兴宁至咸安时期

《晋书·朱序传》：“兴宁末，梁州刺史司马勋反，桓温表序为征讨都护往讨之，以功拜征虏将军，封襄平子。……太和中，迁兗州刺史。时长城人钱弘聚党百余人，藏匿原乡山。以序为中军司马、吴兴太守。序至郡，讨擒之”。

司马勋叛乱的时间为兴宁三年十一月，据《晋书》《资治通鉴》知其被平定于太和元年五月。序讨勋时所任之征讨都护，未见于其他记载。据《通典·职官》知晋宋时都护主治少数民族地区，晋称都护将军，《晋书·职官志》：“骠骑、车骑、卫将军、伏波、抚军、都护、镇军、中军、四征、四镇、龙骧、典军、上军、辅国等大将军，左右光禄、光禄三大夫，开府者皆为位从公。”上述军号中，镇军、抚军为三品军号^[2]，都护将军位列其间，当同为三品军号。朱序在讨平司马勋后方进位征虏将军，此时当不能居此位。另据《宋书·武帝纪》曰“朱序助周楚讨平之”，《晋书·周楚传》言“周楚与朱序讨平之”，《资治通鉴》太和元年条也记“朱序、周楚击司马勋，破之”，知平乱之功二人并领。又按《宋书》所记朱序“助”周楚平乱，平乱统帅以益州刺史周楚为主，故朱序品级应不高于楚。另外，《晋书》中常见“督护”官职，察其职权，恰在刺史、都督以下，有领兵之权，纪传中也常有武将以督护职参战之例。此“督护”属杂号护军，级不过六品^[3]。考虑到东晋后期征讨都督^[4]的情况，似可援例解释征讨督护的存在，而益州督护恰好位于益州刺史之下，属周楚管辖，故此时朱序所任很可能是督护而非都护。此后朱序进兖州刺史。桓温于太和四年自姑孰北伐，兖州时侨于姑孰，《资治通鉴》太和四年条：“前锋邓遐、朱序败燕将傅颜于林渚。”朱序是此次北伐先锋之一，其在此之前任兖州刺史，很可能也是东晋为北伐做的前期准备。

钱弘作乱，据《晋书·孝武帝纪》记载，乃咸安二年事，朱序时任兖州刺史。按《晋书·地理志》，东晋侨兖州于京口、淮阴、山阳、盱眙等地，刺史以镇淮阴居多，而这几处都在徐州境内。钱弘等人作乱之处在原乡县，属扬州吴兴郡。《宋书·百官志》云“江左以丹阳、吴、会稽、吴兴并大郡”，虽同为五品太守，郡的规模对长官地位仍有影响。据严耕望先生分类，侨州领实郡者仅徐、秦二州^[5]，兖州刺史并不实治民，实权尚不如吴兴太守。序所任吴兴太守乃是临时授官，便于讨贼，所领中军司马，乃中军将军帐下僚佐，平日地位不如将军长史，战时则较长史为重。依本传所记，事后朱序还兖州，日后又调任宣城内史。据上述引证可以推测，东晋此次调朱序还兖州一是由于朱序的资望不足以担当大郡太守，二是为了加强沿淮边境的防御，从侧面反映出当时东晋正受到北方政权的压力。