关于在公司章程被确认无效后，是否具有溯及力及如何处理与此相关的法律关系
对此，《公司法》本身没有直接的规定。我理解，公司章程被确认无效，既会涉及公司内部的法律关系，又会涉及与第三人之间的法律关系；其处理可以参考适用《公司法》和《公司法司法解释四》关于公司决议无效的规定；此外，可能还需要结合《民法总则》关于无效的民事法律行为的规定加以处理。
先来看看《公司法》的规定。针对公司决议无效的情形，《公司法》第22条第四款规定：“公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。”
在公司章程的情形，由于制定公司章程是公司设立条件之一，公司章程也是申请公司设立登记的必备文件，并且公司在修改其章程时，应当将修改后的公司章程或者公司章程修正案提交给原公司登记机关[44]，因此，公司章程被人民法院确认无效之后，公司也应当向原公司登记机关申请撤销被确认无效的公司章程的登记或备案。
由于针对公司决议被确认无效的处理，《公司法》除了要求公司申请撤销变更登记外，没有作出其他规定，从而，关于公司章程被确认无效后是否具有溯及力的问题，需要在《公司法》之外寻找解决思路。
再来看看《公司法司法解释四》。由于《公司法司法解释四》第6条规定了“股东会或者股东大会、董事会决议被人民法院判决确认无效或者撤销的，公司依据该决议与善意相对人形成的民事法律关系不受影响”，因此，在通过公司章程的股东会或股东大会决议被确认无效之后，相应的公司章程也被确认为无效，但公司根据该公司章程与善意相对人形成的民事法律关系不因该公司章程被确认为无效而受影响。
不过，值得注意的是，《公司法》第22条第四款是从公司与公司登记机关之间的行政法律关系的角度来处理公司决议无效的法律后果的，而《公司法司法解释四》第6条则是从公司与第三人之间的民事法律关系的角度来处理公司决议无效的法律后果的。
接下来看看《民法总则》的规定。由于《民法总则》与《公司法》是一般法和特别法的关系，根据《民法总则》第2条关于“民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系”和第13条关于“其他法律对民事关系有特别规定的，依照其规定”的规定，由于《公司法》并没有对“公司章程被确认无效后如何处理”作出其他特别规定，因此，应考虑适用《民法总则》第155条和第156条关于“无效的民事法律行为”的一般规定[45]。
结合《民法总则》第155条关于“无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力”的规定和第156条关于“民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效”的规定，我理解，在公司章程被人民法院确认无效之后[46]，被确认为无效的章程条款应追溯至其被制定或被通过之时就自始没有法律约束力、如同自始就没有存在过；但是，未被人民法院确认为无效的其他章程条款，则不应受此影响，并应具有法律约束力。
不过，实践中，针对公司章程无效的法律后果，不同的法院可能会采取不同的处理办法。
有的法院认为，无效民事法律行为的后果和基本处理准则在于恢复原状，在公司章程或公司章程的相关条款被确认为无效之后，应以被确认为无效的公司章程之前有效的公司章程或公司章程的相关条款为准。因此，在确认公司章程或公司章程的相关条款无效的同时，有的法院会一并明确，在公司章程被确认为无效之后，应以哪份公司章程为准，或者在公司章程的相关条款被确认为无效之后，应以哪份章程的内容为准；并且，要求公司向公司登记机关办理相应的变更或备案手续。
比如，在周建生与裕昌投资控股集团有限公司、吕乃涛等公司决议效力确认纠纷一审案中，山东省高级人民法院在2015年9月23日作出的（2014）鲁商初字第23号民事判决书认为：“公司股东会决议被确认无效后，对公司内部关系具有溯及力，公司内部法律关系应回归到决议作出之前的状态”，“被告裕昌公司应当自本判决生效之日起30日内向公司登记机关申请变更登记至2007年5月18日股东会决议作出之前的状态。”
又如，在孙卫兵诉启东市医药药材有限公司请求变更公司登记纠纷案中，一审法院江苏省启东市人民法院在判决确认“启东市医药药材有限公司于2012年7月16日登记备案的章程除经营范围增加‘保健食品’外，其余修改部分无效”的同时，还判决要求“启东市医药药材有限公司于本判决生效之日起三十日内办理工商变更登记，将2012年7月16日登记备案的章程，除经营范围增加‘保健食品’外，其余修改恢复至2011年1月10日登记章程的内容”[47]。
再如，在孙克仁诉被告上海荧星音乐教具有限公司公司决议纠纷案中，一审法院上海市青浦区人民法院在判决确认被告上海荧星音乐教具有限公司于2013年2月27日形成的股东会决议和《上海荧星音乐教具有限公司章程》无效的同时，还判决要求上海荧星音乐教具有限公司于本判决生效之日起十日内向公司登记机关申请撤销根据2013年2月27日被告股东会决议和《上海荧星音乐教具有限公司章程》办理的变更登记手续[48]。
