解决认识问题，增强落实合力
认识是行动指南，也是行动的前提。进一步落实高校二级管理体制机制，涉及对现代大学制度、高校内部治理结构等重大问题的认识，也直击当前高校管理中的一些热点、敏感问题，如“去行政化”、学术自由，更关系到党对高校的领导、党如何领导等问题。在思考进一步落实高校二级管理体制机制的问题时，我们有必要厘清概念，矫正认识，深入探究，做好充分思想准备。
1.中国特色的现代大学制度不等同于西方的大学制度
高校两级管理体制是目前中国高校普遍采用的一种内部治理结构，也是现代大学制度的重要内涵。从本质上讲，二级管理体制机制对于当前规范大学与院（系）之间的权力关系，保障二级院（系）基层学术组织的自治权具有重要意义。而当前中国大学存在权力过于集中于学校层面，院（系）、科研院所等基层学术组织少有权力、难有作为。落实高校二级管理体制机制对于构建中国特色的现代大学制度起到积极的推动作用。
但是，人们常常把当下中国社会所倡导的现代大学制度等同于西方的大学制度，希望在西方大学制度中找到中国建设现代大学制度的答案，这是认识上的误区之一。当前，我们应当在中国文化传统背景下，针对中国高等教育存在的深层问题，建立和完善中国特色的现代大学制度，即以“党委领导、校长负责、教授治学、民主管理”为核心的高等院校内部权力关系的规范和准则。
2.高校“去行政化”不是不要行政
现代大学制度由高校内部治理结构和外部治理结构两部分组成。外部治理结构主要指高校与政府、高校与社会的关系；内部治理结构主要包括大学章程、党委领导下的校长负责制、大学董事会或理事会、教授委员会和学术委员会、教职工代表大会等。大学章程通常要明确高校实行两级管理体制，也就是说，高校的内部治理采取两级分层，学校授权与二级单位实施有序管理。
高校内部治理结构的关键是权力的配置，高校综合改革的不断深化，主要集中体现在权力重心下移、权力配置分化。所谓权力重心下移就是由集权管理体制向分权管理体制转变，校级逐步下放管理权限给二级院（系），激发其办学活力；所谓权力配置分化就是由大学权力运行的行政化向大学权力由行政权逐步分化为行政权、政治权、学术权的“三权分立”，高校办学越来越回归大学本位。当前社会一味强调的“去行政化”的概念，课题组认为：高校不可能没有行政，而是要确立服务行政、科学行政、民主行政的理念，支持学术、服务学术、繁荣学术。人为的“去行政化”是当前误区之二。
3.三权制衡绝不是“三权分立”
所谓“三权”是指高校在办学中表现的三种权力：政治权、行政权和学术权。“三权制衡”是指政治权、行政权和学术权三权之间的相互独立和彼此制约的关系。三种权力独立存在，但又因不同的行使主体相互产生关系而紧密联系，由党委领导下的校长负责制决定了高校党组织建设、党的方针政策的贯彻和执行产生了政治权；政府或代表政府的校方落实行政法规而产生了行政权；二级院（系）、科研院所等学术组织在教学、科研、服务社会中产生了大量的学术权。学术权需要独立，政治权和行政权应该尽可能少去干涉，体现其自主、自治和自由。但绝不是“三权分立”，因为学术一旦来到了讲坛、课堂、学生之中，就是“教育的灌输”，高校必须高度重视，严格把控。“三权分立”的提法恰恰是现在误区之三。
二级院（系）、科研院所从其履行的职责划分，性质应当是学术单位，与高校机关和教辅部门有所区别。二级院（系）主要从事教学、科研、服务社会、培养人才之责任，因此，二级院（系）应当实行院长负责制，这是当前我国高校在认识上还不一致的地方。相当部分的教师、干部和党员认为大学实行党委领导下的校长负责制，二级院（系）也应当实行党总支领导下的院长负责制，这是认识上的误区之四。