落实高校二级院（系）管理体制机制问题的分析
1.对二级院（系）管理体制机制认识不清晰
2010年修改后的《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》（以下简称《条例》）第十一条对高校党组织的角色进行了规定，指出“高等学校的系级单位党总支是全系的政治核心，系党总支和行政适当划分职责范围，既有分工又要合作，应当共同做好工作。”虽然《条例》对二级院（系）党组织的基本职责进行了明确，但是对二级院（系）管理体制的形式并没有明确，如何进行党政合作与分工，以及采取如何形式实行民主决策与民主决议，不同高校、不同院系甚至不同个人在认识上存在差异，进而导致采取的管理体制选择的多样性。如会议议题的产生、会议的主持、议事的范围等，不同院校有所不同，甚至同一所学校的不同院（系）也有区别。
2.二级院（系）管理体制机制成熟度参差不齐
由于各高校的办学层次和基础条件不同，决定了其二级院（系）学术和群团组织建设的条件也不尽相同，如在党政联席会、二级教代会、党委会方面，不同层次和基础的院（系）在机制落实上差异较大。如教授委员会，学校历史比较长、层次比较高，拥有专家教授多、人才优的高校二级院（系），教授治学能力较强，学术组织发挥的作用较好，反之效果较差。在一些干部民主意识不强、规模较小的院（系），二级教代会、教授委员会容易形同虚设，难以发挥作用。因此，教师队伍素养、办学层次的差异，导致了目前高校的二级院（系）管理体制机制方面还是存在着较大差异。
3.二级管理机构责权不明，制度落实不到位
责权相适应是重要的管理原则，也是高校实施二级管理的基本保障和要求。当前，二级院（系）已经担负起学科专业建设、人才培养、服务社会和创收等方面的责任。然而，在调查过程中，我们依旧发现很多院（系）教师对于二级领导管理体制的施行存在质疑，一个重要的原因就是权责不相适应。目前在实行二级院（系）管理中，仍存在着过多行政权力干预，过多的决策权集中在校级层面，校部决策“一刀切”，不考虑院（系）实际情况，权利并未做到真正的下放，造成了权、责、利不相适应。同时在已有的领导决策机制运行过程中，会议制度的落实存在不及时、不到位的现象，严重影响了二级院（系）的民主决策管理方式与效率。
4.二级院（系）管理运行机制不顺畅
在调研过程中，我们发现，不少应用型院校并未建立起完善有效的运行机制，二级管理有名无实。在二级院（系），行政权力过大，在院（系）的内部管理机制中，院长（系主任）负责行政、教学、科研、学科建设的主要职责，处于院（系）管理中心地位，作为应当承担监督与保障作用的党总支仅仅发挥了学生管理作用，与校级党政分工存在明显差距。学校党委和行政系统与学院“子系统”之间缺乏科学合理的指挥与执行体系，导致二级管理运行机制不畅，管理决策层面缺少广泛的参与，尤其是缺少了对于一线教职工与学生主体意见的聆听，一方面影响了校院（系）两级政策的执行，另一方面也不利于学术主体地位的发挥，影响了学科建设与发展。