿科，而耳病鼻病归属在内科、外科等其他专科。《史记·扁鹊仓公列传》载“扁鹊过洛阳，闻周人爱老人，即为耳目痹医”，是我国最早的中医五官科医生雏形。1943年，也就是干祖望开始独立行医的第二年，他看到了一本张崇熙编写的《东亚西医函授学院讲义》。从这本书中，他了解到西医学有“耳鼻咽喉科”，而自己的“专业”只是“中医喉科”，于是，一个梦想从此萦绕心头：要在中国建立“中医耳鼻咽喉科”！可是当时的中国，即使在大城市的西医院也很少单独设立耳鼻咽喉科，更何况中医多以诊所形式存在，高等中医教育也尚未完备，并无设立中医专科的条件。干祖望的想法被人知道之后，引来许多人的不解，甚至讽刺嘲笑，更有言辞激烈者斥为“一个乡下郎中想变成金凤凰”。但是干祖望心志坚定，深信精诚所至，金石为开，哪怕“衣带渐宽终不悔，为伊消得人憔悴”。1951年，在中国新的医疗政策下，松江第四联合诊所成立了。这是诊所从个体走向集体的第一步。为了成立这个诊所，干祖望和他的同道们做了许多努力。他认为，医学要发展、要进步，因循守旧，死守着个人的家当是没有出息的，也不符合历史发展的潮流。在联合诊所的新诊室挂什么牌子？干祖望想，自己的专长是中医咽喉外科，但是研究耳鼻咽喉科已有多年，何不趁此机会把这个中医专科办起来，西医的耳鼻咽喉科之名可以为中所用。于是，他在诊室的牌子上赫然写上“中医耳鼻咽喉科”！萦绕心头16年的夙愿，终于得以实现。
纪念诊所开业一周年时，全体人员在他的诊室门前合了一次影。这张珍贵的照片，记录下了中国第一块中医耳鼻咽喉科招牌，在中医历史上具有里程碑式的意义！
在松江联合诊所的耳鼻咽喉科内，干祖望接触了许多患者。在此之前，他虽然也读了一些耳鼻咽喉科的书籍，但书本和临床实践是不尽相同的。耳聋患者来了，如果不加仔细鉴别，按祖训处以补肾填精之品，极容易误诊漏诊，影响疗效，亦会引起西医学的中耳炎或内耳疾病。鼻塞病人来了，单纯宣肺散寒通窍必然欠考虑，有可能是鼻窦炎或者是萎缩性鼻炎。声音嘶哑，从初期的声带水肿发展到后来的声带息肉，不能完全隶属“金实不鸣、金破不鸣”范畴，不用专门的器械检查，外表是看不出来的。可是干祖望只在书本上看过这些知识，缺乏检查的实践经验。不做专科检查，单凭望、闻、问、切，那就失去了专科的特色，也就称不上真正意义上的专科。干祖望不想办徒有虚名的中医耳鼻咽喉科，因此他想到了拜西医为师，摒除门户之见，西为中用，去西医院进修学习。诊所的张所长知道了干祖望的想法，表示支持，但也提醒干祖望：“你是一方名医，抛弃了红红火火的业务出去学习，在经济上和‘名气’上都要受到很大的损失！”干祖望当即表示，鱼与熊掌不可兼得，为了事业，做出巨大牺牲也在所不惜。
1952年秋，时值不惑之年的干祖望告别了妻儿和行医、生活了多年的松江，来到北京。他选择的进修地点是“中央机关直属第二医院”耳鼻咽喉科。在这里，从戴额镜、执音叉，到写病历、做手术，干祖望都虚心请教，认真练习，力求在短时间内掌握最多的本领。当然，学习西医的同时，他也没有忘记自己的使命——“西为中用”。他把这里的工作分为三类：一是诊断疾病和检验疗效的检查手段，中医耳鼻咽喉科需要应用，所以必须掌握；二是耳鼻咽喉的解剖、生理、病理知识，中医耳鼻咽喉科的理论需要与这些知识结合，所以也要理解，时间不够则先弄通大概；三是手术操作，中医耳鼻咽喉科工作中需要应用其中一部分，但自己中医出身，西医基础不足，只能择要掌握一二。在短暂而充实的一年进修学习后，干祖望感到自己更为饱满了，对开办一个新的、名副其实的中医耳鼻咽喉科充满了信心。
回到松江，干祖望继续在联合诊所里诊治病人，逐步积累了中医耳鼻咽喉科的临床经验。此时，他又开始在总结经验的基础上，探索中医耳鼻咽喉科的独特学科理论。
干祖望开设中医耳鼻咽喉科以后，越来越感觉到中医中药在这一领域疗效优越，很有发展前途。用现代化的检查手段来辨别疾病，查出细微问题，可以“犀烛”，此为“西用”；以中医中药的方法来辨证治疗、处方用药，此为“中体”，这就是干祖望建立和发展中医耳鼻咽喉科的基本途径。在确定了这样的指导思想以后，他开始撰写《中医耳鼻咽喉科学》。写这本书，没有任何蓝本可供参考。干祖望手头的资料，就是中医古籍和几本西医耳鼻咽喉科学的讲义，以及自己的临床医案。
早在公元624年，唐代的太医署就曾设立过“耳目口齿科”，可是由于这个学科诊断和治疗疾病的方法和内科没有什么区别，没有专科特色，所以后来就为“咽喉科”或“咽喉口齿科”所代替了。耳鼻咽喉科的病种则分散在各科之中。如耳鸣、耳聋、眩晕、失音等隶属于内科，鼻疖、鼻息肉、化脓性中耳炎等则属于外科，鹅口疮、乳蛾（扁桃体炎）等属于儿科，有些病如鼻衄、梅核气还属于妇科。清代，因白喉、猩红热等喉科的温病流行，从事喉科的医生相应增多，喉科专著也逐渐出现，如《囊秘喉书》《白喉条辨》《喉科指掌》等。可以说，古代医籍中有关中医耳鼻咽喉科的资料是丰富的，但是散乱不成系统，尤其缺少耳鼻咽喉局部临床表现与辨证施治关系的理论。要整理这些理论不仅要有勇气、智慧和经验，还要付出很多难以想象的劳动。
经过无数个不眠之夜，干祖望完成了这本具有划时代意义的著作。很快，上海《新中医药》杂志决定连载发表。1956年3月，中医历史上第一部《中医耳鼻咽喉科学》问世了。无奈事与愿违，因为当时没有第二个人搞这个专科，所以这本书问世时在全国范围内的影响并不大。直到25年以后，全国各地中医院开始普遍建立中医耳鼻咽喉科，人们才惊讶地发现了这份弥足珍贵的资料，其理论出处源流、脏腑经络关系、内治外治验方一应俱全，极尽详细，真可谓是包罗万象，对于中医耳鼻咽喉科知识的学习和专科人才的培养是极其宝贵的学习资料。而这时，干祖望又已经将原著的10万字扩充了6倍，使之成为内容详尽的专科教科书。