针对农村生活污染源对水体污染严重的特点，在传统的山、水、林、田、路小流域综合治理基础上，将村庄环境的整治作为小流域治理的中心，将污水和垃圾的治理列为小流域综合治理管理的重点。2005年，北京以水源地保护为重点，改造了2.6万多个农厕，建设小型污水处理设施139处，日处理能力1530t；推动垃圾定点分类堆放和定时清理工作，并建立农村垃圾“村收、镇运、县处理”的管理机制，解决了水源地4万户、2.5万余人的生活垃圾污染问题。
