农作物保护
县境内农作物有害生物种类多，发生频率高，为害期长。1986年至2005年，全县发生较大的病虫害5次，危害面积达6400公顷以上。
农作物常见病虫草害
水稻 县内水稻发生的主要病害有稻纹枯病、稻曲病、稻瘟病、稻胡麻叶斑病、稻赤枯病、稻白叶枯病、稻小球菌核病、稻细菌性条斑病、稻矮缩病。其中常年发生、造成较大损失的病害是稻瘟病、稻纹枯病和稻细菌性条斑病。水稻发生的主要害虫（螺）有三化螟（钻心虫）、稻纵卷叶虫、稻飞虱、福寿螺、稻瘿蚊（标葱）、稻蟓甲、稻叶蝉、蝽象、稻苞虫、赤斑黑沫蝉、稻秆潜蝇、台湾稻螟、二化螟、大螟、蝗虫（土蝗）、黏虫等。常年发生并严重危害的害虫（螺）有稻纵卷叶螟、稻飞虱、三化螟、福寿螺、稻瘿蚊（标葱）。稻田杂草主要有稗草、莎草、雀稗、空心莲子草、蓉草、牛毛草、鸭舌草、浮萍等。
玉米 玉米生长期主要害虫有玉米铁甲虫、玉米螟、蚜虫、大螟、小地老虎、山地黑毛虫、桃蛀螟、棉铃虫等。其中，玉米铁甲虫已经成为20世纪末21世纪初危害玉米的最严重害虫。玉米成熟期主要病害有玉米纹枯病，玉米锈病，大、小斑病等。玉米贮藏期主要害虫有玉米蟓。
黄豆 主要病虫害有豆芜菁、豆荚螟等。
1997年7月，巴畴、堂房乡玉米遭受铁甲虫危害情况
红薯 主要病虫害有红薯疮痂病、蔓割病、红薯瘟、红薯小象甲、红薯茎螟等。
甘蔗 主要病虫害有甘蔗黑穗病、甘蔗凤梨病、甘蔗棉蚜虫、蔗叶蓟马、蔗螟等。
烟草 主要病虫害有烟草黑茎病、花叶病、青枯病、炭疽病、烟青虫、烟蚜等。
瓜类（西瓜）主要病虫害有白粉病、霜雾病、枯萎病、炭疽病、黄守瓜、瓜实蝇、斑潜蝇等。
蔬菜叶菜类 主要病虫害有软腐病、霜霉病、黄曲条、跳甲、菜螟、分汁纹夜蛾、蚜虫、菜青虫等。(https://www.daowen.com)
其他病虫害 其他病虫害有马铃薯晚疫病、病毒病，番茄早疫病、青枯病，岩黄连灰霉病、茎腐病等。
旱地杂草害 旱地杂草害主要有繁缕、马唐、牛筋草、狗尾草、香附子、白茅、三叶鬼汁草、马齿苋、胜红蓟等。
病虫草害防治
20世纪80年代以前，一般采用人工捕杀和以剧毒、高残留的有机磷化学农药防治为主。这些控制虫害的防治方法在短期内产生一定的效果，但破坏田间生态平衡，病虫害反而逐年加重。
1990年5月15日，东兰县县直涉农单位到武篆镇组织群众灭虫保苗抗虫救灾
1986—2005年，针对农田有害生物采取农业的、物理的、生物的、生态的综合治理措施，开始推广使用具有低毒、低残留、安全、广普、高效特点的新一代农药，逐步淘汰六六六、甲铵磷、乐果、甲基异柳磷等高毒、高残留类农药；推广冬翻田及早春灌溉耙沤田、打涝菌核等方法，消灭越冬病虫源；推广灯光诱杀螟蛾和人工摘除卵块，降低虫源基数；科学运筹肥水，实施健身控害栽培，创造有利于禾苗生长而不利于病虫害滋生的环境。2003年起，在果园、菜地和稻田推广安装频振式杀虫灯、性诱剂、悬挂环保捕虫板（黄板）和使用竹筒毒饵站等“绿色植保”生态控害技术，以减少化学农药对害虫天敌的杀伤，降低农产品农药残留，维护生态平衡。
草害防治，主要运用各类除草剂进行农作物田间喷洒，人工除草为补。
农作物检疫
1984年，在原病虫测报站的基础上，组建东兰县植物检疫站，并与病虫测报站合署办公，实行一套人马两块牌子。检疫站主要职责是负责国家的植物检疫任务，平时着重于农作物种子种苗繁育基地实施产地检疫和异地调运检疫。1993年全县早、中、晚稻发生细菌性条斑病，发生面积330公顷，其中重发生180公顷，轻发生150公顷，病叶率多的达84.92%，少的有56.1%，病指高的达38.31，低的有17.83，平均31.50。疫情发生后，检疫站植检员立即深入疫情发生乡镇，配合当地党委、政府开展控制、扑灭工作。此外，还先后开展对美洲斑潜蝇、假高粱、蔗扁蛾、西花蓟马、三叶斑潜蝇、紫茎泽兰、红火蚁、柑橘黄龙病、黄瓜绿斑驳花叶病、非洲大蜗牛等检疫对象的普查、扑灭工作，同时还在隘洞、长江、巴畴、东兰、长乐、坡峨、三石等乡镇发现紫茎泽兰，由于没有专项经费，当年未能开展对紫茎泽兰的扑灭工作。2005年，开展扑灭柑橘黄龙病，取得很好的效果。
玉米铁甲虫自1997年起开始在县境原堂房乡（今属巴畴乡）零星发生。之后，该虫沿红水河两岸乡镇迅速扩散蔓延，至2005年发生面积达2533多公顷，遍及巴畴乡、切学乡、金谷乡、长江乡、东兰镇、隘洞镇、长乐镇、三弄乡、大同乡、三石镇等10个乡镇。2005年，为应对玉米铁甲虫的暴发，县政府组织了大量人力、物力、财力进行扑灭，仅从东兰镇、巴畴乡、隘洞镇、长江乡、金谷乡等5个乡镇收购成虫就有33.91公斤。玉米铁甲虫是外地侵入性害虫，在当地没有天敌控制，也没有有效的防治措施，给玉米生产留下了长期的隐患。