银行保证监督专款专用不是传统保证
虽然银行保证监督专款专用与传统的保证一样，涉及三个当事人，涉及三种法律关系，而且通常是由三个合同连接确定的。但是，由于银行保证监督专款专用所涉及的三方当事人在经济上所处的地位与传统保证所涉及的三方当事人的地位有所不同，故而各当事人的名称不同，且二者的性质也不同。具体而言，在银行保证监督专款专用时，涉及的三方当事人分别为担保申请人（卖方或承包人）、受益人（买方或发包人）和担保银行。[6]银行保证监督专款专用涉及的三方当事人之间的关系具体表现为以下三种不同的法律关系：
1.担保申请人与受益人之间的关系。相当于保证中主债务人与债权人的基础合同关系或主债务合同关系，但与保证不同的是：银行因承诺保证监督专款专用而开给买方的保证书并非为这个合同的履行；而且，银行保证监督专款专用的义务并不因主合同的无效或解除而无效或解除。
2.担保申请人与银行之间的关系。即由担保申请人提出申请，指示银行为其对受益人保证监督有关款项的专款专用。在实际业务中，该银行通常是申请人的往来银行，申请人是该银行的客户。银行之所以同意为申请人对受益人保证监督有关款项的专款专用，一般是基于这样两个原因：或是申请人在该银行有存款账户，银行可以以申请人在该行的存款作为担保，一旦该银行因没有能履行其监督专款专用的保证义务而向受益人付款后便可立即借记申请人的账户；或是银行同意在一定金额限度内向申请人贷款（在这种情况下，通常申请人已向银行提供了贷款担保），两者之间有信贷协议，银行在此额度内为申请人对受益人保证监督有关款项的专款专用。换言之，银行在考虑决定是否接受申请人的委托为其向受益人开出保证监督专款专用的保证书时，主要考虑申请人是否在该行有足够的存款，或者如果没有足够的存款时银行是否愿意在一定限额内给申请人以信贷。显然，这种关系与保证中保证人与债务人之间的关系在实质上并无大异。
3.担保银行与受益人之间的关系。即由银行根据申请人的指示，向受益人开立保证书，并据此直接对受益人承担保证监督专款专用的义务。实际业务进行过程是这样的：受益人向担保申请人提出由该申请人的开户银行保证监督专款专用的要求，继而担保申请人向自己的开户银行提出申请，该开户银行同意保证监督专款专用后，受益人即须通过该银行向担保申请人预付一笔款项。实际上将这笔款项存入其在该银行的账户（若无账户，一般新开立），委托该银行向申请人支付。[7]由此可以看出。担保银行与受益人的关系具体表现为受益人委托担保银行向担保申请人付款，并向银行交纳一定的手续费；[8]担保银行向受益人开立保证书，承担保证监督这笔款项专款专用的义务（而不是主债务的履行）。可见，银行保证监督专款专用的义务是独立于担保申请人与受益人之间的主债务存在的。这个关系是银行保证监督专款专用所体现的本体法律关系，反映了银行保证监督专款专用的实质。这与保证合同中保证人依据保证合同就主债务人的债务向债权人承担保证义务显然不同。这个法律关系独立于主合同，是非从属性的，也不具有补充性，银行不能把申请人根据主合同得以对抗受益人的抗辩用来对抗受益人。同时，银行仅依据所开立的保证书向受益人承担责任，而不管申请人是否履行他与受益人的主合同。这也正是银行保证监督专款专用与传统保证的区别所在。[9]