建立新型的黄河管理体制是加强黄河水资源统一管理和水污染防治——“河道不断流、污染不超标”的需要
黄河多年平均河川径流量580亿立方米，约占全国河川径流量的2%，却承担着本流域和下游引黄灌区，占全国15%的耕地面积、12%人口及50多座大中城市的供水任务，同时，还向流域外天津、青岛等地区远距离调水，供水任务十分繁重。但由于黄河可供水量远不能满足用水的需求，因此，黄河流域水资源供需矛盾日益加剧，造成黄河一度连年断流，1997年黄河断流13次，累计天数达226天。
黄河流域生态环境不断恶化，黄河水质污染日趋严重，水污染得不到有效防治，已严重威胁流域地区人民生产和生活。1999年度黄河水环境评价劣于Ⅲ类水质标准河段占评价河段的57%～84%，污染严重的8月份和12月份，评价河段中80%以上劣于Ⅲ类水质标准，而劣于Ⅴ类水质的河段占一半以上。严重的污染使黄河可利用的水量进一步减少，加剧了水资源的供需矛盾。
上述问题涉及黄河流域内经济、环保、水利等众多部门，仅依靠水利部门或流域机构来解决这些问题难度极大。在水量调度方面，由于黄河水资源短缺而引发很多问题，为了兼顾各地区、各部门的利益，国家须对黄河水量进行统一分配和调度。而水资源的统一管理和调度会涉及很多矛盾，如为了向下游送水，就需要限制上中游地区的用水，要求水库损失电量多放水，为了协调黄河防凌与发电的关系，需要对刘家峡、龙羊峡进行调度，涉及地区及部门之间、水利和电力部门之间的矛盾等。
在水污染防治方面，国务院1998年对水利部的“三定”规定明确其职责是：“按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。”作为流域机构在实际执行中，操作起来有一定的困难。环保部门与水利部门管辖区域的划分是，水利部门“不上岸”，只管河道，环保部门“不下水”，只管岸上。当遇到超标准排污进入河道时，水利部门又无处罚权，协调也很困难，不利于保护水环境。因此，水污染防治工作必须靠水利、环保部门大力协作。另一方面，由于现行的环境保护部门主要隶属于地方政府管理，因此，在查处跨省（自治区）的重大水污染事故时，往往难度很大，虽然流域水资源保护局隶属于水利部、国家环保总局双重领导，但在实际工作中，由于授权不到位，对水污染事故的查处也显得无能为力。
水资源不仅包含水量，同时，也包含着水质，实行水资源统一管理，也就要求水量、水质统一管理。面对日益严重的水资源供需矛盾和不断恶化的黄河水质，黄河水资源管理的任务十分艰巨，现行的管理体制难以协调地区间、部门间的利益纠纷。成立高层次的决策机构可以更好地制定流域水资源管理和保护规划，协调各方面的关系，并督促规划和计划的实施，使黄河水资源得到充分、合理的利用。