四、玉华寺译场
显庆四年（659）十月起，玄奘译场转移至玉华寺。玄奘住于玉华寺肃成院内。
显庆五年正月一日，玄奘开始翻译《大般若经》。此经梵本共有二十万颂，文极广大。玄奘法师于印度得三本。在翻译过程中，若遇有疑误，玄奘即参校三本以定之；殷勤覆省，方乃下笔。或文乖义奥，意有踌躇，必觉异境；似若有人，授以明决；心即豁然，若拨云见日。玄奘自云：“如此悟处，岂奘浅怀所通？并是诸佛菩萨所暗助耳。”[37]时殿侧有双李树，忽于非时，屡次开花，花皆六出，鲜荣可爱。众僧都说：“是般若再阐之征，六出者，表六到彼岸。”[38]
玄奘生命的最后五年是在玉华寺度过的。五年中，他共翻译出佛典14 部682 卷，大约为其译经总数的一半。
玄奘圆寂在当时就是社会中的一项重大事件，颇得朝廷和民众的关注。从整个唐代佛教来说，唐初三件最大的活动都与玄奘有关。第一件是玄奘法师回归长安，第二件是慈恩寺建成典礼，第三件则是玄奘法师的葬礼。
关于玄奘圆寂的经过以及隆重的葬仪，《续高僧传.玄奘传》、《慈恩传》和《大唐故三藏玄奘法师行状》都有较为详细的记载，但在具体细节方面有些差异。下文综合几种文献记载，叙述玄奘大师圆寂的经过。
龙朔三年（663）十月二十三日，玄奘翻译完成《大般若波罗蜜多经》六百卷。《慈恩传》记载，此日玄奘合掌欣然对徒众说：
此经于此地有缘，玄奘来此玉华寺者，经之力也。向在京城，诸缘牵乱，岂有了时？今得终讫，并是诸佛冥加，龙天拥祐。此乃镇国之典，人天大宝，徒众宜各踊跃欣庆。[39]
玉华寺都维那寂照，庆贺译《般若经》功竣，设斋供养。是日请经从肃成殿入嘉寿殿斋所讲读。十一月二十二日，玄奘法师令弟子窥基奉表奏闻高宗，并请御制经序。十二月，译毕《五事毗婆沙论》二卷、《寂照神变三摩地经》一卷、《阿毗达磨集异门足论》二十卷。玄奘至此自觉精力衰竭，料死期将近，乃对门徒预嘱后事：“吾来玉华，本缘《般若》，今经事既终，吾生涯亦尽。若无常后，汝等遣吾，宜从俭省，可以笾篨里送，仍择山涧僻处安置，勿近宫寺。”[40]
麟德元年（664）正月一日，玄奘译毕《咒五首经》一卷。三日，玉华寺内译经诸僧，还请玄奘翻译《大宝积经》。根据《行状》记载：
知此经于汉土未有缘，纵翻亦不了。固请不免。法师曰：“翻必不满五行。”遂译四行止，谓弟子及翻经僧等：“有为之法，必归磨灭。泡幻之质，何得久停？今麟德元年，吾行年六十有三，必卒于玉花。若于经论有疑，宜即速问，勿为后悔。”徒众闻者无不惊泣。皆曰：“和上尊体康和，计年未至耆耄，何为忽作此言？”报曰：“此事自知，非徒众所悉。”是时法师，未有疾患，徒众相顾，咸生疑怪。[41]
根据《慈恩传》记载，大概在正月三日，玄奘前往兰芝谷，礼辞俱胝佛像。玄奘与门徒同出，僧众相顾，莫不潸然。礼毕还寺，玄奘停止翻译。九日黄昏，玄奘“于房后度渠，脚跌倒，胫上有少许皮破。因即寝疾，气候渐微。”[42]
十七日后某日，他命嘉尚法师统计前后所翻译经论，合共七十五部，一千三百三十五卷，“又录造俱胝画像、弥勒像各一千帧，又造塑像十俱胝。又抄写《能断般若》、《药师六门陀罗尼》等经各一十部，供养悲敬二田各万余人，烧百千灯赎数万生。录讫，令嘉尚宣读。”[43]
二十三日，玄奘令集合全体僧众，设斋，并全部布施所有衣物、财帛等，更令造像。接着，玄奘对众说：
