知识论与心性论的冲突
唐玄奘所创立的法相唯识宗的历史命运，吕澂在《中国佛学源流略讲》指出：“他（玄奘）后来的成就当然有许多处和他的初愿相违。这就限定了慈恩宗学说的特质和它的命运。也有人说，玄奘传来的学说太印度化了，不适于中国的国情；或者说它太拘泥形式，未免食古不化，所以不能传之久远；这些都还是皮相之谈。”[3]
从以上的论述，不难看出，法相唯识宗在其佛性的体认方式上，构成了与中国佛教其他宗派冲突的特质。这应当是玄奘开创的法相唯识宗仅能盛极一时的深层原因。与此相应的是，其知识论经验式的佛性体认方式，则有如昙花一现，很快就隐没了，以至于有这样的论点，认为“谈中国佛教思想问题，唯识宗便可以不包括在内”。[4]
深谙佛学经典、教理的玄奘大师，他理应知道在佛性论上知识论与心性论的矛盾。依据《瑜伽师地论》[5]的记载，玄奘已经知道唯识宗的佛性理论与传统中国的佛教思想存有冲突，不欲传之入中国，因而遭受到戒贤的责备。玄奘也曾为此苦恼不已。还是在印度那烂陀寺研习佛典期间，玄奘曾从那烂陀寺去迦布德迦伽蓝祈祷，面对观自在菩萨像跪发三愿，并以花蔓卜之。
其卜愿的内容是：“一者……，二者……，三者圣教中称众生界中有一分无佛性者玄奘今自疑，不知有不？若有佛性修行可成佛者，愿华贯挂尊颈项。”语讫，以华遥散，咸得如言。[6]
玄奘带着困惑问学于西竺，希望能够直探原典，启伸宿惑。他带回的瑜伽宗特别是法相唯识宗的原典和思想方法，正是他意欲解决、缓解南北两宗、当现二常矛盾的义理依据。他之所以如此为之，并不是说放弃了他早年在中国的佛教立场，以恪守其印度师法；而是他欲以一个新的思想立场，来重新梳理中国佛教界由文化传统、由门户之见、由义理的相异而形成的矛盾。
无论是玄奘西去求法，还是他回国之后开宗立派，佛性问题都是玄奘必须面对的难题。从中国佛教的发展史来说，玄奘的时代，中国形态的佛教宗派以及佛性论都已经形成，心性论的佛性思想也已经占据了中国佛性论的主体。所以，在某种程度上，南北朝时期析为当、现二常或南北两派的佛性问题，也随着心性论的佛性体认方式的最后构成而基本解决。玄奘在唐代初年创立的法相唯识宗，似乎是重新挑起了有关佛性论问题的争议。
他早在戒贤法师处，即因与师子光的辩论，撰有梵文《会宗论》，以会通两派的争论，并指出：先哲立论，各有发挥，互不违碍；只是学者不能融会贯通，遂是甲而非乙，互相非斥。回国之后，他一方面秉承大乘佛学瑜伽宗的学说，另一方面则试图以瑜伽宗学统摄三乘。
同时，玄奘还将《大乘起信论》自汉文译成梵文，在晚年又精心组织翻译了大乘空宗的主要经典如六百卷《大般若经》。这说明玄奘不愧为一代大师，不仅仅致力于以瑜伽宗学说上通于般若之学，调和空、有之间的矛盾；而且，他对于与法相唯识宗直接对立、并已经为佛教各宗派广泛援用的“真如缘起”说，也不存有门户之见。
然而，玄奘会通中国佛教各宗派的努力，毕竟是作用不大。
即使是他自己创立的法相唯识宗，也只能是盛行三、四十的光景，仅仅能保持一个法脉的延续而已。知识论的佛性思想也只能是其间的一个思潮，终究无法与已经占据中国佛教主要地位的心性论佛性思想相与匹敌。从当时整个中国的思想文化的发展来说，玄奘的时代还不是传统中“尊德性”与“道问学”直接矛盾的时代，当然也不是佛教界“尊佛性”和“道问学”直接冲突的时代。所以，“尊德性”依然是整个中国思想文化体系的主潮；而承受着中国文化传统制约的中国佛教，也随之展现为“尊佛性”的思想潮流。
玄奘的思想及其努力，作为中国思想文化在中国中古时期的一股思潮，依着唐太宗父子的支持和玄奘本人的文化影响力，毕竟在中国佛教史上印下了一道不浅的痕迹，一直通向中国近世和近代。