落实高校二级院（系）管理体制机制的主要问题
1.落实高校二级院（系）管理体制机制尚处探索之中
从调研的情况看，高校在落实二级院（系）管理体制机制中，实行党政共同负责制的占25%，党政分工负责制的占26.52%，实行院长（系主任）负责制的占16.46%，党委（党总支）领导下的院长负责制占28.05%，教授委员会集体决策基础上的院长负责制占0.3%。因此，除教授委员会集体决策基础上的院长负责制之外，其他各种体制占比不相上下，二级院（系）管理体制存在着差异化的现象，未形成高校公认的模式。这一方面，说明了各高校在落实二级院（系）管理体制机制中坚持本校实际进行探索，但从侧面也说明了各高校在落实二级院（系）管理体制机制方面尚未成熟。
2.落实高校二级院（系）管理体制机制尚未健全
调研发现，各高校十分重视二级院（系）管理体制机制的建设，建立了教代会、教授委员会、党政联席会议等组织机构，制定了相关制度，但这些组织机构在运行过程中发挥的作用还很有限，二级院（系）党政关系还存在不协调的现象，主要表现在：
教授委员会的作用尚未充分发挥。在针对教授委员会履职情况调研中发现，高校教师认为教授委员会有着审议本院（系）学科专业发展规划、决定本院（系）有关学术、科研重大事宜、审定本院（系）高层次人才聘任和解聘、负责本学院（系）教师的技术职称晋升、审定本院（系）人才培养计划等多方面的权力，决策事项涉及院（系）教学、科研、人事等重大。然而，教授委员会在是否发挥作用的问题上，发挥作用为“好”的比例仅占17%，较好44%、一般33%与不好6%占有较大比例，教授委员会所应担负的责任与实际履职情况之间存在着差距。
教代会、职代会履职情况与全覆盖的要求存在差距。根据教代会、职代会的履职情况调研分析，每年召开会议，闭会期间工会组织能够全面履行职责的有71%；每年召开会议，闭会期间工会组织不能全面履行职责的有15%；会议不正常，作用不大的有10%；尚未建立二级教代会（职工代表大会）制度的有4%。与在二级管理中，二级教代会、职代会应该全面覆盖，并贯彻落实会议决议的要求还有一定的差距。
二级院（系）党政职责分工不明确。影响高校二级院系领导班子作用发挥的最主要原因中26.83%的人选择了党政职责不清，证明职责不清还是较为明显的一个问题；对高校二级院（系）党组织的作用认识上选择领导核心与政治核心分别为50%与46.65%，可见，在高校院（系）内部，对于党组织的地位作用认识也存在着偏差与模糊，反映出党组织对自身定位不清，难免出现越位、错位的现象。
党政联席会议决策落实不到位。从问卷调查分析，市属部分高校存在党政联席会议的议事规程不清楚（39%）或未制定（3%）的情况，所占比例相对较高，致使党政联席会议流于形式，会议的公信度与有效性受到质疑和影响。