也有的法院只是在其判决书中确认相应的公司章程或公司章程的相关条款无效，但并不对公司章程被确认为无效的法律后果予以明确。
比如，在童丽芳等人诉上海康达化工有限公司确认决议无效纠纷案中，一审法院上海市浦东新区人民法院只是判决宣告了“上海康达化工有限公司2006年7月29日通过的《上海康达化工有限公司关于修改（公司章程）的决议》中‘上海康达化工有限公司章程’第二十四条第（二）、（三）项、第二十五条第（四）项、第二十九条、第四十一条的内容无效”[49]。
又如，在北京市八大处农工商总公司诉北京治政工贸发展有限公司与公司有关纠纷一案中，北京市石景山区人民法院也只是判决确认了《北京治政工贸发展有限公司章程》第五条关于北京金瑞投资有限公司以集体所有土地、房产向北京治政工贸发展有限公司出资的规定无效[50]。
此外，由于确认公司章程或公司章程的相关条款无效涉及多方当事人（不仅涉及公司、公司的各个股东，甚至可能涉及第三人）的利益；尤其是，对于公司在当事人要求确认无效的公司章程或公司章程条款被通过之后发生了增资、股权转让等诸多变更事项、涉及诸多第三人利益的情形，出于维护、保护在当事人要求确认无效的公司章程或公司章程条款被通过之后形成的新的交易秩序，甚至是公共利益的考量，有的法院可能会倾向于不确认公司章程或公司章程的相关条款无效，或者虽然确认公司章程或公司章程的相关条款无效，但是不支持公司提出的撤销与被确认为无效的公司章程相关的公司登记或备案登记的请求。
比如，在钱跃明诉浙江长兴博阳制衣有限公司等公司决议效力确认纠纷上诉案中，针对钱跃明要求确认浙江长兴博阳制衣有限公司股东会决议无效或者予以撤销的请求，二审法院浙江省湖州市中级人民法院就曾以涉诉股东会决议作出之后“博阳公司的股权结构已经数次发生变更，如再予撤销，将导致公司股东间发生连环股权交易纠纷”为由，“从公司治理的效率原则以及股东行使权利应遵循诚信原则出发”，认为“被上诉人钱跃明在事隔多年以后要求确认股东会决议无效或者予以撤销，应当不予支持”，因此驳回了钱跃明的诉讼请求。
又如，在上海某高新材料有限公司诉上海市工商行政管理局某分局工商变更登记纠纷案中，虽然上海某高新材料有限公司在2002年至2006年间作出的9份股东会决议已经被人民法院的生效判决确认为无效，但是，由于该公司自设立以来，历经了14次工商变更登记，在十余年的经营过程中形成了广泛复杂的经济关系，在该公司向公司登记机关申请撤销依据这9份股东会决议进行的9次工商变更登记时，公司登记机关就以该公司“存续期间内外法律关系的建立均依赖公司登记的社会公信力，撤销变更登记可能对不确定的善意第三人、善意取得股权的其他股东以及债权人的利益造成损害，影响社会经济秩序的稳定，进而对公共利益造成损害”为由，对该公司申请撤销这9次工商变更登记的请求不予核准。由于公司登记机关的上述处理决定得到了上海市闵行区人民法院和上海市第一中级人民法院的支持，该公司也就无法撤销依据这9份股东会决议进行的9次工商变更登记了[51]。
尽管上述案件主要反映的是法院针对公司股东会决议被确认为无效的法律后果的处理意见，我理解，上述处理思路同样可以适用到公司章程无效案件当中。
值得一提的是，在处理公司章程被确认无效之后的法律后果方面，陕西省高级人民法院民二庭关于“公司瑕疵决议被判决无效、撤销或不存在后对股权转让的影响问题”的如下意见[52]可作参考：“人民法院判决瑕疵决议无效、被撤销或不存在后，最核心的难点在于如何确定判决的溯及力。由于公司决议具有团体法上行为的性质，判决的对世效力必须符合公司法律关系的整体性、稳定性的基本要求。就是说，公司决议无效、撤销或不存在的判决之溯及力，不能简单适用民法上法律行为被判决撤销、无效而具有溯及既往的效力。因为以公司决议为基础的公司行为如被溯及无效，将产生公司法律关系的混乱，不利于对善意第三人的保护。因此，公司法在对待以瑕疵决议为基础的行为时，不必当然将瑕疵决议的效力溯及既往，而应视具体情形尊重既成事实，承认其对善意第三人的法律效力，维护交易的安全。”
从《公司法司法解释四》和上述法院的意见看，在股东的个人权益与由本来无效的公司相关决议或公司章程形成的新的交易秩序发生冲突时，公司登记机关、法院乃至法律往往会选择保护交易秩序而牺牲股东的个人权益。
因此，在包括公司的股东在内的当事人认为公司章程条款存在无效的情形时，应尽快向法院提起诉讼，申请法院确认公司公司章程条款无效，避免发生因时间过长、发生更多的交易、形成新的交易秩序而导致自身请求得不到法院的支持的不利后果。
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