3.2 转基因食品的安全性评价
尽管至今还没有证据表明转基因食品对人体健康不利，但由于人类在基因领域的认知尚不充分，特别是目前的科学水平还不能准确预测一个外源基因在受体生物体内会产生什么样的作用，因此公众普遍对这一前沿技术及其产品的安全性心存疑问，国际组织、各国政府和学术界同样对转基因食品的安全性问题给予了持续关注，并不断探索各种先进的评价方法，努力建立行之有效的转基因食品安全性评价体系，以期在鼓励科学技术发展的同时保障公众健康。
FAO/WHO 由定期召开的FAO/WHO 转基因食品联合专家咨询会，负责对转基因食品的安全性和评价方法等问题进行讨论研究。1990年第一届FAO/WHO 联合咨询会议首次提出生物技术食品和食品添加剂的安全性评价策略，建议安全性评价应基于被评价食品/食品成分的分子结构、生物和化学特征，并根据这些方面特征决定对该生物技术食品进行传统毒理学评价的必要性和范围。
1993年OECD 率先提出了“实质等同性（Substantial Equivalence）”概念，作为转基因食品安全性评价的基本原则。实质等同性原则的含义是指在评价通过生物技术手段生产的新食品和食品成分的安全性时，现有食品或其来源生物可作为比较的基础。这种比较法是基于如下理念：某种新食品的安全性在很大程度上取决于该食品与具有安全食用史的传统对照食品相比有多少差异。存在的任何差异都需进行评价以明确其可能导致的健康效应。
FAO/WHO 下属的国际食品法典委员会（CAC）于2003年发布了《现代生物技术食品风险分析的原则》，为转基因食品的风险分析提供了基本框架。认为评价转基因食品的安全性并不是要识别出其可能存在的所有食用安全隐患，而是要重点识别与传统对照食品相比新出现的或发生改变的危害，并进一步评价这些危害可能导致的健康风险，根据风险类型采取相应的管理措施。之后CAC 先后发布了《重组DNA 植物来源食品的安全性评价指南》（CAC/GL 45—2003）、《重组DNA 微生物生产的食品安全性评价指南》（CAC/GL 46—2003）和《重组DNA 动物生产的食品安全性评价指南》（CAC/GL 68—2008）分别用来指导对转基因植物、微生物和动物来源的食品进行安全性评价。
根据转基因食品安全性评价的各项原则及需要考虑的各种健康相关因素，转基因食品的安全性评价应从以下方面逐步进行。
毒性评价
对于蛋白质类表达产物，应进行其与已知毒性蛋白和抗营养素在氨基酸序列及蛋白构象方面的相似性分析，对热、加工过程的稳定性及消化稳定性分析。若外源基因表达产物为某种新蛋白质，即找不到有安全食用史的非转基因对照物时，还需要进行经口毒理学实验。对于非蛋白质类表达产物，若无安全食用史，可根据其分子结构特征、生物学作用及膳食暴露情况等按照传统毒理学方法进行食用安全性评价，如代谢物分析、毒代动力学、亚慢性毒性试验、慢性毒性试验、繁殖试验和致畸试验等。
致敏性评价
转基因食品致敏性评价的基本策略已经形成，主要体现在国际食品生物技术委员会（ International Food Biotechnology Council，IFBC）和国际生命科学学会（International Life Sciences Institute，ILSI）（IFBC/ILSI）于1996年发展的树形判定法，以及FAO/WHO 先后于2000年和2001年发布的改进后的判定树。CAC 发布的转基因食品安全性评价指南中也包含了评价潜在致敏性的附件，评价内容包括：新表达蛋白是否来源于致敏原基因，新表达蛋白与已知致敏原氨基酸序列的同源性，新表达蛋白对热、消化和加工过程的稳定性，特异性血清学实验等。此外，在ILSI 健康和环境科学学会组织的研讨会上还提出了从五项新的领域进行外源基因表达蛋白的致敏性评价，即蛋白结构/活性、血清筛检、动物模型、定量蛋白质组学和机制学；进行食品成分分析，即分析与非转基因对照食品相比，转基因食品中的关键营养素、抗营养素、毒性物质和致敏性物质的种类和数量是否发生了改变。一旦发现改变，就需要采用毒理学、营养学、免疫学等各种方法对这些改变可能带来的健康效应进行评价。食品成分分析的主要目的是识别由于基因插入而导致的非预期效应；评价储存、加工和烹调等过程对转基因食品安全性的影响，主要是分析储存过程及加工条件是否会影响转基因食品中关键营养素的生物利用率以及食品安全相关成分（如毒性物质等）的含量和存在形式；营养学评价，对以改变营养素品质和功能为目的的转基因食品，应进行营养学评价，即结合该转基因食品在人群中的消费情况评估营养学改变对人群健康的影响，特别是对主要成分的吸收利用率以及对其他营养成分吸收利用的影响进行评估；进行模拟商业化的全食品喂养实验。在保证实验动物营养平衡的基础上在饲料中掺入尽可能多的受试物进行喂养实验，并设立亲本对照组；除上述评价内容外，还应注意转基因食品中耐药基因转移的可能性，农药、重金属等外来化合物的蓄积情况等。必要时可进行人体试食实验，转基因食品上市后还应注意收集人群食用资料。
转基因食品安全性评价的终点是得出结论：被评价的转基因食品与非转基因对照食品是否具有相同的安全性。安全性评价的目的是为该转基因食品的管理提供科学依据，如确定是否批准上市；若批准上市，是否需要进行标识，如何进行标识等。