解决制度问题，明确二级职责
二级院（系）是高校党政领导下的学术单位，高校党政应当依照《高等教育法》《高等学校章程制定暂行办法》《关于坚持和完善普通高等学校党委领导下的校长负责制的实施意见》《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》等法律规定，通过大学章程、学校制度、中长期发展规划等形式，将二级院（系）的管理职责和权限明确加以规定，具体而言，就是对二级院（系）的权利和义务通过二级院（系）的各项制度予以明确规范。
1.完善党政联席会议制度（重点建设）
《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》明确规定：“高等学校院（系）级单位党组织通过党政联席会，讨论和决定本单位重要事项。支持本单位行政领导班子和负责人在其职责范围内独立负责地开展工作”。据课题调研结果不难看到，目前高校二级院（系）的党政联席会议制度基本已经建立，但是对于会议讨论和决定的重要事项的界定和会议的组织，做法不一，成效有别。因此，有必要进一步对这一制度加以完善，尚未建立制度的高校应当尽快在实践的基础上形成实施办法，便于二级院系贯彻落实。
2.建立行政办公会议制度
二级院（系）实行院长（系主任）领导下的集体分工负责制。院（系）的重大问题经党政联席会议讨论决定。在此基础上，二级院（系）要建立院长（系主任）办公会议制度，保证行政负责人全面负责本单位教学科研、人才培养、学科专业与师资队伍建设、财务管理和社会服务等行政管理工作，执行党政联席会、教授委员会（学术委员会）、二级教代会作出的各项决定。院（系）主要负责人要充分依靠教师学生，科学、民主、依法办学，并有义务接受组织的考核和师生的监督。
3.完善学术管理制度（重点建设）
二级院（系）学术管理制度是指二级院（系）的学术委员会（或教授委员会）。学术委员会是二级院（系）的教师关于教学、科研等咨询、议事、决策机构，是保证教授规范履行教学、科研职责，完善二级院（系）民主管理与推动院（系）教学、科研发展的组织形式。二级院（系）党政班子要大力支持学术委员会行使职能，除必须经过党政联席会讨论决策的重大事项外，学术委员会做出的决议、决定，二级院（系）行政领导应认真做好落实工作。未成立学术委员会的二级院（系），其职责由二级教代会或教师大会行使。
4.完善教职工代表会议制度
二级教职工代表会议（以下简称：二级教代会）是二级院（系）教职工行使民主权利，参与本单位民主决策、民主管理和民主监督的基本形式和基本制度。二级教代会在院（系）党组织的领导下开展工作；二级院（系）行政负责人应当尊重和支持二级教代会在职权范围内参与民主决策、民主管理和民主监督，定期向二级教代会报告工作，认真处理和落实二级教代会的各项提案、代表意见和建议，并为二级教代会开展工作提供人、财、物的必要条件。二级教代会在维护和代表教职工的合法权益，保障教职工的民主权益的同时，要尊重和支持本单位行政负责人依法行使行政管理的职权，积极协助行政负责人开展工作，教育教职工严格遵守各项规章制度，团结和动员教职工以主人翁的姿态努力完成各项工作任务。
5.完善学院党委和党总支委员会制度
目前，高校二级基层党组织因党员规模的大小，组织机构有学院党委、党总支，肩负着宣传、执行党的路线方针政策及学校各项决定，并为推动学校、院（系）的中心工作发挥保证监督作用。二级院（系）的学院党委和党总支委员会要支持行政领导班子和负责人在职责范围内独立负责地开展工作。要加强党组织的思想建设、组织建设、作风建设、制度建设和反腐倡廉建设。具体指导党支部开展组织工作，领导本单位的思想政治工作，做好本单位党员干部教育和管理工作，领导本单位工会、共青团、学生会等群众组织和教职工代表大会等。