玄奘此毒身，深可厌患，所作事毕，无宜久住。愿以所修福慧，回施有情；共诸有情，同生睹史多天弥勒内眷属中，奉事慈尊，佛下生时，亦愿随下广作佛事，乃至无上菩提。[44]
说完后，玄奘默默正念，口中诵经。
二月初，玄奘法师病势沉重。二月五日夜半，弟子普光等问：“和上决定得生弥勒内院不？”法师报云：“得生。”[45]言讫，喘息渐微，少间神逝。
玄奘法师病时，捡校翻经使许玄备以其年二月三日上奏说：“法师因损足得病。”[46]二月七日，高宗勅中御府：“宜遣医人将药往看。”所司即差供奉医人张德志、程桃捧将药急赴。比至，法师已终，医药不及。“时坊州刺史窦师伦奏：‘法师已亡。’帝闻之哀恸伤感。为之罢朝，曰：‘朕失国宝矣！’时，文武百寮，莫不悲哽流涕。帝言已呜噎，悲不能胜。帝翌日，又谓群臣曰：‘惜哉！朕国内失奘师一人，可谓释众梁摧矣。四生无导矣。亦何异于苦海方阔，舟檝遽沈；暗室犹昏，灯炬斯掩？’帝言已，呜咽不止。”[47]二月二十六日，高宗下勅说：“窦师伦所奏，玉华寺僧玄奘法师既亡，葬事所须并令官给。”[48]至三月六日，又有勅说：“玉华寺奘法师既亡，其翻经之事且停。已翻成者，准旧例，官为抄写。自余未翻者，总付慈恩寺守掌，勿令损失。其玄奘弟子及同翻经僧，先非玉华寺僧者，宜各放还本寺。”[49]
根据记载，玄奘大师圆寂后，未依佛教葬仪举行毗荼，而是以中土的葬礼进行的。麟德元年（664）三月十五日，高宗下勅说：“故玉华寺僧玄奘法师葬日，宜听京城僧尼造幡盖，送至墓所。”[50]于是门人遵照遗命，“以籧篨为舆，奉神柩还京，安置慈恩翻经堂内。弟子数百，哀号动地。京城道俗，奔赴哭泣，日数百千。”[51]玄奘的灵柩由坊州玉华寺奉迎至长安慈恩寺翻经堂安置。四月十四日，“将葬浐之东，都内僧尼及诸士庶，共造殡送之仪，素盖白幢、泥洹帐舆、金棺银椁、娑罗树等五百余事，布之街衢，连云接汉，悲茄凄挽，响匝穹宇。而京邑及诸州五百里内，送者百余万人。虽复丧事华整，而法师神柩仍在籧篨本舆。东市绢行用缯三千匹，结作泥洹舆，兼以花佩庄严，极为殊妙，请安神柩。门徒等恐亏师素志，不许。乃以法师三衣及国家所施百金之纳，置以前行，籧篨舆次其后。观者莫不流泪哽塞，是日缁素宿于帐所者，三万余人。十五日旦，掩坎讫，即于墓所设齐而散。”[52]
玄奘的身后事在历史上也留下了重重迷雾。玄奘的遗骨先是被安葬在陕西蓝田灞、浐之间的白鹿原。但五年之后，高宗下令将玄奘法师的遗骨迁至樊川，安葬于兴教寺墓塔内。现在该寺中尚保存着唐文宗开成四年（839）所立的《大遍觉法师玄奘塔铭》古碑，记录此事相当详细。
唐僖宗广明元年（880），黄巢起义军占据长安，兴教寺被毁，玄奘的头骨被寺僧护送至终南山紫阁寺五重塔奉养。这时，虽然玄奘的头骨已移迁，但是还在长安附近。北宋初年，金陵（今南京）天禧寺住持可政朝山来此，在废寺危塔中发现法师头骨，就亲自千里背负，迎归金陵天禧寺供奉。宋代安葬玄奘大师头骨的石函有刻文写道：“大唐三藏大遍觉法师玄奘灵骨，早因黄巢发塔，今长干演化大师可政，于长安传得，于此葬之。”据说玄奘大师头骨在南迁金陵之后，在金陵本地又迁葬过两次。第一次是在元文宗至顺三年（1332），当时天禧寺主持释广演发塔重建。第二次是明太祖洪武十九年（1386），天禧寺住持释守仁等人将玄奘头骨从寺内东岗迁至南岗，修建了三藏塔供奉。
近代以来，迁移至南京的玄奘头骨叠经变迁，至今已有包括南京玄奘寺、南京灵谷寺在内的九处供奉地。