宁康、太元时期
《晋书·朱序传》还记载：“宁康初，拜使持节、监沔中诸军事、南中郎将、梁州刺史，镇襄阳。是岁，苻坚遣其将苻丕等率众围序……序累战破贼，人情劳懈，又以贼退稍远，疑未能来，守备不谨，督护李伯护密与贼相应，襄阳遂没，序陷于苻坚。太元中，苻坚南侵……坚遣序说谢石，称己兵威。序反谓石曰：“若坚百万之众悉到，莫可与敌，及其未会，击之，可以得志。”……坚众小却，序时在其军后，唱云：“坚败！”众遂大奔，序乃得归。拜龙骧将军、琅邪内史，转扬州豫州五郡军事、豫州刺史，屯洛阳。……后丁零翟辽反，序遣将军秦膺、童斌与淮泗诸郡共讨之。又监兗青二州诸军事、二州刺史，将军如故，进镇彭城。序求镇淮阴，帝许焉。……加都督司、雍、梁、秦四州军事。……仍戍洛阳，卫山陵也。……其后慕容永率众向洛阳，序自河阴北济……参军赵睦、江夏相桓不才追永，破之于太行。永归上党。序追永至上党之白水，与永相持二旬。闻翟辽欲向金墉，乃还……序退次洛阳……会稽王道子以序胜负相补，不加褒贬。……序以老病，累表解职，不许。诏断表，遂辄去任。数旬，归罪廷尉，诏原不问。太元十八年卒，赠左将军、散骑常侍。”
此一部分脱误颇多，现一一考订如下：
第一，何时入镇襄阳？据《晋书·桓豁传》，“坚又寇凉州，弟冲遣辅国将军朱序与豁子江州刺史石秀泝流就路，禀节度。豁遣督护桓罴与序等游军沔汉，为凉州声援。”另据《晋书·桓冲传》，“既而苻坚寇凉州，冲遣宣城内史朱序、豫州刺史桓伊率众向寿阳，淮南太守刘波泛舟淮泗，乘虚致讨，以救凉州”。查《资治通鉴》知此事在太元元年，序时为辅国将军、宣城内史，太元二年方出任使持节、监沔中诸军事、南中郎将、梁州刺史。南中郎将为雍州、梁州刺史常见加官，《晋书·职官志》说“四中郎将，并后汉置，历魏及晋，并有其职，江左弥重。”另据《宋书·百官志》知其为四品将军号，虽然品级不高，却是“显贵”之职[6]。使持节、监沔中诸军事，依《宋书·百官志》《晋书·职官志》载，“都督诸军为上，临诸军次之，督诸军为下；使持节为上，持节次之，假节为下。使持节得杀二千石以下；持节杀无官位人，若军事，得与使持节同；假节唯军事得杀犯军令者。”此时朱序方成为江汉流域沔中督区的最高长官，《晋书·桓豁传》评价说“以固北鄙”，盖此时东晋正沿淮水一线准备抵御前秦。太元三年，苻丕方围攻襄阳，四年城破，执朱序。本传记载的“宁康初”有误。
第二，归晋为官的时间地点。关于朱序何时逃归，《资治通鉴》记载甚详：“冬，十月，秦阳平公融等攻寿阳；癸酉，克之，执平虏将军徐元喜等。……丁亥，谢石等归建康，得秦乐工，能习旧声，于是宗庙始备金石之乐。乙未，以张天锡为散骑常侍，朱序为琅邪内史”。查《廿二史朔闰表》，知“癸酉”是太元八年十月十八，丁亥为十一月初三，则朱序为琅琊内史时间为十一月十一。所任之琅琊内史，《宋书·州郡志》：“晋乱，琅邪国人随元帝过江千余户，太兴三年立怀德县。丹阳虽有琅琊相而无土地。成帝咸康元年，割丹阳之江乘县境立郡。”另查《资治通鉴》，太元九年末，谢玄北伐至琅琊，苻朗降。知此时朱序之琅琊内史是侨置之琅琊国，非实际之琅琊。
第三，屯驻洛阳的时间。《宋书·州郡志》记载，“太元十年，朱序戍马头。”则本传所记“转扬州豫州五郡军事、豫州刺史，屯洛阳”一事当在朱序戍马头后。又《晋书·谢安传》有“命龙骧将军朱序进据洛阳”一句，且谢安太元十年薨，可知朱序于此年先戍马头，后镇洛阳。因豫州侨于扬州境内之故，“转监扬州豫州五郡军事，豫州刺史”之职所辖皆为扬州郡县。
第四，翟辽叛乱时朱序所在。《资治通鉴》太元十一年：“六月，以前辅国将军杨亮为雍州刺史，镇卫山陵。八月，翟辽寇谯，朱序击走之。”胡三省注曰“帝置雍州于襄阳，今遣亮带雍州，镇洛。”此时杨亮镇洛，从《晋书·谢玄传》知序已于翟辽叛前由洛阳还寿阳最终驻于淮阴：“朝议以征役既久，宜置戍而还，使玄还镇淮阴，序镇寿阳。会翟辽据黎阳反……令且还镇淮阴，以朱序代镇彭城。”按《资治通鉴》记载，“太元十二年，春正月，乙巳，以朱序为青兖二州刺史，代谢玄镇彭城；序求镇淮阴，许之。”胡三省注：“序求镇淮阴，以燕方强，必进取河南，彭城去建康道远，声援不接故也”，而淮阴则如《魏书·高闾传》所言：“东接山阳，南通江表，兼近江都、海西之资，西有盱眙、寿阳之镇”，是个交通便利的守淮中心。
第五，朱序都督四州军事的详情。查《资治通鉴》，知太元十三年，朱序任都督司、雍、梁、秦四州军事、雍州刺史，戍洛阳。前文提过，东晋诸督以都督诸军为上，现辖区仍是沔中督区，而朱序已升任都督诸军事，由兖州刺史转为雍州刺史，带雍镇洛，以卫山陵。察西晋帝陵多处于洛阳北邙山附近，则此处卫山陵之意，当指在条件许可情况下，镇守帝陵。
第六，与慕容永交战的详情。查《资治通鉴》太元十五年：“春正月，乙亥，谯敬王恬薨，西燕主永引兵向洛阳，朱序自河阴北济河，击败之”。考异部分有“永走还上党”五字，与本传相符，可确定此战为太元十五年事。另据《宋书·五行志》：“（太元十五）是春，丁零略兖、豫，鲜卑寇河上”。《晋书·朱序传》《资治通鉴》皆谓朱序因丁零翟辽谋向洛阳而回军，于鲜卑动向无提及，只云破翟辽，序经洛阳还襄阳。本传于其事后记司马道子“以序胜负相补，不加褒贬”，且形容朱序是“退次洛阳”，知此役朱序定有败绩。从其回镇襄阳来看，当是受到西燕的强大压力，不以洛阳为必守，返襄阳布置守淮战略。
第七，朱序卸任时间。据《资治通鉴》记载，太元十七年冬十月，郗恢代朱序为雍州刺史，镇襄阳，知朱序此时即已卸任。十八年，卒。继刺雍州的郗恢是孝武帝集团中人，门阀斗争进入了一个新的阶段，所以朱序之死也是桓氏余党势力退出江淮地区上游的一个标志性事件。