关于对公司内部的民事法律关系的影响
如前所述，在法律适用上，根据《民法总则》第11条关于“其他法律对民事关系有特别规定的，依照其规定”的规定，由于公司的权力机构、执行机构作出决议或决定的行为属于特殊的民事法律行为，应首先适用《公司法》的规定；在《公司法》未作规定的情况下，则应当适用《民法总则》有关民事法律行为的规定。
由于《公司法》本身没有对公司的决议被确认为无效、被撤销或被确认为不成立对公司内部法律关系的影响作出规定，此时，应当适用《民法总则》的相关规定。
针对无效的民事法律行为和被撤销的民事法律行为，《民法总则》第155条规定了“无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力”，第156条规定了“民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效”，第157条规定了“民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。”
结合《民法总则》第155条、第156条和第157条的上述规定，我理解，在内部法律关系方面，在公司决议被人民法院确认为无效或被撤销之后，被确认为无效或被撤销的公司决议内容，应追溯至其作出或通过之时就自始没有法律约束力，如同自始就没有存在过；但是，未被人民法院确认为无效或撤销的其他决议内容，则不应受此影响，并应具有法律约束力。
不过，实践中，针对公司决议无效或被撤销的法律后果，不同的法院可能会采取不同的处理办法。
有的法院认为，无效或被撤销的民事法律行为的后果和基本处理准则在于恢复原状。因此，在确认公司决议无效或撤销公司决议的同时，有的法院会一并明确，在公司决议被确认为无效或撤销之后，要求公司向公司登记机关办理相应的变更登记手续。
比如，在周建生与裕昌投资控股集团有限公司、吕乃涛等公司决议效力确认纠纷一审案中，山东省高级人民法院在2015年9月23日作出的（2014）鲁商初字第23号民事判决书认为：“公司股东会决议被确认无效后，对公司内部关系具有溯及力，公司内部法律关系应回归到决议作出之前的状态。本案被认定无效的六次股东会决议内容均系公司增资，故该六次股东会决议无效的后果应是恢复至2007年5月18日第一次增资的股东会决议作出之前公司的注册资本状态与当时股东的持股状态。根据《中华人民共和国公司法》第二十二条第四款之规定，‘公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。’因此，被告裕昌公司应当自本判决生效之日起30日内向公司登记机关申请变更登记至2007年5月18日股东会决议作出之前的状态。”
又如，在孙克仁诉被告上海荧星音乐教具有限公司公司决议纠纷案中，一审法院上海市青浦区人民法院在判决确认被告上海荧星音乐教具有限公司于2013年2月27日形成的股东会决议和《上海荧星音乐教具有限公司章程》无效的同时，还判决要求上海荧星音乐教具有限公司于判决生效之日起10日内向公司登记机关申请撤销根据2013年2月27日被告股东会决议和《上海荧星音乐教具有限公司章程》办理的变更登记手续[69]。
也有的法院只是在其判决书中确认相应的公司决议中的相关条款无效，但并不对公司决议被确认为无效的法律后果予以明确。
比如，在童丽芳等人诉上海康达化工有限公司确认决议无效纠纷案中，一审法院上海市浦东新区人民法院只是判决宣告了“上海康达化工有限公司2006年7月29日通过的《上海康达化工有限公司关于修改（公司章程）的决议》中‘上海康达化工有限公司章程’第二十四条第（二）、（三）项、第二十五条第（四）项、第二十九条、第四十一条的内容无效”[70]。
但是，由于确认公司决议无效或撤销公司决议可能涉及多方当事人（包括公司、股东等人）的利益；尤其是，对于公司在当事人要求确认无效或撤销的公司决议作出之后发生了增资、股权转让等诸多变更事项的情形，出于维护、保护在当事人要求确认无效或撤销的公司决议作出之后形成的新的交易秩序、甚至是公共利益的考量，有的法院可能会倾向于不确认相关决议无效或撤销相关决议，或者，虽然确认相关决议无效或撤销相关决议，但是不支持公司提出的撤销与被确认为无效或被撤销的公司决议相关的公司登记或备案登记的请求。
比如，在浙江长兴博阳制衣有限公司、郭彦新与钱跃明、郭彦忠、郭彦栋、郭彦梁公司决议效力确认纠纷上诉案中，针对钱跃明要求确认浙江长兴博阳制衣有限公司股东会决议无效或者予以撤销的请求，二审法院浙江省湖州市中级人民法院就曾以涉诉股东会决议作出之后，“博阳公司的股权结构已经数次发生变更，如再予撤销，将导致公司股东间发生连环股权交易纠纷”为由，“从公司治理的效率原则以及股东行使权利应遵循诚信原则出发”，认为“被上诉人钱跃明在事隔多年以后要求确认股东会决议无效或者予以撤销，应当不予支持”，因此驳回了钱跃明的诉讼请求[71]。
针对公司决议被确认为不成立对公司内部的法律关系的影响，《公司法》和《公司法司法解释四》没有直接作出规定。最高人民法院倾向于认为，从体系解释出发，不成立的决议当然不具有法律约束力，这应是《公司法》的默示性规定[72]。我理解，上述关于公司决议无效或被撤销的法律后果的分析，同样可以适用于公司决议被确认为不成立的情形。